《水形物語》的英文名為theShapeoftheWater, 也可以翻譯為水的形狀。誠如影片的名字所指的一樣，水是該作品中最為突出、意義最深刻的主導意象。女主早晨煮蛋時沸騰的水、洗澡的沐浴之水、窗外的雨水、實驗室溼淋淋的環境、放置人魚的充滿水柱狀裝置及泳池裝容器、河水……水是貫穿影片始終的元素，串起了創作者對生命的深沉思考。
水的形狀之一：多樣化生命的象徵
故事的色調為水鴨綠，從女主艾麗莎的家具陳設和服飾，到實驗室的基礎色調，到大街上的建築物和公交車，到反派斯特裡克蘭先生所開的汽車，整個故事就像故事的開頭所暗示的一樣，是發生在綠色的水裡的童話故事。
影片的男主角算不上是真正意義的人，而是人魚，是具有人魚兩種物種的水陸兩棲存在，他聽不懂也不會說人類的語言，只有在水裡它才能自由而快樂地生存。根據影片的敘述，人魚來自亞馬孫一帶，當他被實驗人員帶到實驗室的時候，負責人斯特裡克蘭並不認為他是人，因為在他眼裡，人魚相貌醜陋、異於普通人，雖然他也承認在亞馬孫一帶人們把人魚當神明供奉，卻自認為上帝——神應該是像他一樣的人形存在。斯特裡克蘭蔑視或者說無視人魚作為生命的存在，他稱之為資產、怪物或東西，所以對待他不會學著與人魚溝通，不會尊重，不會憐憫，只會一味虐待，他會用手裡黑色的電棍襲擊人魚，會用鎖鏈禁錮人魚的自由。
女主角艾麗莎也是與眾不同的生命體。她是過著單調生活的啞女，據她的好朋友澤爾達說，她還是個孤兒，被人從河邊撿起，脖子上的抓痕從那時起就有，可能是聲帶被割掉的傷疤。她沒有漂亮的臉蛋，也沒有魔鬼的身材和體面的工作。她只是在政府實驗室裡工作的清潔工。影片的開始艾麗莎漂浮在綠色的海洋裡，恬靜地沉睡著，就像是人魚公主。她的家在一家影院的樓上，淡綠色的斑駁的牆面，像是投進海底的光和影，扇形的落地窗布滿水漬，讓觀眾有種她生活在海底的錯覺。
影片中的艾麗莎即使生活是單調的，依然把生活過成了詩一般：每天早晨她都按時起床，煮雞蛋，在浴缸裡洗澡；精緻的書櫃與漂亮的鞋櫃並排放著，鞋櫃裡擺滿了各式各樣的高跟鞋；家裡的沙發家具都是統一的綠色系；每次出門前都要換上色調一致的精緻服裝，用式樣精美的鞋刷把皮鞋擦得鋥亮；外面下著雨，坐在公交車上的她會把貝雷帽小心翼翼地摘下來放在窗戶上，然後再把頭靠上去。艾麗莎用井井有條的精緻生活表達對自身本就殘缺的生命的尊重，除此之外她也尊重生活中其他的生命體。
艾麗莎對人魚的尊重與斯特裡克蘭的行為形成了鮮明的對比。從第一次在實驗室看到人魚，她就用驚訝欣賞的目光審視眼前的生命體，她覺得他們雖然隔著透明的柱狀實驗裝置，但依然可以用手語溝通。艾麗莎從家裡給人魚帶來煮好的雞蛋；耐心地教他如何剝開蛋殼吃；在實驗室裡和人魚一起聽音樂；在得知人魚要被斯特裡克蘭殺死時，不顧一切地策劃著將人魚救到自己的家裡。當艾麗莎將家裡灌滿水和人魚緊緊相擁時，艾麗莎把人魚當成了神聖的生命體，而不是怪物，所以才會不顧生命安危在大雨的夜晚放人魚離開危險的處境。大雨中兩人都中了斯特裡克蘭的槍，卻又在落入水裡時神奇地復活了，不僅如此，脖子上曾經的抓痕竟然變成了能夠在水下呼吸的鰓。這是他們生命的升華。影片的最後，雨水中，反派人物斯特裡克蘭倒地而亡，吉爾斯和澤爾達則都毫髮無損地站在雨裡，看著艾麗莎被人魚抱起跳進河裡。雨水就像聖水，衝洗掉的是生命的罪惡和醜陋。這是他們生命的升華。
故事的女主角是殘缺生命的代名詞，但是她也是敬畏不同形態生命的表率。在她的眼裡，生命的美和外在的樣貌無關，與社會地位無關、與膚色無關、與性取向和年齡無關。她敬畏每一種不同的善良的生命體。影片的最後有一首意味深長的小詩：「無法描述你的形狀，我感覺到你圍繞著我，因為你的存在，我滿眼都是你的愛意，它讓我心變得柔軟，你無處不在。」 (「Unable to perceive the shape of You.I find You all around me.Your presence fills my eyes with your love. It humbles my heart. For you are everywhere.」)這首小詩道出了故事的主要內涵：對生命的敬畏，這也是水的內涵，它本無形，也可以是任何形狀，我們感受到生命的存在，它就圍繞在我們身邊，而我們每一個人都要給予生活中不同的生命體足夠的愛意和尊重。導演也曾經說：「當我們每天早上醒來，都必須在恐懼和愛之間做出選擇，而選擇愛，才是最終答案。這也是我讓艾麗莎沉默的原因，因為言語無法表達那種深刻之情。」
