IP、co-IP、ChIP、RIP、pull-down，這麼多單詞還分得清嗎？這些技術能用來做什麼都了解過嗎？
以上幾個實驗技術都和蛋白有關，他們之間既有聯繫又有區別。今天小編主要介紹一下這幾個實驗技術，嗯，都是知識點。
免疫沉澱技術（Immunoprecipitation, IP）主要原理是根據抗原和抗體的特異性結合，利用抗體將靶標蛋白（即抗原）分離出來，只是為了檢測某一種蛋白的表達情況。co-IP、ChIP、RIP等技術由IP演化而來，可以用來研究與蛋白結合的分子。
免疫共沉澱技術（co-Immunoprecipitation, co-IP）是一種研究兩種蛋白在體內是否存在相互作用的有效方法，通過抗體和已知蛋白結合，從而捕獲整個已知蛋白複合物，進而研究複合物中與已知蛋白存在相互作用的蛋白。
IP和co-IP的區別在於檢測的最終目標是直接與抗體結合的蛋白，還是間接與抗體結合的蛋白。
染色質免疫共沉澱技術（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是用來研究蛋白質與DNA是否在體內存在相互作用，常用來檢測轉錄因子結合位點。利用抗原抗體的特異性結合，將與目的蛋白相結合的DNA片段沉澱下來，能夠真實地反映結合在DNA序列上的調控蛋白。
一般包括：細胞固定---染色質斷裂---染色質免疫沉澱---交聯反應的逆轉---DNA的純化及鑑定。可以用PCR或者高通量測序鑑定DNA與蛋白質的結合情況。
RNA結合蛋白免疫沉澱技術（RNA Binding Protein ImmunoprecipitationAssay，RIP）主要是用來研究體內、RNA與蛋白結合情況，利用針對目標蛋白的抗體把相應的RNA-蛋白複合物沉澱下來，通過分離純化，對結合在複合物上的RNA 進行RT-PCR驗證或測序分析。
主要原理是利用帶有標籤的已知蛋白作為誘餌蛋白（最常用的是GST標籤，即穀胱甘肽巰基轉移酶，glutathione S-transferase），誘餌蛋白特異性結合穀胱甘肽親和樹脂，當目的蛋白溶液過柱時，將誘餌蛋白及其相互作用的蛋白複合物捕獲。複合物洗脫後，通過蛋白凝膠電泳分析兩種蛋白間的相互作用，或者篩選相應的目的蛋白。
顧名思義，是研究RNA與蛋白質相互作用的一種技術。利用生物素標記的RNA探針，通過與含有目的蛋白的溶液孵育，形成RNA-蛋白質複合物。
複合物可以特異性結合磁珠，從而與孵育液中的其他蛋白分離。複合物洗脫後，通過蛋白凝膠電泳實驗，檢測特定的RNA與蛋白的結合情況。
co-IP研究的是體內自然狀態下的蛋白質互作，反應地是比較真實的蛋白質之間的相互作用，而pull down則是通過體外實驗，無法得知體內真實的結合情況。
co-IP由於沉澱下來的是蛋白複合物，所以不能顯示蛋白質之間的相互作用是直接還是間接的，而pull down可以確定目的蛋白和檢測蛋白是否可以發生直接相互作用。
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