科學家利用納米孔測序同時獲取染色質可及性和甲基化信息

2021-01-09 生物谷

 

近年來隨著DNA測序技術的蓬勃發展，蛋白質結合位點的高通量鑑定、染色質可及性及甲基化狀態分析等檢測技術不斷湧現，其中很多技術（如DNase-seq和ATAC-seq等）依賴於開放性染色質對轉座酶等的敏感性。在這些新技術中，全基因組核小體定位及DNA甲基化組測序技術（NOMe-seq）能夠利用外源性M. CviPI GpC甲基轉移酶標記基因組可及性區域，結合亞硫酸氫鹽轉換，NOMe-seq能夠同時檢測內源性胞嘧啶甲基化和核小體開放性狀態。

納米孔測序（Nanopore sequencing， 又稱第四代測序）是近年來興起的新一代單分子測序技術，具有測序讀長（reads）長（>150 kb），速度快，測序數據實時監控，機器方便攜帶等優點。之前研究已證明納米孔測序能夠檢測內源性CpG甲基化，並能對酵母甚至人類細胞的染色質可及性位點進行外源標記。

約翰霍普金斯大學Winston Timp教授領導的研究團隊在Nature Methods雜誌發表了題為「Simultaneous profiling of chromatin accessibility and methylation on human cell lines with nanopore sequencing」的研究論文，作者通過GpC甲基轉移酶外源性標記開放染色質後，利用納米孔測序技術（nanoNOMe-seq）同時檢測了人類細胞中的內源性CpG甲基化狀態和染色質可及性的階段性模式，構建了涵蓋甲基化和染色質開放性信息等在內的人類細胞表觀基因組，並利用該技術揭示了乳腺癌細胞和非癌細胞間的表觀遺傳差異。nanoNOMe-seq為我們揭示人類發育與疾病發生中複雜的染色質表觀遺傳學特徵提供了新的技術支持。(生物谷Bioon.com）

 

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