孫學軍教授：機制的研究雖然說是抗氧化和抗炎，但這些都是現象歸納的說法，並沒有詳細的分子過程，比如氫氣到底與什麼分子發生了什麼樣的調節作用。只從中和活性氧的角度不能完全解釋氫氣的效應，我個人很同意你的直覺，具體機制是氫氣生物學目前研究的一個重要而關鍵的問題。比如抗炎本身就有複雜的機制，這中間還牽涉複雜的免疫現象，我想至少以後的研究，這些方向是不可避免的。
氫氣治療疾病的機制到底是什麼？最粗暴的解釋是，不知道，因為仍然沒有研究清楚。最學術的說法是選擇性抗氧化，因為學者們多數都是這樣說，被大多數認可。最有趣的說法是，氫氣是一種信號分子。最有哲理的說法是，氫氣是氧氣的孿生兄弟，氧氣是生命存在的基礎，氫氣是生命健康的守護神。最浪漫的說法是，氫氣是宇宙中最簡單的分子，最美好的結構，世界總是這樣，最簡單的也許就是最好的。
孫學軍教授：原因可能是啟動了其他效應，這個被啟動的作用具有持續性特點，類似於麻醉氣體和藥物的長期效應。這個效應應該與基因表達，或蛋白活性有關係。信號分子目前還缺乏證據。但幹擾信號的可能性是非常大的。也許採用基因表達組或蛋白組或代謝組等方法可以找到興趣分子。
喝氫水後氫在體內持續存在的時間很短，在人體不超過3小時，動物因為呼吸循環更快，持續時間更短，所以我們將來可以觀察氫是否具有預防疾病的作用來確定這種奇怪的現象。
孫學軍教授：氫氣是否也像NO一樣，是機體的一種信號分子，過去我一直迴避這個問題，隨著研究的深入，我現在認為也許是一種信號分子。氫可能是一種外源性調節信號，這類似於氧氣的信號作用，只不過沒有氧氣的信號作用那麼明顯。氧氣具有信號作用，不僅有受體，而且作用非常廣泛。而氫在體內的來源是大腸內代謝成分。日本最近有人提出，氫氣可以影響NADPH氧化酶，發揮信號作用，是一個非常大膽的想法，值得進一步深入研究。
孫學軍教授：氣體完全可以從消化道吸收，這符合物質擴散定律。氣體溶解在液體或水中，這和其他物質如葡萄糖或食鹽的溶解並沒有本質區別，葡萄糖可以被消化道吸收，氣體也可以被吸收，都是通過擴散，從濃度高的部位向濃度低的部位擴散。
氣體進入和離開細胞需要細胞膜上的氣體通道。現在研究證據發現，氣體和離子類似，也需要氣體通道，小分子氣體一般是借用其他通道，例如水通道被證明就是一種氣體通道，氣體可以按照濃度梯度跨過水通道進入或離開細胞。
孫學軍教授：即使是真正健康的沒有明確身體問題的人群，也有隨年齡增長身體老化和疾病預防的需求，而且現在的問題是有沒有真正的健康人？因此我的意思非常明確，人人都應該喝氫水，甚至應該作為健康生活方式的一個重要組成部分。
從目前的研究和許多線索看，氫氣對健康人並沒有效果，例如對青少年人沒有效果，對身體健康的人也看不到效果。但是，從長遠來看，人總會逐漸衰老，也很難避免生病。從預防疾病，延緩衰老角度，健康應該從小抓起，健康習慣應該從小養成。預防總是越早越好。
孫學軍教授：我認為，氫氣作為一種幾乎絕對安全的抗病防病工具，因為人人都可以用，什麼條件都可以用，所以對維持健康、預防和延緩慢性疾病發生一定會發揮巨大作用，甚至能產生類似改變飲食結構、增加運動量等生活方式改善的效果，我們也許會把日常喝氫水作為良好生活方式的一個方面。
許多人都知道應該改善生活方式，但是很少有人能真正接受健康的生活方式。邁開腿和管住嘴的健康生活方式，恰好是與人的生物本性相悖的生活方式，必須有非常大的意志力才能長期堅持，所以難以被多數人接受和養成習慣。但是，喝水就不存在這樣的問題，多喝水是符合生物生存需要的習慣。如果只是把普通飲水改變為含有氫氣的水，就可以給大家帶來健康，那么喝富氫水是非常容易培養的健康生活習慣。