作者:辛雨
一種基於CRISPR的診斷方法可以縮短新冠病毒的檢測時間。圖片來源:INA FASSBENDER/AFP VIA GETTY IMAGES
2020年諾貝爾化學獎得主、美國加州大學伯克利分校教授Jennifer Doudna領導的研究小組利用CRISPR基因編輯技術,提出了一種只需5分鐘就能檢測出新冠病毒的方法。該測試方法不需要昂貴的實驗室設備來運行,可以在醫生的辦公室、學校和辦公樓中使用。相關成果發表於預印本平臺medRxiv。
美國加州大學聖巴巴拉分校分子生物學家Max Wilson說,這看起來是一個絕對可靠的測試。
CRISPR診斷是研究人員試圖加速新冠病毒檢測的一種方法。今年5月,兩個研究小組報告了一種基於CRISPR的新冠病毒檢測方法,這種方法可以在大約1小時內檢測出病毒,比傳統新冠病毒檢測方法所需的24小時快得多。而此次新提出的檢測方法是目前基於CRISPR最快的診斷方法
CRISPR檢測的工作原理是識別一個約有20個鹼基的RNA序列,這是新冠病毒特有的鹼基序列。他們通過創造一種與目標RNA序列互補的「嚮導」RNA,從而在溶液中與目標RNA序列結合。當「嚮導」RNA與目標RNA結合時,CRISPR工具的Cas13「剪刀」酶就會啟動,並切斷附近的單鏈RNA。剪切會釋放單獨的螢光粒子進入測試溶液中,當用雷射照射樣本時,釋放出的螢光粒子就會發光,表明病毒存在。
然而,最初的CRISPR檢測方法要求研究人員首先要擴增病毒RNA,然後再進行檢測診斷,以增加他們發現信號的機率。這無疑增加了檢測的複雜性、成本和時間。
Doudna團隊報告的新型CRISPR診斷方法不需要擴增新冠病毒RNA,該團隊花了幾個月的時間測試了數百種「嚮導」RNA,以找到多個可協同工作以提高檢測靈敏度的「嚮導」RNA。
研究人員報告稱,使用單一的「嚮導」RNA,可以在每微升溶液中檢測到100,000個病毒。如果他們添加第二種「嚮導」RNA,他們每微升只能檢測100個病毒。
共同領導該項研究的美國加州大學舊金山分校病毒學家Melanie Ott說,該方法仍然不如傳統的新冠病毒診斷裝置好,後者使用昂貴的實驗室機器追蹤病毒,可實現每微升追蹤一種病毒。然而,她說,新診斷方法能夠精確地識別一批5個陽性臨床樣本,每次試驗只需5分鐘,而標準試驗則需要1天或更長時間才能得到結果。
Wilson表示,新檢測方法還有另一個關鍵優勢:可以量化樣本中的病毒數量。當傳統標準的新冠病毒測試通過擴增遺傳物質來達到檢測目的時,會改變現有的遺傳物質數量,從而消除了明確樣本中病毒數量的任何機會。
與此相反,新檢測方法檢測到的螢光信號強度與樣本中的病毒數量成正比。這不僅揭示了樣本是否呈陽性,還揭示了患者攜帶了多少病毒。Wilson說,這些信息可以幫助醫生根據每個病人的情況制定治療方案。
Doudna和Ott表示,他們正在努力驗證相關測試設置,並研究如何將其商業化。
相關論文信息:https://doi.org/10.1101/2020.09.28.20201947