《花水木》有時候，一場邂逅將變成人生中最絢爛花朵，不論何時凋謝，我們都該感謝曾與它有緣的相遇。
1996年的北海道，一個安靜的沿海小鎮，漁民康平在這裡出生，和父親一樣，康平繼承了爺爺的事業，勵志成為一個優秀的漁夫。
一天在去市區的途中，他偶遇了讓他一見鍾情的女高中生紗織，由於事故的發生，紗織請求康平的幫忙，於是沒有駕照的康平偷偷開走了叔叔的車，載著紗織趕去考場，不料途中發生一場意外，最終紗織錯過了早稻田的推薦考試。
康平為了鼓勵紗織參加學校考試，送了她一堆複習書，並在紙條上寫上了鼓勵的話，而紗織被一張字條的錯別字和錯買的中學考試書給逗笑了，這個男孩似乎給他留下了不一樣的感覺。
紗織開始立下了決心，努力迎接幾個月後的那場考試，而康平為了晚上能夠和紗織一起回家，於是他在紗織補習班的附近打起了零工，兩個情竇初開的年輕人就這樣越走越近，每天乘著列車回家成為了兩個人談天說地的浪漫約會，他們兩個每天分享著彼此的生活，又在各自不同的生活軌道上默默前行，在康平經常去的那座燈塔上，他們兩個人最終擁吻在了一起。
紗織拿著照片告訴康平，自己出生在加拿大，但是她完全不記得那裡的模樣，康平拿著照片認真的說，總有一天我要去一趟那裡，看一看你出生的地方。雪夜裡的兩個人充滿了溫暖的味道，然而隨著畢業的來臨，這兩個年輕人完全不同的生活軌跡，似乎也註定了會漸行漸遠。
康平的內心也經歷著糾葛，他既希望紗織能夠完成自己的夢想，又明白當紗織實現夢想的時候，也是他們的人生出現岔路漸行漸遠的時候了。
生活就是這麼的如期而至，紗織幸運的考上了早稻田大學，而在送行的人群裡，紗織沒有看到康平的到來。可是就在去機場的途中，紗織看到了乘著船趕來的康平，看到紗織的康平在床上拉起了一個橫幅，上面寫著紗織加油，兩個即將分別的戀人就這樣隔著海，叫著彼此的名字，雖然都萬般不舍，但不得不開啟一段異地的生活
康平繼續著自己的漁夫事業，而紗織在東京忙碌自己的學業，兩個人的聯繫越來越少，紗織遇到酷愛攝影的學長純一，幫助她找到了一份補習工作。
在一次工作中走神的康平不慎受傷，在醫院偶遇了紗織的母親，母親告訴康平，喜歡一個人就要拿出讓她留下的勇氣，於是康平來到了東京，卻看到紗織和純一打鬧的場景，因此和紗織起了爭執後，從餐廳裡奪門而出。
不料在路上因為一個小混混摔壞了他為紗織做的小船，因此打了起來，紗織帶著康平回到自己的住處並為他處理傷口，康平卻緊緊的抱住了紗織，兩人擁吻在了一起。第二天清晨，康平把自己夢想中遠航的這搜穿送給了紗織，並且上面還寫著小小的紗織加油。
他決定去東京和紗織一起生活，而在最後一次和父親出海捕魚的途中，父親不幸身亡，此時康平打電話給紗織，希望紗織好好實現自己的夢想，與紗織道別。
康平與一直喜歡自己的律子結婚，而紗織來到了紐約生活，純一去戰場前拍攝前，向紗織告白，希望回來能夠和紗織結婚，紗織同意了。
由於閨蜜的婚禮，紗織再次回到故鄉，康平與紗織在婚宴上再次相逢，紗織與康平來到海邊，紗織將那嗖船還給了康平，夜裡康平送紗織回家，兩人在門口道別，此時紗織父親曾種下的花水木，卻開滿了美麗的花朵，壓抑許久的二人，最終轉身跑向了對方，緊緊的擁抱在一起，最終二人還是默默分別了。
康平由於債務無法償還，只能申請破產，自己的妻子也離開了他。回到紐約的紗織收到了純一在戰地死亡的消息，於是紗織踏上了加拿大的旅途，在海邊的一家小店，卻意外的發現那嗖曾經康平送給他的小船，紗織詢問店主後，抱著小船跑向港口，而康平的船已經啟航，紗織喊著康平的名字，如同她去東京一般。
紗織回到了故鄉，並在自己家裡給當地的小孩教英語，一個陽光正好的日子，熟悉的身影出現在了門口，在花水木盛開的樹下，紗織笑著對康平說：「歡迎你回來」。康平回答道：「我回來了」。饒過人生一個十年的圓圈，二人最終回到了起點。