不知玩過《尼爾機械紀元》的玩家是否還記得，當我們到達了帕斯卡村，會遇上一位叫薩特（漢化一般為沙特，實際是薩特）的機器人嗎？其實這位薩特是借用了一位法國哲學家的名字「讓-保羅·薩特」。
而跟這位機器人談話時，他第一句就會跟你說：「存在先於本質」，這一句說話，正是《尼爾機械紀元》這部作品想要帶出的中心思想「存在主義」。「存在先於本質」，他的意思是說，除了人的生存之外沒有天經地義的道德或靈魂，道德和靈魂都是人在生存中創造出來的。人沒有義務遵守某個道德標準或宗教信仰，卻有選擇的自由。
簡而言之，即是人的出生本來就是「無意義」。比如說，光的存在是為了照亮世界，所以它的存在有一個目的，然而人類的出生本來是沒有任何理由的，所以為了尋找存在的理由，人類要為自己的存在創造價值，因此「存在先於本質」。我們先存在於這個世界上，然後再為自己賦予存在意義（即本質），這一個看似普通，並有點語無倫次的機器人中，帶出了一個隱晦的支線任務，這個任務卻帶出了整部尼爾的主旨：「無意義」。
機械生命跟人造人，兩種生命體隨著時間的推進，由純粹的存在，慢慢產生了自我意識，最後誕生出自己的人格，然後再為自己的存在製造出本質，賦予自己人生的意義。然而，這部遊戲一路走下去，當你找到慢慢找到人造人存在的意義，到了最後卻跟你說，賦予自己人生意義是很危險的。
遊戲的一周目，我們所使用的2B，是一個奉命行事，沒有情感的軍人。簡單而言，就是一個殺戮機器，一周目的主旨也是：「奉命行事」。人生出來就是受社會上形形式式的規範，長大就應讀書，成人就應就職，軍人就該戰鬥，過多的思考也只是徒勞無功。2B對服從軍令時是這樣說的，「命令就是命令，不用管這麼多。」
整部遊戲，2B一直扼殺著自己的感情，她也是人造人角色中唯一一位會壓抑感情的，她身邊的9S，專屬的6O，都具備著鮮明的感情色彩。在一周目沒有道出背後的原因，平平凡凡的一周目，就這樣完結了。
遊戲的二周目，我們使用的是9S的機體Scanner，被賦予了掃描，入侵，解讀的機能。遊戲流程與一周目大致無異，但過程中卻有著更多的解讀，我們開始能夠看見更多在一周目看不到的機械生命名字。從入侵各種機械生命時，我們也都聽見了各種心聲，9S原本也只是一個奉命行事的機器，孤獨的9S在一次地面作戰中遇上了2B，「我是9S，接到負責支援你命令」，他打從心底裡感到高興，仿佛擁有了家人。在時間洪流的推進下，他會碰到各種遭遇，他會開始思考了作為一個人造人的存在價值，他找到自己的本質，其本質就是：「我要好好保護我的家人」。
先進機種的9S如同哲學家一樣，一開始不相信機械生命體有感情，到最後開始研究它們。然而，在二周目的尾聲，9S的好奇心令他入侵了寄葉的機密文檔，並與司令官對話後得知人類早已滅亡的真相，令9S一度陷入迷茫。原本9S終於找到自己的人生意義，但這個真相令到9S的本質慢慢被侵蝕，那萬一失去了這份本質，9S又該怎麼辦呢？是否要為自己的人生意義而死嗎？帶著這個問題，遊戲也迎來了二周目的結局：Or Not to [B]e。
遊戲的三周目一開始便是寄葉部隊的終末作戰，帶著虛構的本質，9S最終也踏上了這個戰場。然而，這場戰爭卻是遊戲的一大轉折點，一直潛藏在寄葉伺服器的病毒大爆發，大量寄葉機體因受病毒汙染而叛變。當中除了已經脫離寄葉伺服器網絡的9S，及叛變機體A2之外，所有寄葉部隊包括2B在內，無一倖免全被病毒入侵。
2B在臨終前將自己的遺志交付給恰巧遇上的A2，並請求A2手刃自己，而又恰巧被9S親眼看見這一幕。最終9S陷入絕望，他失去了要保護的家人（本質），而更甚者，在遊戲結尾裡，9S在塔內得知原來人造人只是整個寄葉計劃的棄子。而機械生命體一早料到先進的9S機種會存活到最後，所以一直安排偽裝成「2B」的機體，「２Ｅ」- Executioner也就儈子手，在其身邊進行監視及行刑的執行者。
而從遊戲中以及多個小說來源中從知，其實9S也就一早知道，而且也甘願被2B所殺，從沒進行過反抗。而在後期2B下不了手時，9S更自行採取自刎的手段，以幫助2B完成任務，9S賦予了自己生存的意義，但最終又失去了自己的生存意義，在無意義的世界裡掙扎，最終難逃一死。9S的口邊總會掛著：「機械生命體不可能會有感情」，但人造人的核心，與機械生命體的核心，幾乎是一樣。
某個程度上，9S只是一直在在否定自己，9S作為本篇的主角，正正就是薩特哲學中「存在與虛無主義」的主角。他從入世的角度，找到自己的存在價值，然後慢慢意識到自己是孤獨的，是沒有人分擔的，自己的感受只有自己會體驗到，旁人只能以同理心來稍微了解他的內心世界。所以9S由一開始已經意識到，自己是孤獨一人的，在這世上與任何事物都沒有互相連接。而這個過程，最終會導致的，就是9S的崩潰，遊戲的一開場，便是用2B這句話來總括了整個遊戲的哲學。
在生與死的螺旋中，9S深深地體會到這個世界的重量，片尾曲「世界的重量 / The weight of the world」配上尼爾的劇本，堪稱一絕。POD在結尾裡，也都問到：「你可以接受人生就是如此嗎？」。
這，就是最終結局，Ｅ結局的開端。