專家解碼中疾控公布的基因組序列:北京新發地病毒為輸入性

2021-01-10 新浪財經

來源:一財網

原標題:專家解碼中疾控公布的基因組序列:北京新發地病毒為輸入性

北京疫情再起,病毒到底起源於何處?何時傳入北京?經過病毒專家日夜奮戰,有了初步的科學結論:這是一種輸入性病毒。

6月18日晚,中國疾病預防控制中心通過「新型冠狀病毒國家科技資源服務系統」,正式發布2020年6月北京新發地市場新冠疫情及病毒基因組序列數據。

三條數據來自北京市確診病例基因組序列數據(NMDC60013902-01、NMDC60013903-02)以及環境樣本基因組序列數據(NMDC60013903-03)。

中國疾病預防控制中心同時向世界衛生組織及全球共享流感數據倡議組織(GISAID)提交了新冠疫情及病毒基因組序列數據,向國際社會共享。

「從這3個病毒基因組序列看,是新冠病毒D614G突變,這個突變不比歐洲型更古老。從基因庫看,最早一個樣本是1月28日德國採集到的,發現了這個突變,只不過佔比低。到5月份,D614G的比例就非常高了。在GISAID的資料庫中,距離北京這次採集數據最近的是4月21日的樣本,也是這個毒株。」一位病毒基因學專家對第一財經表示。

「可以肯定是輸入性的,因為中國大陸本土之前沒有D614G突變毒株。D614G是新冠病毒一個非常大的亞型,這三條基因組序列有一些新的特徵。除了歐洲、中國臺灣有一條序列,南美的哥倫比亞也有一條這樣的序列。因此,是否一定來自歐洲,還需謹慎看待。其次,是不是兩三個月前進入中國的,也不好判斷。」一位生物學專家也認同上述病毒基因學專家觀點,向第一財經表示了相同看法。

6月18日晚,中國疾病預防控制中心通過「新型冠狀病毒國家科技資源服務系統」,正式發布2020年6月北京新發地市場新冠疫情及病毒基因組序列數據。

北京新冠病毒為D614G突變毒株

那麼,到底什麼是新冠病毒D614G突變?這需要從新冠病毒的S蛋白說起。

S蛋白又稱「刺突糖蛋白」,位於新冠病毒最外層,像一個個突起的「皇冠」,是新冠病毒入侵人類細胞的武器,即病毒附著並感染人類細胞的關鍵部分。

新冠病毒的D614G突變,是指S蛋白第614位胺基酸由天冬氨酸(D)變成了甘氨酸(G),因此也有人把變異毒株叫做G614,老毒株叫做D614。

D614G刺突蛋白與老毒株D614蛋白相比,已經發生了結構性變化,且這種毒株目前只在歐洲和北美地區被發現。

在短短數月時間內,D614G一躍成為世界主流病毒株。科學家發現,這種變異毒株佔比,已從年初的0,到3月份的26%,4月份的65%,5月份的70%。研究人員認為,這說明變異毒株D614G比老毒株D614更有傳播優勢。

「按照病毒的進化史,病毒在更適應人體的變異過程中,會趨向傳染性強、致病性弱的變異方向,就是說患者會是輕症多、重症少。目前對於D614G的變異,其傳染性強已經得到了科學實驗的證據,是否輕症居多,還需要臨床觀察。」上述病毒基因學專家表示。

為了確定D614G突變的特性,斯克利普斯研究所Choe和Farzan領銜的研究團隊評估了D614G在新冠病毒進入細胞中的作用,發現G614感染hACE2-293T細胞的效率比D614高約9倍。

