今天,中國疾病預防控制中心正式發布《2020 年 6 月北京新發地新冠疫情及病毒基因組序列數據》。
鬥鬥等這一刻可是盼了好幾天。
不光鬥鬥,國際社會都是翹首以盼北京的基因測序。你要問這個基因序列有啥用呢?且聽鬥鬥慢慢道來~
北京公布病毒基因序列
Nextstrain的twitter公布了新的3條新冠病毒基因序列,均來自最近北京暴發的病毒樣本。這3個樣本採集於2020年6月11日,兩個來自於感染者,一個是環境採樣。
樣本由中國疾控中心病毒病預防控制所(NIVDC)快速測序,並向世界衛生組織及全球共享流感數據倡議組織(GISAID)提交了新冠疫情及病毒基因組序列數據,和國際社會共享。
最新數據顯示,北京目前流行的新冠病毒序列與流行於歐洲的新冠病毒更加接近,但比歐洲現在流行的新冠病毒要古老。
「這表明此次在北京流行的病毒是現有病毒分支,且與歐洲流行的病毒相似,而非由動物傳染到人的新發疫情。因該病毒與多個國家流行的病毒相似,所以無法判定病毒的來源。」 Nextstrain 發布新冠病毒序列的信息,並作出上述判斷。
Nextstrain平臺在本次新冠大流行中負責聚合來自於世界各地的新冠病毒序列以構建病毒進化樹。
這一判斷與中國疾控專家此前披露的信息大體一致。6月15日,中國疾病預防控制中心流行病學首席專家吳尊友表示,此次疫情肯定不是在北京的原發地發生的,是從外部輸入的。
他同時指出,此次病毒與在歐洲廣泛傳播的毒株序列更加相近,但這不代表病毒一定來自歐洲國家,有待進一步收集信息來幫助判斷。
根據中央紀委國家監委網站6月19日報導,「從基因組流行病學的初步研究結果看,這個病毒是從歐洲來的,但是它跟歐洲當下流行的病毒又有一定差別,它比現在歐洲流行的病毒要老。」 中國疾控中心病毒病所所長助理張勇表示。
在全球架構中,和這3個北京的序列最接近的序列來自捷克、中國臺灣、希臘和葡萄牙。因為Nextstrain最近精簡了資料庫裡的很多重複的序列,還不能確認北京的病毒到底來自什麼地方。
如果按地區分布看,在亞洲架構中,北京的序列和來自捷克、中國臺灣、丹麥、哥倫比亞、以色列和奧地利的序列很接近。
在歐洲架構中,北京的序列和來自捷克、丹麥等許多歐洲國家的序列很接近,其中和來自葡萄牙和瑞典的基因序列只相差1個突變。
因此從基因序列分析來看,北京最近傳播的新冠病毒與歐洲流行的病毒有關。但是因為與許多國家/地區的序列類似,還無法定論它可能起源於何處,何時傳入北京的。
最後,最重要的一點,北京的3個病毒基因序列雖然接近,但都不相同。
樣品(1) 和樣品(2、3)之間已經有兩個突變 (圖5)。其中第一步突變(A29694C)樣品(2、3)都有,但是第二步突變是不一樣的 (C12085T和A11910G)。
(當前全球共有50533種新冠病毒序列,在不同的地區都有不同的亞種)
這暗示了在暴發之前,新冠病毒可能已經在北京社區裡默默傳播了一段時間。
因為新冠病毒的變異速度不算快,平均每月突變兩次。如果是一個點 (新發地市場) 短時間內的暴發,病毒的基因序列很大可能是一樣的。
不管具體是哪個國家來的,反正輸入是實錘了。
那在原發地歐洲的橙子們,一定要注意防護。
來源三文魚?
自從北京確診了陽性患者,三文魚就站在了風口浪尖。
三文魚到底無不無辜?
