流式細胞術可以快速、準確地檢測出你的細胞表達哪些標記，標記的表達水平是多少。然而，和所有的檢測系統一樣，我們在檢測的時候，除了需要的特異性信號，還是會存在很多的非特異性信號和背景噪音。其中有些噪音就是由於小顆粒和碎片造成的，所以，通過閾值排除掉這些碎片對於我們收集到正確的信號很重要，更重要的是，排除掉這些碎片，可以大大減少最終生成的FCS文件的大小。
最常見的當然是散射光這種物理學參數了。
通常，我們會在獲取的時候，把閾值（threshold或trigger）設置在FSC上，大多數流式細胞儀上的默認值是FSC可獲取範圍的5％，不過我們可以根據我們檢測的細胞特徵，修改這個數字。那麼如何修改呢？
正確設置的閾值，應該是既能夠去除碎片，又能夠保留我們所需要的細胞或信號。所以在調節的時候，應該以低速獲取並且盯著FSC/SSC或其它必要的圖形，千萬不要過高導致真正的信號丟失。
當然不是。
例如在DNA分析時，我們可以用DNA染料的螢光強度排除掉那些不需要的信號，如下圖，左側小圖顯示的是用FSC作為閾值排除掉碎片的DNA含量圖，但我們仍可以看到一些碎片峰（緊貼y軸），但如果用DNA閾值，就可以使DNA含量圖變得非常清爽。在很多流式細胞儀上，你可以同時結合FSC和DNA信號，達到更高級的閾值設置。
在免疫分型中也是如此，除了FSC這個基本閾值設置外，我們可以根據方案組合或需要，增加其它閾值，以儘量排除掉紅細胞和碎片影響。
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