Choe和Farzan的團隊還發現,D614G變異增加了病毒表面功能完整S蛋白的數量,進而增加了病毒與細胞結合的機會,提高了感染效率。

北京新發地病毒基本可以確定是輸入性病毒

6月15日,中國疾病預防控制中心流行病學首席專家吳尊友表示,此次疫情肯定不是在北京的原發地發生的,是從外部輸入的。

他同時指出,此次病毒與在歐洲廣泛傳播的毒株序列更加相近,但這不代表病毒一定來自歐洲國家,有待進一步收集信息來幫助判斷。

GISAID資料庫公布了新冠病毒的株名、採樣日期、採樣地點、樣本提供單位、數據遞交單位等元信息,專家從這些信息發現,北京新冠病毒的基因組序列與來自捷克、中國臺灣、丹麥、哥倫比亞、以色列和奧地利的序列很接近。

不過,到底起源於何處?何時傳入北京的?目前尚不能定論。

既然D614G突變毒株並非中國大陸本土病毒,那麼它是怎麼輸入到北京的?

「境外輸入性病例有可能會把病毒帶到市場,但是從目前中國疾控中心發布的樣本檢測情況來看,或許存在源頭汙染。」一位流行病學專家表示。

中國疾控中心病毒所的研究員武桂珍在接受媒體採訪時表示,中國疾控中心在新發地發現了很多樣本的新冠病毒核酸陽性,包括海鮮店、水溝等環境樣本,「整個環境被病毒汙染的情況還是比較嚴重的。」

同時武桂珍提到了一個樣本,「整條三文魚的口腔拭子」檢測到了新冠病毒核酸陽性。這個發現,給病毒的溯源提出了一個新的方向:三文魚口腔中的病毒是冷凍前被病毒汙染?還是後期解凍時被汙染?這個仍然需要進一步科學研究。