據中國官方疫情通報,有2名確診患者是中國肉類食品綜合研究中心的員工,他們曾經到分布全北京市的6大農副產品批發市場執行食品抽檢任務。
另1名確診患者則曾在幾天前到新發地農產品批發市場採購海鮮和肉。
疾控部門更是從該市場切割三文魚的案板上檢測到新冠病毒,這導致該市場涉及三文魚的9名相關人員被隔離,儘管他們的初步新冠病毒檢測結果呈陰性。
儘管感染源頭直接指向三文魚,但實際上,無論專家還是民間, 並不太相信是三文魚感染了病毒。
畢竟水產感染哺乳動物的新冠肺炎,也太荒謬了。
財新網記者總結多位病毒和水產專家的說法稱,沒有任何科學證據證明魚類、甲殼動物、軟體動物和兩棲動物可以感染並傳播新冠病毒;而新冠病毒通過食物汙染進行傳播的可能性也微乎其微。
中國水產科學研究院水生動物病毒學專家黃倢表示,三文魚感染新冠病毒的可能性&34;,而三文魚在加工儲運過程中發生沾染的風險是偶發的,具有流行病學意義的病毒攜帶才值得引起關注,因此沒必要對三文魚等水產品談虎色變。
中國病毒專家張文宏則表示,新冠病毒的中間宿主,必須是可以持續攜帶病毒,且病毒在其體內可以複製。
"僅僅發現三文魚案板上有病毒,還遠遠不夠,要發現中間宿主肺臟或者消化道等臟器內的病毒,以及發現病毒複製的證據才可以,汙染不等同於攜帶。」
就在眾多科學家發聲「力挺」三文魚,水產即將「萌混過關」的時候,又鬧出了新的爆炸性新聞。
三文魚到底能不能吃
6月17日6時至18時,天津新增本地新冠肺炎確診病例1例。
該患者男,22歲,是康萊德酒店西餐廳幫廚人員。
主要從事洗碗工作,偶爾會負責清洗冷凍海鮮食材。
最關鍵的是:沒有北京人員接觸史。
這是一起天津本地感染病例。
一天以後,三文魚又出問題了。
香港《星島日報》17日消息稱,正在調查兩宗懷疑食物中毒個案,涉及其中的人有4個。
他們先後在旺角仕德福酒店德福閣廳就餐,食用生蠔及三文魚刺身後出現身體不適。
中毒的4人當中有3人已就醫治療,目前情況穩定無需住院。
隨著國內頻頻傳出新聞,國際目光也盯上了三文魚。
德法公共電視臺調查報告稱:為弄清楚2018年全世界養殖三文魚死亡數量達到5000萬條之多的原因,該臺記者深入三文魚故鄉--挪威進行了實地調查。
調查記者弗洛丁私帶攝像機,潛入了養殖場:
「我知道會看到魚因為擁擠而喘不過氣,但,眼前的景象更為恐怖:大量魚擠在骯髒、充滿它們排洩物的海水裡,許多得病的三文魚身上布滿了大如手掌的潰瘍,有的已經變成了S型畸形魚。」
這讓正準備出門去吃壽司的鬥鬥不寒而慄。
什麼意思,三文魚真的不能吃啦?
歐盟規定,海產品必須在零下20攝氏度冷凍24小時才能上市。
而美國食品藥品管理局則建議冷凍7天(如果是零下35攝氏度可縮短到15小時),這樣能大大降低寄生蟲對人體的風險。
其次,進口三文魚分為冰凍和冰鮮。
冰凍三文魚通常都是零下18度冷凍進來的,運輸過程中也採用冷凍的貨櫃,魚凍得像石頭一樣硬,連斧子都劈不開。
運進某些倉庫溫度甚至能達到零下30度,因此寄生蟲風險極低。
而冰鮮三文魚對時間和溫度的要求極為嚴格,一般從捕撈加工到進入市場的時間要求在15天以內,保存溫度控制在0℃左右,超過15天或不能滿足保存溫度均會嚴重影響食用品質並可能產生腐敗變質。
這樣來看,三文魚本身還是相對安全的。
但是問題出在運輸上。
三文魚在運輸過程中並不完全冷凍無法殺死寄生蟲,而是放在冰塊上保溫,隨後運到全世界各地的餐館中。
如果在這個過程中發生感染,那後果無法預料。
鬥鬥不是傳染病學專家,無法判斷生鮮三文魚到底還能不能吃。
但是既然最近「案例頻發」,鬥鬥就給橙子們一個不成熟的小建議:管好自己的饞蟲,就暫時,最好,還是避免生食吧。(心在滴血)
至少現在風口浪尖時刻,無論什麼食物,加熱至完全熟透再吃,總是難吃安全的。
(再見了sashimi)
新聞來源:網易新聞,Nextstrain,知識分子