20款經典生物在線工具匯總

2021-02-19 植物科學最前沿

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來源 | 安諾基因、佛雷塞斯


Promoter Scan

功能：啟動子預測

網址：

https://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan/


功能：ORF預測

網址：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/



網址：

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi


網址：

http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/#



Clustal Omega

功能：DNA、RNA、蛋白的多序列比對

網址：

http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/



ClustalW2

功能：應用較廣泛的多序列比對

網址：

http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/


功能：準確度高,速度慢的多序列比對

網址：

http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/tcoffee/



SimiTriX-SimiTetra

功能：多序列比對相似性展示

網址：

http://cotton.hzau.edu.cn/EN/tools/BioERCP/simitrix.php


功能：繪製Venn圖

網址：

http://www.biovenn.nl/index.php

功能：繪製Venn圖

網址：

http://bioinformatics.psb.ugent.be/cgi-bin/liste/Venn/calculate_venn.htpl 


功能：繪製Venn圖

網址：

http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html



WEGO

功能：繪製GO注釋結果圖 

網址：

http://wego.genomics.org.cn/cgi-bin/wego/index.pl


功能：繪製圈圖

網址：

http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/



CIRCexplorer

功能：進行circRNA分析

網址：

http://circexplorer2.readthedocs.io/en/latest/


功能：進行可視化通路圖在線分析

網址：

http://pathways.embl.de/


功能：進行基因的代謝通路注釋

網址：

http://www.kegg.jp/blastkoala/


UCSC

功能：進行基因組可視化

網址：

http://genome.ucsc.edu/index.html

功能：進行序列結構示意圖繪製

網址：

http://ibs.biocuckoo.org/online.php



RAP

功能：在線分析RNA-seq 

網址：

https://bioinformatics.cineca.it/rap/



AUGUSTUS

功能：基因外顯子內含子，UTR,注釋

網址：

http://bioinf.uni-greifswald.de/webaugustus/prediction/create



GSDS

功能：基因外顯子內含子，UTR,domain等區域特徵展示

網址：

http://gsds.cbi.pku.edu.cn/

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