水的形狀之二：勇敢、自由、毅力的象徵
影片中寫在日曆上的格言，是創作者揭示生命內涵的手段之一。故事接近尾聲時，女主角為了人魚的生存和安危，打算將人魚放回大海，此時日曆上的格言清晰可見：人生就是不斷擱淺的計劃(Life is but the shipwreck of our plans)。此時，生命/生活與擱淺聯繫起來。不言而喻，生命就是一次又一次的出海航行，有順利起航、返航，也有船隻擱淺。
主人公艾麗莎的人生經歷就好像是一次海上航行，無疑她是勇敢的掌舵者，在她的航船上有澤爾達、吉爾斯和人魚這些雖然不被社會認可卻充滿爭議和愛的水手。拯救人魚的計劃並不是一次船隻擱淺，而是一次成功的生命旅行，它凸顯了故事中主角艾麗莎和她朋友的勇敢和毅力，彰顯了他們追求生命平等和自由的成功嘗試。
艾麗莎是勇敢堅毅的，影片中有許多細節都有所展示。當她和澤爾達在政府實驗室的衛生間打掃衛生時，斯特裡克蘭對女性毫無尊重，當著他們的面小便，還大肆鼓吹他的洗手邏輯：便前或便後洗一次就好，用不著洗兩次。艾麗莎從容面對，目光卻集中在他放在洗手臺的電棍及電棍所帶的血跡上，敏銳地發現了斯特裡克蘭對人魚的虐待。在衝洗實驗室時，看到髒水中的斷指，她毫無害怕之意，而是從容地將兩個斷指放在了盛放食物的紙袋中收好。之後幾次面對斯特裡克蘭的言語攻擊她都展現出堅毅的表情或用手勢語給予毫不留情地反駁。
為了能成功地拯救人魚免於被殺害的命運，她成功地說服了膽小怕事的吉爾斯擔任司機的職務，負責將人魚運出實驗室，說服澤爾塔配合她在實驗室將人魚安放在清潔車中，並得到了來自蘇聯的間諜——實驗室專家的支持。他假裝抽菸拖延時間，還是從容地將攝像頭轉移方向，整個營救過程出奇順利。幾個處於社會最底層的小人物成功地從戒備森嚴的美國政府實驗室裡救出了對美蘇都極其重要的人魚，這就是愛麗莎的睿智和勇氣的有力表現。
在這次營救中，有從容的領導者艾麗莎，有從膽小變得堅強勇敢的澤爾塔和吉爾斯，他們用自己的行動詮釋了他們對生命的敬畏，對自由的敬畏。
水的形狀之三：時間的象徵
故事的開始，女主艾麗莎優雅地撕掉一張日曆，看了看背面的格言：「時間不過是條流經你我過往的河流」(Time is a river flowing from our past)。此處水寓意未來和未知。
故事的開頭和結尾各有一段獨白交代故事發生的背景和結局。人魚和愛麗莎的愛情故事被放置在了童話時間中：故事發生在很久以前，那位王子昂正的最後幾天，發生在靠近海邊的一個與世隔絕的小城市，故事的主人公是位不會說話的公主。開始的獨白搭配藍綠色海底世界，讓觀影者不禁沉浸於童話時間裡，認為這就是一個童話故事。緊接著女主角和房間所有的一切從漂浮狀態回到規規矩矩的位置，而女主艾麗莎也在一陣響亮的鬧鈴聲中被帶到了現實世界。此時故事開始脫離童話時間，被放置在了1963年的美國，故事的背景變成了實實在在的美蘇冷戰。
殘酷的社會現實是美國和蘇聯兩個世界大國圍繞著人魚進行著軍備競賽，最終將人魚的命運置於絕境。在艾麗莎、澤爾塔等人成功地將人魚救出，後背斯特裡克蘭發現，人魚和艾麗莎中槍跳入水中時，故事又一次回到了童話時間。在水中艾麗莎和人魚緊緊相擁，艾麗莎脖子上的幾道抓痕神奇地變成了能夠在水下呼吸的鰓，這時的獨白是：他們幸福地生活在了一起？我相信是這樣的，他們相愛，他們永遠相愛，我確定這是真的。創作者並沒有用留白的方式給觀影者想像二者的結局，而是直接告知，他們永遠相愛並幸福地生活在一起。當然此時的觀影者不免認為原來艾麗莎是真正的人魚公主，也會對艾麗莎來自何處、走向何方給予自己的想像。將童話時間和現實時間並置，不僅讓觀影者感受到童話世界的美好和現實世界的冰冷，也傳達了創作者對生命的期許。
時間不過是流經你我過往的河流，過去種種經歷或許會有殘缺和不如意，但我們依然熱愛今天的生命和生活，即使生活充滿磨難，對未來依然有童話般美好的期許。這是創作者要傳達的生命意義。
結語
《水形物語》使用水的意象貫穿整部影片，通過色彩、日曆和故事情節的細節描述，展示了作品中水的生命內涵：生命是無形的，生命可以是不同形態的，我們應該尊重、熱愛不同形體的生命；我們要用人類的勇敢和毅力去保護不同的生命，追求生命的自由，要在殘酷的現實世界裡對生命有積極的嚮往和期許。