不過,無論如何,北京新發地新冠病毒到底來自被汙染的海產品或肉食品,通過冷鏈運輸到市場造成傳播,還是因為感染者進入市場造成了傳播?目前尚無定論。

相關焦點

  • 【中疾控公布北京新發地新冠疫情及病毒基因組序列數據】記者從...
    2020-06-19 09:05:16來源:FX168 【中疾控公布北京新發地新冠疫情及病毒基因組序列數據】記者從中國疾控中心獲悉,6月18日晚,該中心已通過「新型冠狀病毒國家科技資源服務系統」正式發布2020年6月北京新發地新冠疫情及病毒基因組序列數據。
  • 北京新發地疫情新冠病毒基因序列公布,專家認為與捷克等地病毒相似
    6月19日,中央紀委國家監委網站的微信公眾號發布文章,報導了中國疾控中心病毒病所針對北京新發地進行病毒檢測和病毒溯源的相關工作。文中,中國疾控中心病毒病所所長助理張勇表示,「從基因組流行病學的初步研究結果看,這個病毒是從歐洲來的,但是它跟歐洲當下流行的病毒又有一定差別,它比現在歐洲流行的病毒要老。」
  • 中國完成首例輸入性MERS病例病毒全基因組序列測定
    原標題:中國完成首例輸入性MERS病例病毒全基因組序列測定  新華網北京6月5日電(記者胡浩)記者5日從中國疾病預防控制中心獲悉,中國疾控中心病毒病所與廣東省及惠州市疾控中心合作,已完成我國首例輸入性中東呼吸症候群(MERS)病例的病毒全基因組序列測定。
  • 中國完成首例輸入性MERS病毒全基因組序列測定
    原標題: 中國完成首例輸入性MERS病毒全基因組序列測定  我國完成首例輸入性中東呼吸症候群病例病毒全基因組序列測定 未發現傳染性增強證據  東方網6月5日消息:記者5日從中國疾病預防控制中心獲悉,中國疾控中心病毒病所與廣東省及惠州市疾控中心合作,已完成我國首例輸入性中東呼吸症候群
  • 疾控專家:新發地疫情的病毒跟歐洲三四月份流行的毒株基本一致
    北京本次疫情排除武漢流行毒株或動物病毒傳染人26日,中國疾控中心公布了「6月北京新型冠狀病毒肺炎疫情進展」,其中病毒來源分析中指出:北京本次疫情流行的新冠病毒為L基因型歐洲家系分支Ⅰ,該毒株比當前歐洲流行同型毒株更「
  • 天津、河北與北京新冠病例均為同一病毒序列,同屬歐洲家系!
    健康時報記者梳理發現,從北京新發地疫情到此前6月份天津的第137例病例,再到河北6月份新冠病例,再到本次天津新發本土病例,病毒測序結果均為同一病毒序列,同屬歐洲家系!北京疫情新冠病毒為「L基因型歐洲家系」6月11日北京出現新發地疫情,截至7月5日,共有確診病例335例。
  • 中疾控:北京部分新冠樣本與武漢毒株相比發生四個位點突變
    北京日報客戶端7月10日消息,今天(10日),中國疾控中心公布了「2020年6月至7月北京新型冠狀病毒肺炎疫情進展(二)」,其中再次強調,根據流行病學調查及病毒基因測序結果分析,引起此次疫情的毒株為L基因型歐洲家系分支I,排除由動物病毒外溢傳染人導致本次疫情的可能。
  • 北京公布病毒基因序列!病毒來自歐洲,海鮮真的不能吃了
    今天,中國疾病預防控制中心正式發布《2020 年 6 月北京新發地新冠疫情及病毒基因組序列數據》。鬥鬥等這一刻可是盼了好幾天。不光鬥鬥,國際社會都是翹首以盼北京的基因測序。你要問這個基因序列有啥用呢?且聽鬥鬥慢慢道來~北京公布病毒基因序列Nextstrain的twitter公布了新的3條新冠病毒基因序列,均來自最近北京暴發的病毒樣本。這3個樣本採集於2020年6月11日,兩個來自於感染者,一個是環境採樣。
  • 北京疫情病毒是三四月份的「老」病毒,進口冷鏈傳入可能性降低
    此前據官方媒體報導,6月15日,中國疾控中心已完成相關病例樣本病毒全基因組序列測定和分析,初步結論已上報並正在積極開展病毒溯源。昨晚,北京將應急響應級別從三級調到二級。其中一項重要措施是嚴格進出京管控,中高風險街鄉、新發地市場相關人員嚴禁離京。其他人員堅持非必要不出京,確需離京的,要持7日內核酸檢測陰性證明。
  • 北京「疫情反彈」,疾控專家曾光:病毒毒株不像國內流行類型
    6 月 14 日早間,《北京日報》披露了 6 月 12 日北京最先發現的、和新發地市場相關的 6 例病例軌跡:病例 1,曾於 6 月 5 日來過新發地;病例 2,曾於 6 月 7 日來新發地後,步行回單位、回家;病例 1 和病例 2,均為中國肉類食品綜合研究中心的員工。據悉,豐臺區將向該研究中心,派出工作組,嚴格管控。
  • 北京新發地病例樣本較武漢毒株有四個位點突變
