企鵝是典型的海鳥，雖然長著鳥的頭和喙，以及兩個翅膀，卻不能飛行。相反，它一到海裡就活蹦亂跳得像條魚，並且能以每小時18千米的速度在水中飛馳。為什麼企鵝有翅膀卻不能飛呢？
從企鵝的起源來說，科學家們指出企鵝身上存在著尾綜骨。鳥類的祖先是蜥蜴型的，在基因的繼承過程中，保留了一個由脊椎骨組成的長尾巴。在物種進化過程中，鳥的尾骨最終縮成一塊小的骨節名為尾蹤骨，主要作用是用來支持尾羽。不論是早期的始祖鳥還是現今的鳥類，骨架結構上都存在尾蹤骨，這也證明了企鵝的祖先也是擁有飛行技能的。再則，企鵝已經不像其他鳥類擁有翮羽，但它的體內仍存在支撐翮羽的結構，它的鰭翅屬於飛翼，小腦也是高度發達，這些證據都能證明其祖先擁有飛行的本領。除此之外，企鵝在睡覺時會把喙插在翅下，這種習慣特徵與鳥類相同。
從生物力學角度來解釋，也有科學家指出企鵝不會飛的原因是潛水能量消耗遠低於飛行而做出的最優選擇。生活在太平洋、大西洋北部的海鳩，是一種和企鵝非常類似的海鳥，不同的是它仍然保留了飛行能力。根據科學研究結果指出，通過一種叫做雙標水的同位素技術可以監控海鳩運動時的能量消耗。在測試海鳩飛行和潛水兩種運動狀態的能量消耗後發現，其潛水時所需的能量遠低於其他鳥類，僅次於企鵝潛水的效率。但是，海鳩飛行時所需的能量不僅是飛行鳥類中最高的，而且遠遠高於其自身的基礎代謝率。從生物力學的角度上來說，這種低耗能潛水行為和高耗能飛行行為會讓海鳩在進化中有失去飛行能力的可能。這也從側面說明了企鵝的飛行能力也可能是同種原因所造成的。
因為生活在隔絕性的海島，企鵝不需要花費極大的飛行氣力去躲避天敵，所以在進化過程中逐步失去了飛行能力。這種情況也類似於雞、鴨、鵝，它們在人類的飼養下，也逐漸喪失了飛行能力。