和大金字塔位於地球中心一樣，智慧眼位於人腦的幾何中心。松果體的大小像一顆豌豆，位於大腦的中心的一個小空隙中，在腦下垂體後面和上面。腦下垂體在鼻根的背後。智慧眼位於眼睛的後面，緊鄰第三腦室。這個神秘的腺體真正的功能一直被哲學家和精神領域的專家所關注。古希臘人相信松果體連接我們思維的王國。笛卡爾則稱松果體為靈魂的寶座。這個腺體對光敏感，控制著身體的各種生物節奏。它和下丘腦腺體(hypothalamus gland)一起工作，指揮身體的口渴，飢餓，性慾和生物時鐘。
這個生物時鐘決定我們的衰老過程。松果體一旦被喚醒，人會在腦的底部感到壓力。這種壓力通常是連接到更高頻率時候的感覺。頭部受傷也能激活第三隻眼睛-松果體。雖然松果體的生理機能直到最近才搞清楚，神秘傳統和密教學校早已知道這個大腦中心的區域，知道松果體是連接物質世界和精神世界的。松果體被認為是可供人類使用的上天能量的最強大和最高級的源泉，它對引發超自然的力量一直是很重要的。特異功能的開發是一直緊密地和這個高等級視覺聯繫在一起的。第三隻眼睛能看見高於物質的東西。當我們打坐或尋找來自較高頻率的答案的時候，它通過脈輪系統眺望。松果體裡包含了眼睛視野的全景，它在人體功能中起到多種重要作用。
有一條從視網膜到下丘腦部的路徑被稱為視網膜下丘腦神經束。它將光明與黑暗的周期信息帶給下丘腦的一個區域-視交叉上核(SCN)。通過視交叉上核，神經電脈衝經由松果體神經(交感神經系統)傳遞到松果體。這些電脈衝抑制了褪黑激素的分泌。當這些電脈衝停止下來時(在晚上，當光不再刺激視丘腦下部時)，松果體不再抑制，釋放褪黑激素。因此松果體是一個感光器官和一個重要的人體計時員。
對倉鼠的視網膜研究證實了視網膜中存在著褪黑激素分泌的另一個中心。該中心的存在暗示眼睛有它們自己的內在生理節奏時鐘。這個視網膜系統是不同於位於視交叉上核(SCN)的大腦生物鐘。生物學家發現他們可以使視網膜的節奏不同步於其它時間周期。他們也發現即使SCN被破壞時，他們可以設定並且重新設定視網膜的時鐘。視網膜時鐘產生(刺激產生?)褪黑激素。研究人員正在尋找時鐘在人類眼睛中的精確位置(並且期望發現它)。
到現在還沒有人知道分開的時鐘是做什麼用的以及它是如何與SCN發生關係的。一些較低等脊椎動物的松果體有著發育得很好的類似眼睛窟窿的結構，在另外一些種屬中，雖然不能認為松果體是一隻眼睛，但它的功能如同光的受體。在較低等脊椎動物裡，松果體的類似眼睛的結構具有光的受體的功能，一些人認為這是現代眼睛在進化初期的模樣。松果體重量不超過0.1克。在孩童時期松果體個頭大，當青春期到來時開始縮小。它似乎在性發育、動物冬眠、新陳代謝和季節性繁殖中扮演著一個重要角色。它影響人的生理時鐘節奏和睡眠模式(在晚上褪黑激素水平增加)，而且與周期性的情緒紊亂有關連。孩子的充裕的褪黑激素水平被認為起到抑制性的發育的作用。當青春期到來的時候，褪黑激素的分泌減少了。
松果體是在鬆弛時和可視化時分泌黑色素的。我們是被電磁能創造的-並與我們周圍無處不在的電磁能刺激相互作用-松果體也同樣是如此。松果體被激活時，它成為與更高的層面進行通信的連接。頂輪(crown chakra，中脈中最高的脈輪，譯者注)向下伸展，直到它的旋渦觸及松果體。普拉納(Prana，生命的能量)，或者純粹的能量是通過這個頭部的能量中心接收的。在實踐中，星光身體(astral body，精神世界的軀體)的振動水平被提升，允許它能離開物質的身體。為了激活『第三隻眼睛』並感知更高維度，松果體和腦下垂體(pituitary body)必須和諧地一起振動，這是通過打坐和/或放鬆而達到的。當通過腦下垂體運作的個性，和通過松果體運作的靈魂之間的正確的關係建立起來以後，磁場就產生了。正負力量相互作用，變得足夠強大去產生『頭內的光』。當這個『頭內的光』被激活時，星光投射體從你的身體中帶著光離開。星際旅行和其它超自然的能力，是緊密地和『頭內的光』的開發聯繫在一起的。身體放鬆之後，專注於松果體是通過注視前額中央的一個點而獲得的。眼睛的肌肉不緊張將激發鬆果體和『第三隻眼』。以感覺消失為開始，意識集中在松果體的部位。感知功能和領悟點集中在額頭中央和松果體之間。訣竅是很專心地凝視，靈體通過大腦的頂門(trap door of the brain)逸出。當星光體離開時，在松果體處可能會發生爆音。可視化是調動我們內在的能量去激發『第三隻眼』的第一步。通過把意識集中在松果體和垂體之間，磁場在松果體周圍建立起來。創造性想像能觀察到某些東西，頭腦的思想能量將生命和方向賜予這種法門。
在許多法門中，『第三隻眼』的開發、想像力和可視化都是逸出身體形相的重要成分。直覺也能通過『第三隻眼』實現。在直覺變得足夠強以前，星界層面(astral plane)的知識和記憶沒有在完全清醒的意識狀態中記錄下來。通過練習，『第三隻眼』激活程度加深時，一致性更強的直覺閃現了。昆達裡(Kundalini)的振動光觸及松果體後，松果體與天賜的思想取得一致。昆達裡尼開始向頭部中心提升，以回應來自『頭內的光』 的振動。光坐落在轉世自我精神(sutratma)的頂部，sutratma 或稱『線魂』(soul thread)，『線魂』從我們存在的最高層面下來進入物質的載體。『第三隻眼睛』，或『溼婆(Siva)的眼睛』是精神的視覺器官，與因果有密切關係，如同我們在自然進程的演變中變得更具有靈性一樣。當人類繼續進化到更進一步遠離物質的時候，在從靈魂到物質再返回到靈魂的旅程中，松果體將會繼續從它長時間休眠狀態中提升，將星光體和精神能力帶回給人類。
在特定的腦電波頻率中，自我邊界的感覺消失了。在θ波狀態(百度註：θ波為優勢腦波時，人的意識中斷，身體深沉放鬆，這是一種高層次的精神狀態，也就是我們常說的「入定態」。)時，我們處在深度禪定中但仍保持清醒，意識漂離到極限又返回。因為大腦進入更深的禪定狀態，我們的意識較少關注物質世界，而我們的『第三隻眼』是活躍的，同時逸出成為自然的事。許多當地的傳說和神秘的實踐都涉及到『看到』這個能力或在較高水平的能量場中『意識到』。
這種抽象的意識是更為主觀的，並且並不涉及到正常水平的世俗意識，後者主要關心的是自我認同。而『看到』指的是『第三隻眼』的視力。當松果體解除休眠時，意識從情感本性提高到一個璀璨的認知。如果松果體還沒有完全發展，它將處在演變的進程中。當我們把自我與人格的感覺都拋開時，我們的精神能量保持完美無缺。我們可以意識到非物質以及我們內在的自我。潛意識可以通過不同的實踐來激活『頭內的光』。