秦嶺不僅是西安人的父親山，也是中國的南北分界線。這個區域生態和地形以及自然資源的擁有量，都非常適合人類生存。持續多年的考古工作，在這裡共發現舊石器遺址400餘處，已發現的遺址以舊石器時代早期曠野遺址為主，洞穴遺址僅有一處。
從2017年開始，為了彌補秦嶺中西部地區舊石器時代中、晚期洞穴類型遺址發現的短板，研究團隊在秦嶺南麓和巴山北麓的漢中盆地開展了以探尋更新世洞穴遺址為導向的專項調查，並在南鄭區梁山鎮南寨村附近新發現疥疙洞遺址。
疥疙洞朝向西北，調查過程中考古隊發現了豐富的石製品和動物化石。2018-2019年，經國家文物局批准，陝西省考古研究院、中國科學院古脊椎動物與古人類研究所、南京大學地理與海洋科學學院和南鄭區龍崗寺遺址管理委員會辦公室聯合組隊對該洞穴進行了搶救性考古發掘。
發掘1×1平方米探方27個，考古隊員以5釐米為水平層逐層發掘，重點關注不同文化層之間的人類活動「地面」信息。測量了所有出土遺物的三維坐標和信息，對清理出來的堆積物全部進行了水洗。在27平方米的發掘面積中，考古隊發現了人類活動面、石器加工點、火塘等遺蹟，出土人類化石、石製品、燒骨、動物化石等遺物萬餘件。
據中國科學院古脊椎動物和古人類研究所研究員、陝西省考古研究院客座研究員王社江介紹，疥疙洞遺址大約可劃分為13層，其中第3-10層為舊石器時代文化層。根據地層關係、堆積特點及初步的光釋光測年結果顯示，古人類利用疥疙洞的過程可劃分為三個時段。
第一階段大約距今約10萬年或更早，這一階段的遺存出土了石製品、燒骨、動物化石100餘件，遺物分布較稀疏。石製品數量較少，大多是以石片為毛坯生產的小型刮削器。動物化石多為碎骨，少量為牙齒化石，以鹿科、牛科動物較常見。遺蹟顯示該時段已經有人類偶爾在洞穴活動。
第二階段距今約7萬-5萬年，出土了石製品、燒骨、動物化石1400餘件，遺物分布較密集。其中石製品600餘件，大多是石核、石片，也有工具，工具則多是以石片為毛坯的小型刮削器和尖狀器，構成了石器生產和使用的不同環節，這說明石器的使用者應是生活在疥疙洞附近的人。動物化石多見碎骨，牙齒化石，主要為鹿科和牛科動物。這個時段是古人類在洞穴活動頻繁的時期。
令人振奮的是，在距今約3萬年的第三階段遺存中不僅發現了3處石器加工點、2處火塘，竟然還出土了人類牙齒化石，以及石製品、燒骨、動物化石等萬餘件遺物。王社江說：「這是首次在秦嶺地區發現人類的化石，對於研究中國古人類體質及其文化的連續演化提供了古環境證據。小石片石器工業是華北地區自舊石器時代早期以來長期流行的、由中國本土直立人創造的石器工業，這充分表明秦嶺地區的古人類可能演化自本土古老的人群。這一發現為中國乃至東亞地區早期現代人可能演化自本土古人群的假說提供了重要的考古學證據。」
陝西南鄭疥疙洞遺址原生地層出土人類牙齒化石 省考古研究院供圖在遺址的第4層，考古隊發現了明顯的人類踩踏面。上面的遺蹟和遺物分布很有規律，其中石製品集中發現於洞口區域，在這裡也發現了石器加工點，據此推斷洞口區域應該曾作為石器加工的場所。
火塘則發現於洞口東側，旁邊有較多燒骨和石製品，應是人類日常生活、取暖和消費的區域。陝西省考古研究院副研究員張改課說：「火塘邊出現大量的燒骨，說明當時的古人類應該已經會用火來加工食物，開始吃熟食了。」動物化石則多集中分布於洞內近洞壁處和洞口石柱下方的低矮處，這些區域應是人類堆棄消費品的區域。
此次出土的人類化石有人類牙齒化石、頭骨殘塊化石。在人類牙齒的化石上，考古隊還發現了齲齒和牙結石，王社江說：「後期的實驗室考古可以從牙結石中分析出當時的人吃什麼食物。」
動物化石分析後發現，大多為碎骨和牙齒化石。初步鑑定有鹿、麂、牛、劍齒象、犀、野豬、大熊貓、熊、狼、鬣狗、黃鼬、豪豬等20餘種，其中鹿科和牛科動物佔絕大多數，屬於晚更新世「大熊貓-劍齒象」動物群。該時段是人類活動的繁盛期，洞穴被人類作為居址長期利用。
疥疙洞遺址是中國舊石器時代考古遺址中罕見的、保留了距今10萬-1.5萬年期間人類化石和豐富文化遺存的洞穴遺址，填補了秦嶺地區舊石器時代晚期人類洞穴類型居址的空白，對研究早期人類洞穴和曠野階地兩種類型的居址形態和生存方式提供了重要的資料。
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