牛頓雖然發現了萬有引力定律，但是，他決不企圖對萬有引力的本質和原因作出任何說明。他公開表明：「直到現在，我還未能從現象中發現重力所以有這些屬性的原因，……對我們來說，能知道重力確實存在，並且按照我們所已說明的那些定律起著作用，就已經足夠了。」在牛頓看來，從已知事實，如克卜勒定律出發，能找到一種既符合事實，又能用數學公式表達出來的「作用力」，建立起一套數學理論；再返回來從這個理論出發，得出有關天體運動和海洋運動的種種推論，這樣就足夠了。至於引力的原因，那是一個第二位的問題，是不是牛頓認為引力本質的問題不值得認真探索呢？不是的。
牛頓曾經根據「以太」的觀點，對引力的本質提出過猜測，認為地球的重力吸引作用，也許是由於某種「以太氣精」的不斷凝聚產生的。但是牛頓清楚地意識到，引力本質即使是需要探明的，那也只能是以後的事情，所以，他只把引力的原因作為問題提出來。他說：「我之所以用提問的方式把它說出來，乃是因為缺乏實驗，至重力的原因是什麼，我不能不懂裝懂。」牛頓死後的自然科學發展的事實表明，牛頓在引力本質問題上所表現出來的謹慎態度，是非常明智的。20世紀初，愛因斯坦創立的廣義相對論理論，對引力的本質從幾何學角度進行了說明，這個理論認為，引力場不過是時間一空間「彎曲」的表現，並不是什麼力。
根據同樣的慎重態度，牛頓對萬有引力的作用機制，也不肯輕易發表無法用實驗證實的看法。兩個被真空隔開而相互遠離的物體，怎麼會在不發生相互接觸，發生互相吸引的作用呢？這些問題在當時是未曾解決，也不可能解決的。所以，牛頓只是從數學的角度，對兩個物體之間的吸引作，用進行了量的研究，對前面所提出的兩個問題，採&了迴避的辦法。可是牛頓的慎重態度，被人們誤解了，以為他是主張「超距作用」觀念的。這使牛頓不得不特別聲明說：「至於重力是物質所內在的、固有的和根本的，因而一個物體可以穿過真空超距地作用於另一個物體，毋須有任何一種東西的中間參與，用以把它們的作用和力從一個物體傳遞到另一個物體；這種說法對我來說，是十分荒謬的，我相信凡在哲學方面有思考才能的人絕不會陷入這種謬誤之中。
科學是老老實實的學問，不能有半點虛偽和浮誇。「我不能不懂裝懂」。牛頓這句樸實無華的話，深刻地表現出一個誠實的科學家，在對待科學問題上的嚴肅態度。在對待科學問題上，誠實和謙虛總是分不開的。在人類發展科學認識的徵途中，牛頓作出了許多轟動一時、開創了科學新時代的發現，特別需要指出的是，牛頓的這些發現，大部分是在他二十多歲的青年時期接連取得的，然而，牛頓卻始終保持著謙虛的態度。和牛頓同時，有許多人都從事著力學、數學、光學和天文學等方面的研究工作，他們也經常地取得了某些方面的研究成果。因此，牛頓一生中有好幾次，在一些科學發現的發明權問題上，和別人發生爭論。
但是，一旦弄清真相，牛頓決不貶低和埋沒別人的工作成就。《自然哲學的數學原理》出版之後，胡克就立即提出，萬有引力的理論，是他首先進行研究和完成的，同時胡克還設法使皇家學會站在自己一邊，支持自己的要求。實際情況是，胡克確實曾研究過引力問題，但胡克那時是否已經精確地證明了這個定律，並把它如此確切明了地表達出來，是很可懷疑的。在經過一番爭論之後，當《自然哲學的數學原理》再版時，牛頓把許多創建工作歸功於胡克。另外，牛頓在1666年發現萬有引力定律之後，很自然地就得出了，圓周運動中物體所受向心力的公式。1673年，荷蘭物理學家惠更斯，在研究擺的堵動現象時，獨立地提出了一項離心力理論，其中也提出了向心力公式。
