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中國科研人員構建油菜基因轉錄資料庫
記者日前從中國農業科學院油料作物研究所獲悉，該所油料作物基因組學與抗病性改良創新團隊成功破譯了油菜基因組的全轉錄信息密碼，構建了油菜10萬餘個基因的轉錄全景圖，使得油菜功能基因研究第一次有了相對標準的可參考的基因轉錄資料庫，為相關研究提供了有力支撐。
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首個油菜基因轉錄資料庫構建成功
中國農科院油料所，油料作物基因組學與抗病性改良創新團隊成功破譯了油菜基因組的全轉錄信息密碼，構建了油菜10萬餘個基因的轉錄全景圖，使得油菜基因功能研究第一次有了標準的可參考的基因轉錄資料庫，將有力支撐油菜功能基因的相關研究。該成果在線發表於國際知名期刊《植物學報》（The Plant Journal）。
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中國農科院油料所破譯油菜基因組密碼 構建油菜基因轉錄資料庫
湖北日報訊（記者孟靜、通訊員童超波、劉勝毅）8月28日，記者從中國農業科學院油料作物研究所獲悉，近日油料所油料作物基因組學與抗病性改良創新團隊成功破譯了油菜基因組的全轉錄信息密碼，構建了油菜10萬餘個基因的轉錄全景圖，使得油菜基因功能研究第一次有了相對標準的可參考的基因轉錄資料庫
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中國農科院繪製油菜基因組轉錄全景圖,構建功能基因資料庫
中國農科院繪製油菜基因組轉錄全景圖，構建功能基因資料庫 劉志偉 童超波 劉勝毅/科技日報 2020-07-31 07:45
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我國科學家構建油菜功能基因資料庫
記者從中國農科院油料所獲悉，該所油料作物基因組學與抗病性改良創新團隊成功破譯了油菜基因組的全轉錄信息密碼，構建了油菜10萬餘個基因的轉錄全景圖，使得油菜基因功能研究第一次有了標準的可參考的基因轉錄資料庫，將有力支撐油菜功能基因的相關研究。該成果最近發表在國際知名期刊《植物》上。
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我科學家構建油菜功能基因資料庫
記者30日從中國農科院油料所獲悉，該所油料作物基因組學與抗病性改良創新團隊成功破譯了油菜基因組的全轉錄信息密碼，構建了油菜10萬餘個基因的轉錄全景圖，使得油菜基因功能研究第一次有了標準的可參考的基因轉錄資料庫，將有力支撐油菜功能基因的相關研究。該成果最近發表在國際知名期刊《植物》上。
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泛基因組資料庫：找到油菜的「好基因」
今年初，華中農業大學一支科研隊伍公布了8個甘藍型油菜的高質量參考基因組。近日，他們在原有研究基礎上，通過整合1689份油菜的基因組及重測序數據，構建了首個油菜泛基因組和比較基因組生物信息平臺BnPIR。有了這一平臺，研究人員可以更快捷、更方便地檢索和使用油菜泛基因組相關資源。
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泛基因組資料庫:找到油菜的「好基因」—新聞—科學網
今年初，華中農業大學一支科研隊伍公布了8個甘藍型油菜的高質量參考基因組。近日，他們在原有研究基礎上，通過整合1689份油菜的基因組及重測序數據，構建了首個油菜泛基因組和比較基因組生物信息平臺BnPIR。 有了這一平臺，研究人員可以更快捷、更方便地檢索和使用油菜泛基因組相關資源。為何建設油菜泛基因組平臺？這是一個什麼樣的資料庫？油菜相關的多組學數據研究進展情況如何？
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華中農業大學構建油菜泛基因組資料庫助力油菜遺傳育種研究進入泛...
