衣原體(Chlamydia)是介於立克次氏體與病毒之間，能通過細菌濾器，專性活細胞內寄生的一類原核微生物。在宿主細胞內發育繁殖具有獨特周期。過去誤認為"大病毒"，經現代技術研究歸於立克次氏體類群中，分類學上監定為衣原體目、衣原體科、衣原體屬。
衣原體細胞比立克次氏體稍小，但形態相似，球形或橢圓形，直徑0.2-0.3微米。馬基維羅染色法染色，衣原體呈紅色，而姬姆薩染色呈紫色，在光學顯微鏡下剛剛可見，革蘭氏染色陰性。
分析提純的衣原體，主要由蛋白質、核酸、脂類、多糖組成。核酸有DNA和RNA兩類，二者比例大約相等，DNA分子量約4×108，GC比約29% 。衣原體具有一個特點，那蛋白質中缺乏精氨酸和組氨酸，與這種缺失現象一致的是，在增殖過程中也不需要這兩種胺基酸。它的細胞結構與細菌要相似。具類似的細胞壁，細胞壁內含胞壁酸、二氨基庚二酸；70S核糖體也由30S和50S兩個亞基組成。
衣原體在宿主細胞內生長繁殖具有獨特的生活周期：即存在原體和始體兩種形態。原體(elementary body)細小，呈圓形顆粒狀，直徑約300納米。在電子顯微鏡下，原體中央有緻密的類核結構，有高度感染性。衣原體的感染主要由原體引起；具有高度感染性的原體，通過胞飲作用進入宿主細胞，而後被宿主細胞包圍形成空泡，原體逐漸增大成為始體(initial body)。始體比原體大，亦為圓形顆粒，直徑約800-1200納米，在電子顯微鏡下無緻密類核結構，而呈纖細的網狀，外周圍繞一層緻密的顆粒狀物質，並有兩層囊膜包圍。姬姆薩染色呈藍色。始體無感染性，但能在空泡中以二分裂方式反覆繁殖，直至形成大量產析的原體，積聚於細胞質內，形成各種形狀的包涵體(inclusion body)，姬姆薩染色呈深紫色。當宿主細胞破裂時釋放，重新感染新的宿主細胞。衣原體完成一次生活周期，約需24-48小時。
衣原體雖有一定的代謝力，能進行有限的大分子合成，但缺乏產生能量和系統，必須依賴宿主獲得ATP。因此，有人稱它為"能量寄生物"，這是它區別於立克次氏體的最顯著特徵。衣原體可能還需要從宿主細胞中獲得各種輔酶和某些低分子量物質。
衣原體不耐熱，在60℃中10分鐘即被滅活。但它不怕低溫，冷凍乾燥可保藏多年。四環素、紅黴素、氯黴素可抑制生長。
衣原體不需媒介直接的侵入鳥類、哺乳動物的人類。如鸚鵡熱衣原體(Chlamydia psittaci)引起鸚鵡熱病，有時可傳至人體。砂眼衣原體(Chlamydia trachomatis)是人類砂眼的病原體，甚至引起結膜炎、角膜炎、角膜血管翳等臨床症狀，成這致主盲的重要原因。另有性病淋巴肉芽腫，由性病淋巴肉牙腫衣原體引起，是一種接觸感染的性病，通過性交進行傳染是最普遍的途徑。
衣原體具有兩種補體結合抗。一種叫組別特異性抗原，抗熱力強，煮沸也不致破壞，但可被過碘酸和卵磷脂破壞，它是衣原體所共有的；另一種則不怕熱，溶於鹼性溶液，能被番瓜蛋白酶破壞，這種抗原具種屬特異性。
由於實踐和理論的需求，生物學家們很重視對衣原體的研究。
綜上所述，可知立克次氏體、支原體和衣原體三者的性質，均介於細菌與病毒之間，表2-10是這幾類微生物主要特徵的比較。