在莊嚴肅穆的道教三清大殿中，通常供奉著神態端莊的三位尊神，這就是道教的最高神「三清」。三清即玉清元始天尊、上清靈寶天尊、太清道德天尊，三清為道家哲學「三一」學說的象徵。
《道德經》第四十二章曰：「道生一，一生二，二生三，三生萬物，萬物負陰而抱陽，衝氣以為和。」由無名大道化生混沌元氣，由元氣化生陰陽二氣，陰陽之相和，生天下萬物。第十四章又說：「視之不見名曰夷，聽之不聞名曰希，搏之不得名曰微。此三者不可致詰，故混而為一，」認為一化為三，三合為一，「用則分三，本則常一」。後來道教以此衍化出居於三清勝境的三位尊神。
因此「三清」尊神在道教神仙體系中位為最尊，《道教義樞》卷七引《太真科》說：「大羅生玄元始三氣，化為三清天也：一曰清微天玉清境，始氣所成；二日禹餘天上清境，元氣所成；三曰大赤天太清境，玄氣所成。從此三氣各生，」據《雲簋七籖》和《道法會元》等道書記載，清微天玉清境，混洞太無元，其氣始青，真道升聖境，天寶尊(元始天尊)治之；禹餘天上清境，其氣元黃，仙道升真境，靈寶尊治之；大赤天太清境，其氣玄白；人道升仙境，道 天尊居之。文曰：「此四種民天，即三界之上，災所不及四種民天上有三清境。三清之上即是大羅天，元始天尊居其中，施化敷教。天寶君治在玉清境，清微天也。靈寶君治在上清境，即禹餘天也，神寶尊(道德天尊)治在太清境，即大赤天也。」
(《雲簋七籖》卷三《道教本始部》)又據《集說詮真》引《讀書紀數略》云：「三清者玉清聖境，元始居之；上清聖境，道君居之；太清仙境，老君居之。」同時，道教的三清尊神還反映了道教「三洞真經」的神化。《雲簋七籖》卷六《三洞經教部》說：「《道門大論》雲三洞者，洞言洞也。通玄達妙，其統有三，故云『三洞』。第一洞真，第二洞玄，第三洞神。乃三景之玄旨，八會之靈章。」根據《道法會元》卷一《清微道法樞紐》關於清微神位的記載；清微聖祖玉清元始妙道上帝代表洞真經部，太玄輔之，傳道教清微派；清微玄祖上清靈福玉僱大道君，代表洞玄經部，太平輔之，傳靈寶派；清微始祖太清道德五靈玄老君代表洞神經部，太清輔之，正一盟威之道通貫三洞，傳道德派和正一派。
三清尊神的形象有一個歷史過程。漢順帝時(126—144年)，張道陵鶴鳴山(今四川大邑縣境內)創立無鬥米道，尊「太上老君」為最高神。後來寇謙之改革天師道，亦以「太上老君」為最早最高尊神，但已經出現了「道德天尊」的名稱，以今所見，「三清」的名稱最早始見於南梁陶弘景所撰的《真靈位業圖》。該書排列神仙序位，分為七個層次，每一層設一個中位。上第一中位，上合虛皇道君，應號元始天尊。第二中位，上清高聖太上玉晨元皇大道君(為萬道之主)。第三中位，太極金閥帝君，姓李，(壬辰下教太平主)。第四中位，太清太上老君(為太清道主，下臨萬民)。上皇太上無上大道君。其中較為明顯地提出了上清太清的名稱，但「三清」之名位次序尚未確定，並且第三位為「金閥帝君」，太上老君卻居於第四中位。以後「三清」神名逐漸流變發展，至唐代才成為定說。
《道藏·太平部·三洞珠囊》卷七引《老君聖跡》云：「此即玉清境，元始天尊位，在三十五天之上也。此即上清境，太上大道君(靈寶天尊)位，在三十四天之上也。太清境太極目，即太上老君位，在三十三之上也。」於是「三清」遂成為道教的最高神。
