眼鏡凱門鱷一般體長約1.2-2米，體長最大可達2.5米，初孵出來的幼鱷有20-25釐米長。眼鏡凱門鱷嘴長，背面呈橄欖綠色，頭部、身體、尾部上有個多深色斑紋，背部及尾部上則有深棕色或黑色的橫帶紋，肚皮的顏色則是純米色或者淺黃色。初孵出來的幼鱷下頜兩側有淡色斑，長大到大約35釐米長時，這些斑紋會全部消失。
眼鏡凱門鱷一般棲居於廣泛的水域棲息地。在淡水生境和一些鹹水生境中都發現有眼鏡凱門鱷。通常首選水流緩慢的河流和溼地。在深水中和淺水中都可以找到它們，因為它們只需要足夠的深度就可以淹沒他們的身體。
眼鏡凱門鱷於其一生中不同時期均有不同天敵。捕食鱷卵的動物包括有黑點雙領蜥、發冠長腳鷹、食蟹狐、浣熊、長鼻浣熊和戴帽猴等。而以雛鱷和幼鱷為食的則有鯰魚等食肉性魚類、龜、鱷魚、夜鷺、鸛、鷹、虎貓以及家豬等。美洲豹及森蚺就會捕食成年鱷魚。
眼鏡凱門鱷與其他鱷魚一樣，食物隨年齡、季節及棲息地的不同而變化。幼鱷主要以無脊椎動物為食，特別是鞘翅目昆蟲，也會進食螺、蝦及蟹等水生動物。成年鱷則主要以脊椎動物為食，包括水生及陸生的脊椎動物。它們的捕食策略包括靜伏不動，偷襲路過的陸生脊椎動物，於水中偷襲遊近的魚類與其他水生脊椎動物。此外，它們有時也用身體和尾巴驅趕魚類到淺水處，或者於開闊的水體將魚類驅趕到狹窄的岸邊後再捕食。
眼鏡凱門鱷的求愛行為包括躍出水面、炫耀尾巴，以及輕咬和摩擦頭部與頸部等。它們於不同地點的造巢活動的高峰期也有不同，一般多在潮溼季節。它們的巢由葉子、小樹枝、雜草以及泥堆成小丘狀。雌性的眼鏡凱門鱷每次產卵可達40枚，而整個孵化期雌性會有規律地關心和保護巢址。幼鱷出殼時發出叫聲，雌性將巢挖開護送雛鱷進入水中，而有時雄鱷也協助。雌鱷也會用嘴幫助胚鱷破殼而出，並用嘴攜帶幼鱷進入水中。在野外最長的已知壽命估計在60歲左右，但是一般在30-40年。平均圈養壽命為20年，最低記錄為24年。