    以下文章根據北京日報等整理 近日,中國疾控中心公布了「2020年6月至7月北京新型冠狀病毒肺炎疫情進展(二)」,其中再次強調,根據流行病學調查及病毒基因測序結果分析,引起此次疫情的毒株為L基因型歐洲家系分支I,排除由動物病毒外溢傳染人導致本次疫情的可能。
  • 北京新發地疫情病毒源頭最新結論公布!冷鏈運輸或成病毒傳播新途徑
    10月23日,清華大學、北京市疾病預防控制中心、中國醫學科學院病原生物學研究所、北京大學、中國科學院北京基因組研究所聯合在《國家科學評論》發文,通過分析相關病例、環境與食品等樣品的核酸測序和病毒基因組序列,結合全面的流行病學調查和大數據分析,研究人員揭示,該疫情中病毒源頭極有可能是境外疫情高發區的冷鏈進口食品,並提出,冷鏈運輸或為
  • 北京新發地疫情,病毒來自這裡......
    10月23日,清華大學、北京市疾病預防控制中心、中國醫學科學院病原生物學研究所、北京大學、中國科學院北京基因組研究所聯合在《國家科學評論》發文,通過分析相關病例、環境與食品等樣品的核酸測序和病毒基因組序列,結合全面的流行病學調查和大數據分析,研究人員揭示,該疫情中病毒源頭極有可能是境外疫情高發區的冷鏈進口食品,並提出,冷鏈運輸或為
  • 世衛組織首次宣布:北京新冠病毒的基因序列顯示與歐洲新冠毒株密切...
    據央視新聞,當地時間19日,世衛組織衛生緊急項目技術主管瑪麗亞·范·科霍夫表示,北京出現的新冠病毒的基因序列已被上傳分享,顯示與歐洲新冠毒株密切相關。瑪麗亞·范·科霍夫麥可·瑞安世衛組織衛生緊急項目負責人麥可·瑞安表示,目前有不同毒株在傳播,不代表疾病來自歐洲,很有可能的是此次病毒由北京以外輸入,現在重要的是要確定何時傳入以及病毒傳播鏈,世衛組織很高興看到北京採取的高強度調查,以確保發現聚集性傳播的源頭
  • 中疾控:北京新冠病例樣本較武漢參考毒株發生四個位點突變
    所有聚集性疫情的一代病例的感染地點均為新發地市場;77例二代病例中,感染發生地點主要為玉泉東市場、百事公司和面面俱到等公共場所(共59例病例、76.6%)。其他家庭和工作單位聚集性疫情中的首發病例均曾去過新發地批發市場,在家庭中或單位中造成續發傳染。
  • 北京新發地新冠疫情病毒源頭有了最新結論
    據北京晚報27日晚間消息,清華大學、北京市疾病預防控制中心、中國醫學科學院病原生物學研究所、北京大學、中國科學院北京基因組研究所近日聯合在《國家科學評論》發文,通過分析相關病例、環境與食品等樣品的核酸測序和病毒基因組序列,結合全面的流行病學調查和大數據分析,研究人員揭示,該疫情中病毒源頭極有可能是境外疫情高發區的冷鏈進口食品,並提出,冷鏈運輸或為
  • 北京新發地新冠疫情病毒源頭有了最新結論,原來是……
    據北京晚報27日晚間消息,清華大學、北京市疾病預防控制中心、中國醫學科學院病原生物學研究所、北京大學、中國科學院北京基因組研究所近日聯合在《國家科學評論》發文,通過分析相關病例、環境與食品等樣品的核酸測序和病毒基因組序列,結合全面的流行病學調查和大數據分析,研究人員揭示,該疫情中病毒源頭極有可能是境外疫情高發區的冷鏈進口食品,並提出,冷鏈運輸或為
  • 北京新發地市場的病毒來自何方?最新結論來了
    10月23日,清華大學、北京市疾病預防控制中心、中國醫學科學院病原生物學研究所、北京大學、中國科學院北京基因組研究所聯合在《國家科學評論》發文,通過分析相關病例、環境與食品等樣品的核酸測序和病毒基因組序列,結合全面的流行病學調查和大數據分析,研究人員揭示,該疫情中病毒源頭極有可能是境外疫情高發區的冷鏈進口食品,並提出
  • 北京新發地疫情病毒源頭最新結論:單一性新發境外輸入
    研究團隊進一步利用自主開發的低病毒載量樣品處理方法,對110個病例和環境樣本進行了高通量核酸測序,共獲得了72條高質量的新冠病毒基因組序列。分析發現,這些序列均具有8個特徵性突變位點,這些位點在我國此前的本土和輸入病例中從未發現過。經與新冠病毒基因序列資料庫比對發現,其中7個突變位點的病毒主要存在於歐洲。這些結果進一步提示新發地疫情的病毒應為單一性的新發境外輸入。
  • 北京新發地新冠病毒基因組序列正式發布 向國際社會共享
    中國青年報客戶端北京6月19日電(中青報·中青網記者 邱晨輝)中國科學院微生物研究所今天通過官方平臺發布消息稱,6月18日晚,中國疾病預防控制中心通過新型冠狀病毒國家科技資源服務系統,正式發布2020年6月北京新發地新冠疫情及病毒基因組序列數據。