元始天尊
元始天尊，又名「玉清元始天尊」。在「三清」之中位為最尊，也是道教神仙中的第一位尊神。《歷代神仙通鑑》稱他為「主持天界之祖」。他的地位雖然高，但出現卻比太上老君要晚。道教形成初期並無「元始天尊」的說法，《太平經》《想爾注》等均無記載。在中國神話傳說中，也無來歷可尋。
根據道書的記載：最早出現「元始」之名的是晉葛洪的《枕中書》書中記載：棍沌未開之前，有天地之精，號「元始天王」，遊於其中。後二儀化分，元始天王居天中心之上，仰吸天氣，俯飲地泉。又經數劫，與太元玉女通氣結精，生天皇西王母，天皇生地皇，地皇生人皇，其其後庖羲，神農皆苗裔也。並曰：「玄都玉京七寶山，在大羅之上，有上、中、下三宮。上宮是盤古真人、元始天王、太太聖母所牿。」此時，還只有有始天王的稱呼。
直到南朝時，梁陶弘景《真靈位業圖》才始有「元始天尊」之號。該書第一階中位神為「上臺虛皇道君」，應號「元始天尊」，稱「玉清境元始天尊」為主。但是書中又有一「元始天王」，列為第四中位左位第四神。
《隋書.經籍志四》始喊予元始天尊以諸神特性，稱他「生於太元之先」。認為「天尊之體，常存不滅，每到天地初開，授以秘道，謂開劫度人。然其開劫，非一度矣，故有延康、赤明、龍漢、開皇，是其年號，其問相距經四十億萬載，所度皆諸仙上品，有太上老君、太上丈人、天皇真人，五方五帝及諸仙官」。隋代道士為天尊取名為「樂靜信」。隋唐之時，遂將古代神話傳說中的盤古真 地位而掀起的說法。表明道教信徒對元始天尊的信仰。
關於元始天尊的名稱，《初學記》卷二三引《太玄真一本際經》解釋說：「無宗無上，而獨能為萬物之始，故名元始。運道一切為極尊，而常處二清，出諸天上，故稱天尊。」《歷代神仙通鑑》說：「元者，本也。始者，初也，先天之氣也。」認為元始是最初的本源，為一切神仙之上，故稱「天尊」。
根據道經的描述，元始天尊稟自然之氣，存在於宇宙萬物之前。他的本體常存不滅，即使天地全部毀滅，也絲毫影響不了他的存在。每當新的天地形成時，天尊就會降臨人世間，傳授秘道，開劫度人。所度者都是天仙上品，包括太上老君、天真皇人、五方天帝等神仙。每當新的天地開闢時，都有其年號，曰延康、赤明、龍漢、開皇等等，年號之間相距長達41億萬年。並且，元始天尊位居三十六天的最上層「大羅天」中，所居仙府稱為「玄都玉京」。玉京之中，黃金鋪地，玉石為階，宮中有七寶、珍玉，仙王、仙公、仙卿、仙伯、仙大夫等居於中央和兩旁的仙殿中，這種氣派顯然被人間帝王所效仿。
縱觀元始天尊的演變過程，可以發現「元始」一詞原是道家舒述世界本源的哲學用語，後來被道教加以神化，逐漸演變成道教的最高尊神，居於三清之首。從歷史角度上考察，這與道家演變成道教的歷史完全相吻合。
據《歷代神仙通鑑》記載，元始天尊「頂負圓光，身披七十二色」，故供奉在道教三清大殿中的元始天尊，一般都頭罩神光，手執紅色丹丸，或者左手虛拈，右手虛捧，象徵「天地未形，混沌未開，萬物未生」時的「無極狀態」和「混沌之時，陰陽未判」的第一大世紀，故以陽生陰降、晝短夜長的冬至日為元始天尊的聖誕。長期以來，元始天尊受到了上至帝王聖賢，下至民間菩男信女的虔誠崇拜。