推薦2個核酸序列翻譯成胺基酸序列的小工具

2021-01-21 基迪奧生物

之前，生信交流群（群號：154447756）有小夥伴想比較突變後的核酸序列翻譯成蛋白序列與野生型相應序列的差異，問如何把核酸序列翻譯成蛋白序列。

 


這裡為大家推薦2個在線小工具，可查找DNA或RNA序列的開放閱讀框（ORF），同時將其翻譯成胺基酸序列。雖然使用方法非常簡單，但非常有用，比如可分析circRNA、LncRNA是否具有翻譯潛能（是否有ORF）等。

 


打開這個小工具的頁面（如下）

網址：https://web.expasy.org/translate/



大家只需將核酸序列複製粘貼到序列框中，選擇輸出胺基酸序列格式（主要是如何突出起始和終止密碼子），然後點 TRANSLATE SEQUENCE 按鈕即可。

 

至於所用的「密碼錶」，用默認的Standard即可，如果有特殊需求，也可選用其他版本。點Genetic code，會進入所有密碼錶（共有31個）的介紹頁面，如下圖。



下面是默認的標準密碼子表：



光說不練是假把式，這裡用家鼠的AQP1序列（NM_007472.2）做簡單的演示。回到首頁，點New translate tool，進入新版translate tool的頁面，如下，新版的用起來更舒服一點。



把核酸序列粘貼到序列框中，參數保持默認，點TRANSLATE按鈕即可完成翻譯。



在6個大的Frame中，選紅色標記最長（中間無間斷）的ORF作為翻譯序列，如下圖Frame1的第1個ORF。




另一個在線小工具是NCBI的ORFfinder，如下：

網址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/



使用方法和ExPASy Translatetool相似，在線版本的可提交的最長序列為50kb，當然也可以下載Linux本地版本，這樣就沒有序列長度的限制啦。這裡仍以家鼠的AQP1序列（NM_007472.2）為例，這裡將最小的ORF長度設為300nt，僅使用「ATG」作為起始密碼，然後點 Submit 按鈕。



結果如下，共找到兩個ORF，其中ORF1 (193~1002)與ExPASy Translate tool得到的序列（269aa）完全一樣。



在NCBI搜索AQP1序列（NM_007472.2），簡單驗證下這兩個在線工具ORF的查找結果。可以看到兩個工具的翻譯結果與NM_007472.2的CDS區域翻譯結果一致。


 

以上就是這兩個在線工具的介紹，今天的內容就到這裡啦~


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