來源:一財網
原標題:專家解碼中疾控公布的基因組序列:北京新發地病毒為輸入性
北京疫情再起,病毒到底起源於何處?何時傳入北京?經過病毒專家日夜奮戰,有了初步的科學結論:這是一種輸入性病毒。
6月18日晚,中國疾病預防控制中心通過「新型冠狀病毒國家科技資源服務系統」,正式發布2020年6月北京新發地市場新冠疫情及病毒基因組序列數據。
三條數據來自北京市確診病例基因組序列數據(NMDC60013902-01、NMDC60013903-02)以及環境樣本基因組序列數據(NMDC60013903-03)。
中國疾病預防控制中心同時向世界衛生組織及全球共享流感數據倡議組織(GISAID)提交了新冠疫情及病毒基因組序列數據,向國際社會共享。
「從這3個病毒基因組序列看,是新冠病毒D614G突變,這個突變不比歐洲型更古老。從基因庫看,最早一個樣本是1月28日德國採集到的,發現了這個突變,只不過佔比低。到5月份,D614G的比例就非常高了。在GISAID的資料庫中,距離北京這次採集數據最近的是4月21日的樣本,也是這個毒株。」一位病毒基因學專家對第一財經表示。
「可以肯定是輸入性的,因為中國大陸本土之前沒有D614G突變毒株。D614G是新冠病毒一個非常大的亞型,這三條基因組序列有一些新的特徵。除了歐洲、中國臺灣有一條序列,南美的哥倫比亞也有一條這樣的序列。因此,是否一定來自歐洲,還需謹慎看待。其次,是不是兩三個月前進入中國的,也不好判斷。」一位生物學專家也認同上述病毒基因學專家觀點,向第一財經表示了相同看法。
6月18日晚,中國疾病預防控制中心通過「新型冠狀病毒國家科技資源服務系統」,正式發布2020年6月北京新發地市場新冠疫情及病毒基因組序列數據。
北京新冠病毒為D614G突變毒株
那麼,到底什麼是新冠病毒D614G突變?這需要從新冠病毒的S蛋白說起。
S蛋白又稱「刺突糖蛋白」,位於新冠病毒最外層,像一個個突起的「皇冠」,是新冠病毒入侵人類細胞的武器,即病毒附著並感染人類細胞的關鍵部分。
新冠病毒的D614G突變,是指S蛋白第614位胺基酸由天冬氨酸(D)變成了甘氨酸(G),因此也有人把變異毒株叫做G614,老毒株叫做D614。
D614G刺突蛋白與老毒株D614蛋白相比,已經發生了結構性變化,且這種毒株目前只在歐洲和北美地區被發現。
在短短數月時間內,D614G一躍成為世界主流病毒株。科學家發現,這種變異毒株佔比,已從年初的0,到3月份的26%,4月份的65%,5月份的70%。研究人員認為,這說明變異毒株D614G比老毒株D614更有傳播優勢。
「按照病毒的進化史,病毒在更適應人體的變異過程中,會趨向傳染性強、致病性弱的變異方向,就是說患者會是輕症多、重症少。目前對於D614G的變異,其傳染性強已經得到了科學實驗的證據,是否輕症居多,還需要臨床觀察。」上述病毒基因學專家表示。
為了確定D614G突變的特性,斯克利普斯研究所Choe和Farzan領銜的研究團隊評估了D614G在新冠病毒進入細胞中的作用,發現G614感染hACE2-293T細胞的效率比D614高約9倍。
Choe和Farzan的團隊還發現,D614G變異增加了病毒表面功能完整S蛋白的數量,進而增加了病毒與細胞結合的機會,提高了感染效率。
北京新發地病毒基本可以確定是輸入性病毒
6月15日,中國疾病預防控制中心流行病學首席專家吳尊友表示,此次疫情肯定不是在北京的原發地發生的,是從外部輸入的。
他同時指出,此次病毒與在歐洲廣泛傳播的毒株序列更加相近,但這不代表病毒一定來自歐洲國家,有待進一步收集信息來幫助判斷。
GISAID資料庫公布了新冠病毒的株名、採樣日期、採樣地點、樣本提供單位、數據遞交單位等元信息,專家從這些信息發現,北京新冠病毒的基因組序列與來自捷克、中國臺灣、丹麥、哥倫比亞、以色列和奧地利的序列很接近。
不過,到底起源於何處?何時傳入北京的?目前尚不能定論。
既然D614G突變毒株並非中國大陸本土病毒,那麼它是怎麼輸入到北京的?
「境外輸入性病例有可能會把病毒帶到市場,但是從目前中國疾控中心發布的樣本檢測情況來看,或許存在源頭汙染。」一位流行病學專家表示。
中國疾控中心病毒所的研究員武桂珍在接受媒體採訪時表示,中國疾控中心在新發地發現了很多樣本的新冠病毒核酸陽性,包括海鮮店、水溝等環境樣本,「整個環境被病毒汙染的情況還是比較嚴重的。」
同時武桂珍提到了一個樣本,「整條三文魚的口腔拭子」檢測到了新冠病毒核酸陽性。這個發現,給病毒的溯源提出了一個新的方向:三文魚口腔中的病毒是冷凍前被病毒汙染?還是後期解凍時被汙染?這個仍然需要進一步科學研究。
不過,無論如何,北京新發地新冠病毒到底來自被汙染的海產品或肉食品,通過冷鏈運輸到市場造成傳播,還是因為感染者進入市場造成了傳播?目前尚無定論。