牛頓雖然感到，自己尚未公布的萬有引力定律的一個重要推論，已被別人先行提出了，但是，他仍然繼續著扎紮實實的研究工作。直到晚年，在回憶早年的科學創造活動時，牛頓還謙虛地說：「惠更斯先生後來發表的離心力理論，我相信是在我之前的。」對於發現萬有引力定律這一歷史功績，牛頓只承認自己有兩點貢獻：一是肯定了地球上的重力和宇宙天體間引力的同一性，一是用數學公式表示出了它的數量關係。牛頓的這種謙虛態度，一直保持終生。當最後在病床上彌留之際，這位受到全世界敬仰的科學巨人，曾這樣說到：「我不知道世人對於我是怎樣看法，但是在我看來，我不過像一個在海濱玩耍的孩子。
偶爾很高興地拾到幾顆光滑美麗的石子或貝殼；但那浩瀚無涯的真理的大海，卻還在我的前面，未曾被我發現哩！」接著，他又說道：「如果我之所見比笛卡兒等人要遠一些，那只是因為我是站在巨人的肩上的緣故。」牛頓寫完了《普林基卑阿》這部著作之後，好像放下了一個沉重包揪一樣，心裡感到非輕鬆。他為了恢復一下身心的疲勞，就決定到離劍橋大學不遠的地方去休養。有一天，他在客人稀少的旅館的院子裡，竟用麥杆吹起肥皂泡來。他在觀賞著那些被陽光照得五顏六色非常好看的肥皂泡。小小的肥皂泡，叭地一聲從麥杆裡吹出來，馬上就變成了紅色的大肥皂泡，隨著風慢悠悠地飄來飄去。
「這是一位多麼古怪的客人喲！一位快要50歲的挺體面的紳士，竟整天吹起肥皂泡來啦。」於是，人們就傳開了。第二年，1688年，英國的威廉三世加冕。繼承了王位。為了慶祝新國王登基，召開了一次自由國會。牛頓在民權黨的推舉下，當選了劍橋大學的議員代表。國會議員的生活，與每天在研究室裡作作實驗、看看書的生活不一樣。每天從早到晚要和很多人談話，整日非常忙碌。牛頓對這種政治生活並不感興趣。但是，儘管如此，他卻從來沒有缺席過。在這期間，牛頓同科學家克利斯琴惠更斯、哲學家約翰羅克的交往比較密切，彼此結下了親密的友誼。他還常和學術界以外的人打交道，同時，又和劍橋大學的同學蒙特格重溫了過去的友情。第二年，因為國會解散了，牛頓又重新回到了劍橋大學。過了不久，他接到了母親病危的消息。「媽媽~~媽媽。」已經年近半百的牛頓，竟像個孩子似地靠在媽媽的枕邊，侍候著媽媽。
和爸爸沒有見過一面的牛頓，一直是媽媽撫養成人的。他從小就離開了家，過著忙於搞學問、搞研究的生活，而媽媽卻長年累月地忙著一家吃穿，過著困苦的生活。母親用她那乾癟的手，撫摸著牛頓的手說：「依撒克，你真出息啦！」媽媽的眼睛噙滿了淚水，不久，她就在牛頓照看下，靜悄悄地離開了人世。牛頓沒有妻子，他唯一的親人媽媽的死，使他感到難以忍受的孤獨與寂寞。排解牛頓這種痛苦的心情的，只有科學研究。於是，他就把從學生時代經過長期觀察、實驗、研究寫成的有關光學方面的論文，又歸納整理起來。光的本質是波，還是粒子？這是牛頓長時間迷惑不解的問題。如果設想光是一種波，那麼，又如何來解釋光的直線傳播的現象呢？無論如何也解釋不通。就算作光是一種波巴，它又是通過什麼傳播出去擴展開的呢？
這也是一個一直困擾牛頓的問題。牛頓經過長時期研究的結果，傾向於光是由光源那裡射出來的極小粒子構成的。同時，他也沒有完全放棄光是一種波的設想。後來，發現了光在許多情況下，顯示出波的性質。並且，同時也表現出來粒子的性質。光同時具有波和粒子兩神不同性質，這在當時實在令人難以理解。牛頓把關於光學的手稿，一點一滴地整理完了。那是1692年一個夜晚的事情。牛頓又整理了一整天論文。為了休息一下，他便出去散步。那時，牛頓忘了把蠟燭熄滅。在他沒在家時，蠟燭被他平日心愛的叫做「金剛鑽」的小狗給碰倒了。桌子上放著牛頓幾十年來耗盡心血積累下來的手稿，不幸被蠟燭的火點著了，一轉眼就化成了灰燼。牛頓從外面回來一看，急忙用上衣，把火給撲滅了。雖然幸而沒有釀成火災，可是，他心血的結晶卻和煙一起消散了。