論文查重的主要目的是降低論文查重率，在學校規定的查重率之內那查重參考文獻應該怎麼處理呢？
許多學校選擇了用中國知網查重檢測系統對學生的論文進行常規的查重檢測，正規的知網查重檢測系統不包括參考文獻，也就是說參考文獻不在查重的範圍內，但是是在參考文獻的格式正確的情況下，如果格式不正確的話，只會作為正文進行查重檢測，也就是說知網查重是不會查重檢測正確格式的參考文獻。
若論文內引用他人的原文，在查重的時候做好標註，格式必須正確才能不被知網查重系統認為是剽竊，若未進行標註的話知網查重系統是不會檢測到引用論文的參考文獻，則會將作為正文進行查重檢測。如果超過了5％，那將被視為剽竊。
如果出現標紅的現象，那可能是因為參考文獻的格式不正確，參考文獻的格式不正確知網查重檢測系統是無法識別的，只能作為主體進行查重檢測；還有可能是同學選擇的查重系統不正規，只有正規的查重檢測系統才能有識別功能。
如何設置參考文獻格式？
1.參考文獻是需要單獨的一行，並以明顯的「參考文獻」四個字設置為標題格式，
2.所有參考資料均需清楚標明，
3.參考文獻中的標號不要隨意去添加標點符號，
4.引用的所有標點符號必須採用英文格式，
5.參考資料應包括詳細的作者、期刊名稱、年份和頁碼。