在達爾文提出《物種起源》之前，人們都相信世界是由「上帝」創造的，整個學術界和宗教界，都相信《聖經》中描述的創世論。就好像哥白尼提出「日心說」，掀起了人類的天文革命一般，達爾文也引發了生物進化論學說的革命，並且一直到今天都褒貶不一。拿人類進化來說，達爾文認為，人類的祖先是猿類，不過在人類進化史上，卻存在著3大缺陷，至今科學都沒有辦法解釋。
第一個缺陷：從猿過渡到人類，缺乏證據支持。一個新物種的出現，從來都不是一蹴而就的，按照達爾文的進化論，人類最早是由猿類過渡到類人猿，最終過渡到猿人和原始人類階段的，不過，猿人化石至今卻非常的稀少，而且存在著明顯的化石斷層，這表明，短時間過渡到猿人顯然是不可能的，這也讓很多人相信，人類的祖先，或許並不是猿類。
第二個缺陷：為何現在的猿類再也無法進化成人？有觀點認為，雖然現代人類的祖先是猿類，在大約500萬年之前，猿類的進化出現分歧，可是在人類進化的過程中，曾經先後出現了17種人科物種，可是最終很多消失的都莫名其妙，比方說尼安德特人，很多考古學家都認為，他們也是有機會進化成為現代人類的，可是，在智人崛起後，以「蝗蟲」般的速度迅速佔領全世界，也將其他人科物種都殺死了。
會不會智人是被高級文明改造後的「人種」？在17種人科物種之中，很多彼此之間都存在生殖隔離，這表明每個「人種」其實都是一種截然不同的物種，如果他們都可以進化到現代，地球上的智慧生物顯然不會只有人類一種。可是，偏偏晚期智人猶如開掛了一般在地球上迅速的發展了起來，而且還曾經出現過13萬年的斷層時期，或許，人類體內的基因真的被改造過。
第三個缺陷：人類竟然連自己都無法研究明白。顯然，人類對於人類目前已有的知識層面來說，屬於高級物種，至今沒有辦法研究透徹。比方說，為何人類作為地球的本土生物，會出現不適應地球的情況？如果人類沒有任何的武器，束手放到大自然之中，人類顯然是絕對的弱者，可是這樣的人類又是如何統治地球，將地球的生態環境給搞得一團糟的呢？
同時，遺傳機理也無法解釋，生物學上普遍相信「融合遺傳」，舉個例子，當白人和黑人結婚後，生育的子女膚色一般都是介於兩者之間，不過，如果是一個白人來到一個非洲部落，當幾代基因融合後，所有的白人基因都不會存在，生的子女也都會完全變成 黑人。達爾文在進化論中認為優良的性狀基因是可以保留下來的，不過他卻找不到一套合理的理論來證明自己觀點無誤。
其實，在達爾文晚年的時候，他也曾多次表示，自己的進化論存在著很多的缺陷，認為人類的起源和進化史 ，還需要其它的證據去佐證。那麼，大家相信進化論嗎？人類究竟是不是由猿類進化而來的呢？