Science：超過一半頂刊中的癌症研究結果不能重複

對於腫瘤生物學的研究，後面的臨床意義非常重大。不過，有時候雖然文章發表了，但是其文章的可重複性令人擔憂。對於製藥公司，需要重複這些結果時，就遇到了麻煩。

在 2013 年 10 月開始，實施了雄心勃勃的癌症生物領域重複實驗，計劃重複 50 篇高影響力的癌症生物學論文，總資金達到 130 萬美元，每項研究的費用約為 25,000 美元， 實驗預計需要 1 年。

但由於成本上漲及很難得到合適的材料，項目最終削減到 18 個，其中 13 個重複項目在 eLife 已經發表：6 個大部分是可重複的，4 個是不確定的，3 個研究是否定的，超過一半的研究論文的結果不能被重現。

怎麼規避不能重複實驗，主要有以下方面：研究文章需要披露更多的實驗細節，從原來研究團隊得到原始材料，原始研究需花更多時間排除假陽性結果等方面。

圖片來源：Elife

該項目很快引起了原始研究作者和其他人的批評，他們擔心重複研究將不可避免地失敗，因為參與的實驗室缺乏複製工作所需的專業知識。

隨著組織者意識到他們需要來自原作者的更多信息和材料，成本上升和延遲隨之而來。組織者在 2015 年底將論文列表減少到 37 個，然後到 2017 年 1 月減少到 29 個。在過去的幾個月裡，他們決定停止 11 個正在進行的重複實驗，（科學交流中心主席 Elizabeth Iorns 表示，18 項已完成研究的總費用平均約為 60,000 美元，其中包括兩個高價的 「異常值」。）

Errington 說「 削減一些重複實驗的一個原因是，為了獲得有意義的結果，需要花費很長時間才能進行故障排除或優化實驗。」Errington 說，如果原始論文中包含方法細節，這項工作可能會更快。該項目還花費了大量時間來獲得或重新製作試劑，例如細胞系和質粒（插入細胞中的 DNA）。

努力的教訓之一：披露更多的實驗細節，並直接從原始實驗室或通過 Addgene 等服務免費提供材料，這將加快科學家在其他人工作的基礎上的能力。「溝通和分享是我們可以努力改進的成果，」Errington 說。

Iorns 補充說，另一個問題是，發表文章實驗室很少驗證他們的分析，因此很難知道陽性結果是真實的還是 「只是噪音」。

該項目已經發布了 eLife 期刊 18 項研究中的 13 項的複製結果。結果是混合的：6 個大部分是可重複的，4 個是不確定的，3 個研究是否定的，但最初的發現已得到其他實驗室的證實。事實上，最初的 50 篇論文中有許多已得到其他團體的證實。

下面是最近在 Elife 發表的 3 項重複結論：

1. The microRNA miR-34a inhibits prostate cancer stem cells and metastasis by directly repressing CD44

重複文章的雜誌：nature Medicine

重複發表之後發表的雜誌：Elife

重複結論：3 個結論都不能重複

總結：完全不能重複

圖片來源：Nature Medicine

圖片來源：Elife

【1】結論 1 不能重複：與 CD44-LAPC4 細胞相比，從異種移植腫瘤（LAPC4 細胞）中純化的 CD44 + 前列腺癌細胞中 microRNA miR-34a 的表達水平是其兩倍，而最初的研究報導 miR-34a 在 CD44 + LAPC4 細胞中表達是降低的（圖 1B; Liu 等，2011）；

【2】結論 2 不能重複：當將表達 miR-34a 的 LAPC4 細胞注射到小鼠體內時，研究人員沒有觀察到腫瘤生長或 CD44 表達的變化。然而，出乎意料的是 miR-34a 表達在體內喪失。在最初的研究中，與對照相比，表達 miR-34a 的 LAPC4 細胞具有統計學上顯著的腫瘤再生減少和 CD44 表達降低（圖 4A 和補充圖 4A，B 和 5C; Liu 等，2011）；

【3】結論 3 不能重複：測試 miR-34a 是否通過 3'UTR 中的結合位點調節 CD44 時，結果顯示沒有統計學上顯著的差異，而最初的研究報導 miR-34a 降低 CD44 表達，其通過突變結合位點而部分消除。

參考連結：

https://www.nature.com/articles/nm.2284；

https://elifesciences.org/articles/43511

2. Melanoma exosomes educate bone marrow progenitor cells toward a pro-metastatic phenotype through MET

重複文章的雜誌：Nature Medicine

重複發表之後發表的雜誌：Elife

重複結論：2 個結論不能完全重複

總結：不確定

圖片來源：Nature Medicine

圖片來源：Elife

【1】結論 1 能重複：研究人員使用與原始研究相同的高轉移性小鼠黑色素瘤細胞系（B16-F10），再生穩定表達短髮夾的腫瘤細胞以降低 Met 表達（shMet），其有效地下調 B16F10 細胞中的 Met，類似於原始研究【（補充圖） 5A; Peinado 等，2012）】。

【2】結論 2 能重複：研究人員測試了外泌體依賴性 Met 信號傳導對原發性腫瘤生長和轉移的影響，與原始研究中的結果相似，研究人員未發現原發腫瘤生長的統計學顯著變化；

【3】結論 3 部分重複：測量肺和股骨轉移，研究人員發現對照細胞的外泌體轉移負荷略有增加，當 Met 表達減少時，外顯子減少；然而，雖然效果與原始研究的方向相同（圖 4E; Peinado 等，2012），但它們沒有統計學意義。

參考連結：

https://www.nature.com/articles/nm.2753；

https://elifesciences.org/articles/39944；

3. Intestinal inflammation targets cancer-inducing activity of the microbiota

重複文章的雜誌：Science

重複發表之後發表的雜誌：Elife

重複結論：3 個結論都能重複

總結：結果能重複，但是程度不一樣

圖片來源：Science

圖片來源：Elife

【1】結論 1 能重複：當從大腸桿菌 NC101 中刪除聚酮化合物合酶（pks）基因毒性島時，研究人員觀察到對細菌生長或定植能力沒有影響，類似於原始研究（補充圖 7; Arthur 等，2012）。

【2】結論 2 能重複：對於比較與 NC101 或 NC101Δpks 單相關的氧化偶氮甲（AOM）處理的白細胞介素 - 10 缺陷小鼠的炎症，侵襲和瘤形成的實驗，實驗時間長於原始研究的實驗時間。

【3】結論 3 能重複：在 AOM 治療期間發生早期死亡，與 NC101 相比，在 NC101Δpps 單相關小鼠中觀察到更高的死亡率，NC101 處於相同方向，但比原始研究更嚴重（Suppleme1ntal 圖 10; Arthur 等人，2012）。與 NC101Δppks 單相關的小鼠死亡率高於 NC101。

雖然這些數據無法解決在原始研究的條件下 NC101 和 NC101Δpks 在炎症，侵襲和瘤形成方面的差異，但這種複製嘗試表明，實驗方法的清晰描述對於確保實驗研究的準確複製是必不可少的。

參考連結：

https://www.nature.com/articles/nm.2753；

https://elifesciences.org/articles/39944；

來源於iNature