1、上遊行業
上遊行業為精細化工行業，其提供的基礎化學原料經過分類加工後可形成專用醫藥原料，逐漸加工形成原料藥起始物料、cGMP 中間體、原料藥和製劑。醫藥 CMO 行業的業務鏈一般是從專用醫藥原料開始。
上遊精細化工產品的質量和價格波動對醫藥 CMO 企業的發展有如下影響：
（1）化學藥的源頭來源於化學原料，醫藥 CMO 企業在源頭上進行質量控制是非常有必要的，能在最大程度上降低質量事故的風險。一般醫藥 CMO 企業都會對供應商進行甄選，其中質量和相應的審計是關鍵因素。
（2）精細化工行業產品的價格波動也對醫藥 CMO 企業產生影響。尤其是進入臨床後期和商業化階段後，醫藥 CMO 企業為了保證供貨能力，對原料的需求很大。作為醫藥原料的精細化工產品價格的波動會對本行業產生不利影響，故一般醫藥 CMO 行業會選擇從不同的供應商中採取競價方式挑選，以優化供應鏈。
（3）上遊產品技術水平也會對醫藥 CMO 企業造成影響。製藥公司積極與醫藥 CMO 企業一起尋求工藝的優化和成本降低，在技術的推動下藥物原料藥價格的下滑也成為必然趨勢。但是部分上遊精細化工行業的產品技術相對老舊，生產成本較高，這種上下遊技術的不匹配會影響本行業盈利空間，故優秀的醫藥CMO 企業還必須掌握如何控制上遊關鍵原料的供應鏈。
2、下遊行業
下遊行業為醫藥行業。為穩定供應鏈、控制外包服務質量，目前各大跨國製藥企業更傾向與少數核心供應商建立長期戰略合作夥伴關係。這種合作關係是建立在長時間考核和磨合的基礎上，雙方相互支持、互惠互利。在提供醫藥CMO 服務的過程中，根據製藥企業和生物技術公司不同的要求，醫藥 CMO 企業與委託方的關係可以分為委託方提供工藝路線和委託方不提供工藝路線兩種情況：
（1）委託方提供工藝路線
在委託方提供工藝路線的情況下，醫藥 CMO 企業需要採取 「技術轉移（Technology Transfer）」方式進行工藝的消化和優化，即在委託方提供的工藝路線基礎上，憑藉自身技術優勢、生產能力、成本控制能力和項目綜合管理能力，將委託方的技術轉移至自有設備的生產中，以達成目標。
製藥企業提供的工藝路線不可能簡單複製，對醫藥 CMO 企業的生產工藝要求較高。如果醫藥 CMO 企業採取簡單複製、不對工藝優化作深入的研究，則放大生產失敗的概率較大。尤其近年來，臨床新藥的委託方經常提供實驗室內克級產品的路線基礎，如果無深厚技術基礎的醫藥 CMO 企業進行全面細緻的研究、開發和優化，其放大生產的失敗幾乎是必然的。醫藥 CMO 企業必須進行一系列的技術研發、工藝優化、破壞性實驗、參數調整等確保生產的順利進行。在臨床後期和藥品上市後，委託方的最終目的是降低成本，技術轉移後的報價能否被下遊客戶接受是對醫藥 CMO 企業的最大挑戰，而技術轉移的核心在於要求醫藥CMO 企業有著大量的經驗和技術積累、以技術創新對原有工藝進行改進從而真正大幅度降低生產成本，這也使得醫藥 CMO 企業進入門檻較高。
（2）委託方不提供工藝路線
在委託方不提供工藝路線的情況下，醫藥 CMO 企業將自行負責所有路線的設計、工藝的開發。委託方可能只提供某一化合物的化學結構、並未掌握核心生產工藝或其現有工藝不適合放大生產，所有與之對應的放大生產甚至規模化生產的工藝路線及配套分析測試、質量控制標準都需要醫藥 CMO 企業自行研發設計，故對醫藥 CMO 企業有著更高的要求。目前全球僅有包括發行人在內的少數公司能提供此類服務，藥物開發過程中涉及到眾多化學工藝、化工工程、安全評定等跨學科的合作。
（3）智慧財產權的權屬
製藥公司與醫藥 CMO 企業一般會在供貨協議中約定智慧財產權的歸屬：
① 新藥的化學分子結構系由製藥公司提供、或由製藥公司委託 CMO/CRO公司進行研發，故與新藥分子結構相關的智慧財產權均歸製藥公司所有；對於已上市藥物及其活性成分，製藥公司已獲得相應專利。
② 對於項目開發過程中由製藥企業提供的生產工藝及技術，其所有權歸製藥企業所有，且 CMO 企業不得用於其他用途。
③ 對於項目開發過程中由 CMO 企業研究開發的生產工藝和技術，其智慧財產權歸 CMO 企業所有。該所有權的歸屬有研發生產記錄、QA 檢測和放行記錄、企業內部郵件等作為法律依據。雙方也可以按照協議約定履行，比如雙方可約定製藥企業可有償或免費使用相關工藝和技術；如果協議沒有約定，則與工藝相關的智慧財產權歸 CMO 企業所有。
對於醫藥 CMO 企業來說，製藥工藝是其核心競爭力，以上第三點中提到的CMO 企業自行開發的技術的所有權歸屬是指運用於具體產品的技術，專利的申請也是將具體產品和技術綁定的；但一旦離開具體產品或化合物，就不存在以上限制。例如公司自主開發的連續性反應技術、生物轉化技術和固相化過渡態金屬催化技術都是具有普遍應用意義的技術平臺，可用於多種重磅藥物的生產中，有較大的技術開發空間。
醫藥 CMO 企業通過搭建技術平臺開發出的新技術和新工藝是其主要的營銷手段，某一項技術可以在多種藥物原料藥的生產中得到產業化運用，醫藥 CMO 企業尋求的是能與這項技術相契合的藥物（一般是市場前景良好的重磅藥物），獲得製藥公司的訂單。通過「銷售技術」得到後續訂單的核心競爭力並不受任何限制。(生物谷Bioon.com)