近日，華中農業大學生物信息團隊陳玲玲和楊慶勇課題組與廣西大學合作在植物學期刊Plant Biotechnology Journal在線發表了題為「BnPIR: Brassica napus Pan-genome Information Resource for 1,689 accessions」的論文，構建了首個油菜泛基因組和比較基因組生物信息平臺
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科學網—擬南芥為油菜育種開闢新路徑
例如，歐洲油菜每年因果實開裂而造成的損失平均可達年產量的20％，在極端氣候條件下損失會進一步增加到50％甚至更多。因此，選育抗開裂的油菜品種可以有效少果莢開裂造成的經濟損失。 吳鴻介紹，早前對擬南芥果莢開裂的研究主要停留在對轉錄因子的研究層面。轉錄因子是一種結合蛋白，與RNA聚合酶形成轉錄起始複合體，共同參與轉錄起始的過程因此調控著下遊許多基因的轉錄水平。
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轉錄因子資料庫大全
之前我們分享過轉錄因子的相關文章（見文末），有同學就問了，能不能推薦幾個好用的轉錄因子資料庫呢？
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集合多種功能的轉錄調控資料庫
目前對於轉錄調控的研究，在高通量測序方面主要還是通過類似chip-seq這類的方式來進行研究。對於轉錄調控的預測主要也是看是否存在某一個轉錄因子的chip-seq資料庫。目前已經有了很多轉錄因子調控的調控的資料庫。比較經典的有：JASPAR、CHEA3等等。今天就來介紹一個新發表的轉錄因子調控資料庫。
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轉錄因子的靶基因，看這一個資料庫就夠了
對於轉錄因子而言，我們最想知道的信息就是其對應的靶基因。轉錄因子相關資料庫非常的多，有些資料庫直接提供了靶基因的信息，比如TRANSFAC, 有些資料庫只提供了motif的信息，比如JASPAR, 我們只能通過軟體預測在基因的啟動子序列上是否有對應的motif, 從而識別轉錄因子的靶基因。
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轉錄調控必知資料庫:ENCODE
類似很多轉錄調控資料庫也是在ENCODE資料庫獲得目標原始數據後，進行分析後構建的自己資料庫。對於數據的peak文件，可以通過基因瀏覽器來進行查看。我們之前介紹過一個好看的基因瀏覽器。ENCODE默認的是UCSC的基因瀏覽器，可以點擊 Visualize來進行查看。
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中國農大提出同源基因推斷新策略，並構建小麥族同源基因資料庫
Mol Plant | 中國農大研究團隊提出同源基因推斷新策略，並構建小麥族同源基因資料庫來源 | Mol Plant2020年9月23日，中國農業大學農學院小麥研究中心郭偉龍副教授作為通訊作者在Molecular Plant
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科學網—我國科研人員成功構建穀子全基因組序列圖譜
穀子基因組結構圖穀子遺傳連鎖圖 【科學網 高長安 全志武報導】近日，河北省張家口市農科院和深圳華大基因研究院聯合成功完成穀子全基因組序列圖譜的構建 在本研究中，科研人員通過新一代測序技術對一株來自中國北方的穀子品系進行了全基因組測序和從頭組裝，獲得了穀子的全基因組序列圖譜（組裝得到的基因組大小約為423Mb，N50達到了1.0Mb）。通過基因組注釋和分析發現，穀子基因組中的重複序列約佔整個基因組的46%，大約含有38,801個蛋白質編碼基因。
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新鮮轉錄因子資料庫出爐啦
轉錄因子(TFs)作為關鍵的調節因子，在生物過程中發揮著重要的作用。識別TFs靶向調控關係是揭示TFs功能及其對基因表達調控的關鍵步驟，因此今天小編就要向大家介紹一篇今年八月發表在Genomics Proteomics Bioinformatics（IF: 7.051）雜誌上的關於人類轉錄因子調控及其靶點的資料庫：hTFtarget。
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...白菜 全基因組測序 基因組圖譜 科學家 油菜品種 異源四倍體...
東方網10月14日消息：由中國科學家領銜的白菜、甘藍和油菜全基因組測序項目取得階段性重大成果，項目組日前獲得了白菜全基因組的精細圖，甘藍和油菜全基因組的框架圖。 白菜、甘藍和油菜全基因組測序項目於去年９月啟動，吸引了中國農科院、華中農業大學、湖南大學等多所國內研究機構以及韓、英、加、澳、美等國的相關研究機構科研人員參與，其中中國農科院蔬菜花卉研究所和油料作物研究所為項目主持單位。此次測序所用材料為大白菜品種Ｃｈｉｉｆｕ、中國自主培育的甘藍品系１１－０２和油菜品種中雙１１號。
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《基因與發育》:科研人員在酵母中合成記憶環
哈佛醫學院的研究人員成功在酵母細胞中合成了一種以DNA為基礎的記憶環。這一成果標誌著人們向著合成生物學領域又前進了重要一步。 在利用隨機的DNA小片斷構建出基因後，Pamela Silver教授的實驗室的研究人員不但重構了基因的動態過程，而且還創造出了一種能夠預測記憶如何接收的數學模型。
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中國海洋大學科研團隊發布國際首個軟體動物綜合基因組資料庫
2020年10月23日，中國海洋大學海洋生物遺傳學與育種教育部重點實驗室包振民院士團隊在國際資料庫領域頂級期刊Nucleic Acids Research（《核酸研究》）在線發表了國際首個軟體動物綜合基因組資料庫「MolluscDB: an integrated functional and evolutionary genomics database for the hyper-diverse