在大學的問題上，我從來都有一個觀點：必須先找大師，再建大廟。
對於一個大學來說，第一要有明確的宗旨，再就是要有良好的制度——嚴格、公平、透明。確立制度要非常小心，要和教授們仔細商量。
2001年，60歲的朱經武被香港科技大學聘為校長。這位生在湖南，長在臺灣，工作在美國的華人物理學家開始了一段新的人生裡程。為了能把他留在香港，時任特首董建華專門出面，直言香港經濟轉型與升級要靠科技進步。此前，他從沒擔任過任何純粹的行政職務。他是享譽世界的超導學者、多項世界級科學大獎的獲得者、諾貝爾物理學獎的熱門候選人。
2007年，他獲得了香港地區大學校長排行第一的榮譽。事實上，自從他擔任校長以來，除2005年排行第二以外，每年他都被選為「最佳校長」。
2006年，《泰晤士報高等教育特刊》全球200最佳大學排名中，香港科技大學排在第58位。
與此同時，他還以非受薪形式與休斯敦大學德州超導中心保持聯繫，指導那裡20多名搞高溫超導的研究人員。
若干年前，時任國務委員、國家科委主任宋健到美國訪問，他為宋健爭取到榮譽博士學位。這樣的舉動，無疑有助於他與中國科學界的合作。
他在臺灣和大陸科學院都獲得了院士的殊榮。按當時報章報導，他甚至成為臺灣「中央研究院」院長的熱門人選，但他沒有興趣。但對他而言，進實驗室就像別人周末郊遊一樣，具有療養功效。他覺得最困難的，是與不同政治理念的人打交道。他曾對記者說：「華盛頓許多政治家的政治理念與我的不盡相同，但我以事論事，只要他們支持科學，即使是些極右保守派，我也是樂意與他們合作的，別的不多考慮。」
他的嶽父是一代數學宗師陳省身先生，他的婚姻介紹人是楊振寧。他太太陳璞原先也是一名物理學者，但太太覺得「一家兩個物理學家嫌太多」，便轉行去做了銀行業。
與諾貝爾獎擦肩而過
2007年，朱經武被美國總統布希委任為美國國家科學獎評審委員會委員，是評審委員會12名成員中惟一的華人。20年前，他曾獲得這項大獎。
朱經武的人生關鍵詞是「超導」——物理學界在1911年首次發現具有零電阻及反磁特性的超導材料，但只能在4.15K(0K=-273℃)的極低溫下存在。科學家一直尋找更高溫的超導體，1987年以前大家只能把臨界溫度提至 35K(等於-273℃＋35℃)。超導現象有著廣闊的應用前景，如果中國能把高壓輸電的電纜換成超導電纜，至少可以節省出一個三峽工程。
1986年夏天，在休斯敦大學擔任物理學教授的朱經武預言，如果自己3年內不能發現高溫超導體，就將放棄這項從事多年的研究。
沒過多久，德國人柏諾茲和瑞士人穆勒發表了有關高溫超導的論文。由於很多人沒有看到他們的論文，即使看到也不相信，因此沒有引起重視。但是朱經武和他的學生吳茂昆對他們的結果敏銳地做出了肯定的判斷，並分別與自己的研究小組加緊了研究工作。
他們用高壓方法使La-Ba-Cu-O材料的超導轉變溫度提高到了40.2K，接著又提高到52.5K。他們對結果進行深入分析，得出新的結論，推翻了以前的定論——轉變溫度不能超過30多K。
1987年1月29日，朱經武等人首次宣布得到了90K以上電阻消失的超導體。這是超導物理史上的又一個裡程碑，人類首次發現突破了液氮溫區(77K)的超導體。
出於研究工作的保密需要，朱和吳的論文沒有公布新材料的化學成分。兩篇論文中出現了打字錯誤(代表釔的元素符號Y被列印成代表鐿的元素符號Yb)讓外界難以捉摸。
1987年，諾貝爾評審委員會把物理學獎授予「在發現陶瓷材料的超導性方面有重大突破」的兩位合作者——柏諾茲和穆勒，美籍華人朱經武卻被評獎機構因科學以外的原因忽視了。
2001年，美國能源部找到朱經武和他的同事，與他們討論一個宏大的工業計劃——建立北美地區超導輸電網絡，估計要花費5000億美元，用10到50年時間完成。如果該計劃得以實現，將會使世界的能源工業得到革命性的改觀。
當時美國財政預算相當充盈，一年後的「9•11」事件以及伊拉克戰爭，使得美國財政預算逐年吃緊，這項龐大的工業規劃只能擱淺。
打造「東方普林斯頓」
1987年，朱經武拒絕了加州大學伯克利分校(UCBerkeley)校長一職。14年後，他來到香港科技大學。
香港前特首董建華曾高度評價香港科技大學，「科大的成立，對香港營造學術文化居功至偉」；香港中文大學校長金耀基盛讚科大是「香港最近10年來最有成就的大學」；沙烏地阿拉伯的KAUST大學將香港科大當作典範，沙特國王準備投入幾十億美元打造中東的MIT(美國麻省理工學院)。
在香港主持一所科研大學，不足以成就朱經武的理想，他決心在自己的第二任任期內建立高等研究院，打造「東方的普林斯頓」。
2006年秋，朱經武帶著這個宏願到北京拜訪了科學院、工程院、教育部、科技部等，各部委領導都非常支持並看好高研院的作用，希望相互合作，香港政府更是全力支持，很快批准了建設經費和3年的激活經費。
2007年，香港科大內地博士生葛煒煒自殺。儘管有同學表達了對校方的不滿，但朱依然贏得了學生的尊重。
他親率兩位主管行政和學術的副校長，邀請科大的內地學生對話，向同學們通報葛煒煒最近在學術研究和生活中的情況，回答學生的「質詢」。談到葛煒煒，他說他是將其當作一家人，校方也一直在給他力所能及的幫助。
最後，他呼籲全體師生向煒煒默哀1分鐘。
對於校長任期結束後的生活，他說：「我生是科學家，死亦科學家。老兵永遠不死，只是慢慢隱去。」