腸道細菌有好有壞，乳酸菌等益生菌是好菌，功效在調節腸內菌叢的生態平衡、合成維生素、提高免疫機能及增加幹擾素、幫助消化吸收、抑制有害物質和病原菌等。益生菌和益菌生，還有一種益生菌生成萃取物（益生素），分別說明如下：
益生菌Probiotic
益生菌對宿主、人體有益，是可改善腸道菌相的活菌微生物。最具代表性益生菌就是乳酸菌，能分解糖類（乳糖、葡萄糖、蔗糖、果糖）產生乳酸和醋酸，酸化腸道環境，抑制害菌增殖，調整腸內菌叢平衡，改善消化環境，促進腸道蠕動，提升免疫機能，預防過敏，抑制感染，增加酵素、維生素和幹擾素的合成。
乳酸菌包括乳酸桿菌、雙歧桿菌、酵母菌及其他桿菌、球菌等，常聽見的LP33 、比菲德氏菌、龍根、雷特氏菌等都是好的益生菌。
益菌生Prebiotics
透過飲食的補充，可增加腸內益菌的生長（養菌作用），也叫益菌素、益生元（源）、益生質或益生菌助生質。包含寡糖、膳食纖維及一些中草藥。
1. 寡糖（低聚糖Oligosaccharides, OS ）
只有比菲德氏菌可以利用的食物，有半乳寡糖、果寡糖、木寡糖、異麥芽寡糖、大豆寡糖、乳果寡糖、異果寡糖、菊糖等，來源為母奶、豆類、根莖類、全谷、海藻、蔬果、蕈菇、蜂蜜等食物。
2. 膳食纖維（Dietary ?ber ）
益害菌皆可利用，亦稱為第六（七）大營養素。包括水溶性膳食纖維膳食纖維和非水溶性膳食纖維，來源為穀類、蔬菜、豆類、未熟水果、麩皮、牛蒡、蘑菇、蝦蟹殼等。膳食纖維成人攝取量每天為15 至30 公克（25 公克以上較好）。
3. 中草藥（Herbs ）
如人 、枸杞、靈芝、茯苓、當歸、刺五加、何首烏等。
益生菌生成萃取物（益生素）Biogenics
乳酸菌生成萃取液乃是利用多種共生乳酸菌，以有機大豆豆漿為培養基，經過一年熟成，再以高科技萃取有效分泌物及菌體物質而製成。分泌物的功能為活化定居菌之酵素，抑制害菌，促使中性菌變成益菌，增進益菌繁殖，稱為養菌。而菌體物質的作用為活化免疫細胞，修護腸道細胞。
市面上有ALBEX 、Lactis （日）、Lacteol （法）等成品問世，這些產品兼具益生菌與益菌素補充的雙重功用，不必冷藏，也不必考慮胃酸作用或其他食物、藥物之影響，堪稱新時代的科技產品。
益生菌的補充原則
一、每日或長期服用食品添加劑含益生菌及益菌生〈日服百億菌，不超過一兆菌〉。多吃水果、生菜，天然的最好，少吃高脂紅肉。不與抗生素、類固醇同時服用（可間隔兩小時），不與含（亞）硝酸鹽食物，如香腸、火腿、熱狗、培根、魚乾、幹蝦等同時進食。
二、植物性乳酸菌比動物性乳酸菌好。植物性包括發酵豆奶、泡菜、味噌、食醋、醬菜等，而動物性包括牛奶、優酪乳、乾酪、奶油等。
三、活菌需冷藏在2 ~8 度C ，有效期限兩星期，需在胃酸低時服用，如飯後1 小時或睡前，有增加腸內菌叢，改善菌相之功用。(www.aizhi5.com)目前經由種種包裝技術，如晶球、多層包埋、真空處理技術，皆能改善菌體之存活。此外，死菌則有免疫調節，增加膳食纖維之功能。
四、補充多菌種比單一菌種好。定住菌可長期駐在腸道生長，而過客菌則只能在腸道存留2~ 5 天，如以粉末、顆粒劑型式服用時，須多喝水。
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