Q：1. 適配子DNA單鏈，可以用帶有互補鏈的磁珠進行pull down嗎？如果可以，效率怎麼樣？一般需要怎麼優化條件？
A：理論上說,若DNA單鏈能夠與磁珠上的互補鏈雜交成功,是可以進行pull down實驗的; 效率如何不好確定,這個取決於兩條DNA單鏈是否能雜交成功、蛋白-DNA結合的強弱、蛋白的豐度等。
Q2： DNA pull down的 原理？
A：針對目標區域設計特異性DNA探針並進行生物素標記，生物素探針可與偶聯在磁珠上的鏈黴親和素結合；細胞蛋白提取物與磁珠-DNA探針孵育，從而釣取與DNA探針有特異性結合的互作蛋白質。
Q3： 你們對外服務的檢測項目有哪些？
A：細胞、動物/植物組織、菌體都可以做DNA pull down, 我們還可以做的檢測實驗具體如下:
(1) RNA-蛋白/RNA互作及定位：RNA pull down、RIP、fish等;
(2) DNA-蛋白互作：DNA pull down、ChIP、EMSA、雙螢光素酶、酵母單雜等;
(3) 蛋白-蛋白互作：GST/his pull down、CoIP、酵母雙雜等;
(4) 細胞學檢測：細胞增殖-MTT/CCK-8, 細胞凋亡, 細胞周期,細胞遷移、侵襲：劃痕癒合/Transwell/Transwell（Matrigel）等;
(5) 外泌體服務：提取、鑑定(Nanosight粒徑檢測/電鏡/WB)、
測序(miRNA/lncRNA)、蛋白質組學;
(6) 轉錄組及蛋白質組：真核有參轉錄組、無參轉錄組、真核lncRNA、small RNA等。
Q4：效率有多高？
A：效率主要取決於蛋白-DNA結合的強弱、蛋白的豐度等。
Q5：老師，對照組的DNA序列是怎麼選擇的？
A：一般對照組是沒有探針的,對照組是磁珠beads+蛋白。
Q6：DNA pull down有什麼缺陷嗎？
A：DNA pull down-MS是體外研究蛋白-DNA是否有直接互作的經典技術，是將探針結合在凝膠/磁珠上，釣取與DNA探針有互作的蛋白；就技術而言,沒有明顯的缺陷;後續質譜能鑑定到多少蛋白取決於蛋白-DNA結合的強弱、蛋白的豐度等。
Q7： 做DNA pulldown 用DNA單鏈好還是雙鏈好？
A：常規的是用DNA雙鏈作為探針。
Q8： 可以簡單講一下生物素標記引物的原理嗎？
A：主要利用生物素（biotin）和親和素（avidin）這兩種分子的獨特性質; 親和素的每個亞基都能結合一個生物素分子,兩者的結合是通過生物素的脲基環部分完成的;因此可將其戊酸側鏈通過醯胺鍵與核酸分子相連，構成生物素標記的核酸探針。
Q9： 如果做轉錄因子，轉錄因子和DNA結合發起轉錄，不應是和打開的單鏈結合嗎?
A：啟動子是位於轉錄起始位點（結構基因）5'端上遊的DNA序列，就像"開關"，決定基因的活動，本身並不控制基因活動，而是通過與特定蛋白質（轉錄因子）結合而控制基因的活動。轉錄因子就像一面"旗子"，指揮著酶(enzymes)(RNA聚合酶polymerases) 的活動，這種酶製造著基因的RNA複製本。轉錄因子是與啟動子DNA雙鏈結合的。
Q10：做100bp突變對照組應該怎麼突變鹼基？
A：可以通過查找相關資料確定啟動子發揮功能的核心區域,將核心區域進行突變;一般是A/G互換,C/T互換突變。
Q11： DNA互補鏈可以相互釣取嗎？
A：DNA pull down 是研究蛋白-DNA的互作,不可以用DNA互補鏈相互釣取。
Q12：請問DNA為什麼會與蛋白質互作呢，它們有什麼功能的聯繫嗎？
A：DNA pulldown 是研究蛋白-DNA的互作, 主要應用於尋找已知的啟動子序列所結合的未知蛋白（轉錄因子）；啟動子是位於轉錄起始位點（結構基因）5'端上遊的DNA序列，就像"開關"，決定基因的活動，本身並不控制基因活動，而是通過與特定蛋白質（轉錄因子）結合而控制基因的活動。
Q13： 如果做小肽對細菌的作用是否也可以DNA pull down？
A：小肽屬於蛋白類, 做不了DNA pull down。
Q14：未加探針的對照組鑑定出蛋白是什麼原因呢？
A：對照組是磁珠beads+蛋白，雖然沒有探針，但少量蛋白可以與磁珠相結合，對照組鑑定到的蛋白是非特異性的背景蛋白。