伯克團隊的重要貢獻之一,就是對這封「超長電報」進行了500多處修改,刪除了4.8萬個被認為對染色體複製和生長沒有用處的重複鹼基對,還刪除了一些被稱為垃圾DNA(脫氧核糖核酸)的序列,還在許多位點上進行了序列的插入和增改,以便讓它更穩定,更適合外源基因的插入。
2014年3月27日,約翰·霍普金斯大學的「創建基因組」課程上,幾百個大學生宣稱,他們成功地重新創建了酵母的synIII號染色體,可以控制其進行有性繁殖。這就意味著,他們成功合成了第一條能正常工作的酵母染色體,這也是人類第一次合成完整的真核生物染色體。這一成果被譽為攀上了合成生物學的新高峰,也是向合成人造微生物等生命體邁出的一大步。
這個研究團隊由來自美、英、法等多個國家的教師和學生組成,他們的領導人是傑夫·伯克(Jef Boeke)教授,他是紐約大學朗格尼醫學中心系統遺傳學研究所的主任。這一裡程碑式的研究成果,發表於次日發行的權威學術期刊《科學》雜誌上。雜誌上報告說,他們利用計算機輔助設計技術,歷時7年成功構造了源於釀酒酵母的被稱作synIII的染色體,儘管合成的僅僅是釀酒酵母16條染色體中最短小的一條,但這是通往構建一個完整的真核細胞生物基因組的關鍵一步。最讓研究人員自豪的是這條染色體被成功整合進活體酵母細胞之中。傑夫·伯克教授說:「攜帶這條合成染色體的酵母細胞相當正常,它們與野生酵母細胞幾乎一模一樣,只是它們還擁有一些新的能力,能夠完成野生酵母無法完成的事件。」
自然界的生物體,從細胞核的角度,可以簡單地劃分為原核生物和真核生物兩大類。二者的根本性區別是後者的細胞內含有細胞核,而前者沒有。原核生物從進化水平上來講都很低等,所謂沒有細胞核,最主要的是沒有核膜,但有一團核物質,叫擬核,裡邊有DNA等遺傳物質,它控制著主要的性狀;還有一些性狀,比如抗藥性等,則是由擬核之外的所謂「質粒」中含有的DNA來控制的。人類對生命遺傳物質的人工合成,是從相對簡單的原核生物開始的。40多年前,人類首次實現了對大腸桿菌中的「質粒」進行人工設計與合成。2010年,美國科學家克雷格·文特爾曾宣布,培育出第一個由人工合成基因組控制的細胞,但他的工作仍然是在細菌中完成的,細菌只是原核生物,而且是不是成功地控制,還存在很大爭議。伯克教授領導的團隊,進行的本次研究,是在酵母菌中完成的,這是一種真菌,是有著完整細胞核的真核生物,而所有的動物和植物都是真核生物。因此,第一次合成完整的真核生物染色體,不僅複雜性遠高於以前的所有研究,而且它的實際意義也要重大得多。
以往對真核生物的人工染色體合成,大多是改造的原有染色體,常常含有許多冗餘部分。重新合成人工染色體,無異於從頭設計它應有的功能,來使科研人員更便捷地進行功能基因組學的研究。酵母菌細胞核中的染色體有16對,也就是32條(人類則是23對、46條),伯克團隊選擇的染色體synIII,是這32條中最短小的一條,它的「原始版本」擁有近32萬個鹼基對。DNA中的四種鹼基分別叫鳥嘌呤(Guanine,簡寫為G)、腺嘌呤(Adenine,簡寫為A)、胞嘧啶(Cytosine,簡寫
為C)和胸腺嘧啶(Thymine,簡寫為T),它們總是按照A和T、G和C這樣的搭配成對出現的,中間以氫鍵相連。鹼基對的排列順序,就像電報所使用的莫爾斯碼一樣,是生物的遺傳密碼。在synIII的32萬個鹼基對中,有大約4萬8千個是無用的,就相當於一封長達32萬字的越長電報中,有將近5萬字是廢話一樣。
伯克團隊的重要貢獻之一,就是對這封「超長電報」進行了500多處修改,刪除了4.8萬個被認為對染色體複製和生長沒有用處的重複鹼基對,還刪除了一些被稱為垃圾DNA(脫氧核糖核酸)的序列,還在許多位點上進行了序列的插入和增改,以便讓它更穩定,更適合外源基因的插入。研究過程中,科學家們藉助電腦軟體設計出染色體的結構,隨後將其分成許多「構建單元」,即700至800鹼基對左右相互覆蓋的DNA片段,分別合成;然後利用覆蓋區域的特異序列將它們逐個「粘合」。在框架搭好後,研究者們利用了「基因洗牌」的方法,將不同的基因片段隨機組合,並培養相應的酵母,通過它們的表現—菌落大小、生長曲線以及不同條件下的細胞形態—來判斷組合的優劣,越接近野生的越好。最終構建的染色體擁有約27萬個鹼基對,它比原始的、野生細胞功能更安全、更齊全。
肯定有人會問:這樣的研究除了對人類智力活動是一種有趣的挑戰以外,還有什麼實用價值?簡單地說,它將有助於更快地培育新的酵母合成菌株,用於製造稀有藥物,包括治療瘧疾的青蒿素或治療B肝的疫苗等。合成酵母還能用於生產更有效的生物燃料以及其他許多方面。正如伯克教授所說:「我們的研究實現了合成生物學從理論到現實的轉變。」這個團隊的下個目標是利用這次的經驗,更快更好地合成酵母基因組中更大的染色體,同時在過程中加深對酵母不同基因功能的理解。撰文/韓曉波