自八世紀宇妥·雲丹貢布編撰藏醫巨著《四部醫典》至十七世紀帝爾瑪·丹增彭措撰寫藏藥名著《晶珠本草》的近千時間中，藏醫藥學得到了不斷地傳承發展，期間產生了如《甘露八部》、《藥性廣論》、《藍琉璃》等無數藏醫藥經典著作。而在藥物分類上，各家繁簡不一，大同小異，大致均沿於《四部醫典》的分類體系。
《晶珠本草》中，共把藥物分為13類，即珍寶類、石類、土糞、汁液精華類、樹類、敦布（溼生草）類、俄（旱生草）類、鹽鹼類、動物類、作物類、水類、火類、膏汁類。
該書有效填補了藏藥學中藥物性味效能劃分的空白，使藥物從此有了血肉，不再只是單一空洞的名詞。《晶珠本草》也成為了藏醫處方用藥的必備書籍，直至今日，書中所記載的藥物中仍有75%被廣泛用於臨床。
本篇文章，將對《晶珠本草》中的4類分類藥物，即珍寶類、土類、石類、鹽鹼類等，進行簡單的介紹。
分為不熔和可熔性兩類。包括57種，166味。
不熔性珍寶有金剛石、玉石、藍寶石、吠琉璃、映紅、曲亮、曲強奈喇、銅墨、刀拉、翡翠、蛇寶、如意石、水晶、珊瑚、司亮、花斑璃、紅瑪瑙、琥珀、珍珠等42種，104味。
可熔性的珍寶類藥物有金（黃金、赤金）、銀、水銀、紅鋼、鐵、鐵鏽、霹靂鐵、鐵隕石、青銅、黃銅、錫、鉛、辭等15種，61味。
珍寶類藥物功效廣，在治療疑難重症的處方常用。如黃金能解珍寶類藥物中毒，健體強身、延年益壽。銀能收斂黃水、幹膿血。銅清肝、肺之熱，幹膿血。鐵解肝中毒、消浮腫、治眼疾。珍珠治腦漏。珊瑚清肝熱、脈熱、毒熱。藍寶石除諸病。紅瑪瑙闢邪、治癲癇。琥珀明目，治翳障。
分不熔和可熔性兩類，包括64種，594味。
可熔性石類藥有14種，22味。
如磁石可治腦骨傷、脈病、拔彈簇之效。金、銀礦石可舒瀉脈病，引流黃水。花蕊石明目，愈瘡、幹黃水。銀砂接骨。錫礦石愈瘡、斂膿、生肌。
不熔性石類藥約有49種，572味。
如赤石脂幹黃水，畫骨脂、接骨。甘石清肝熱，斂黃水。寒水石清培根熱、治骨髓炎。豬頭石補骨、健骨，託引黃水。石燕、石腦、石膽、龍腦石均有補腦、幹黃水、愈傷之效。靈母石清骨熱、利目。石青舒脈益傷，治腎病、淋病。滑石疏脈通絡。
土類藥物分天然和炮製兩類。包括17種，31味。
如金砂治脈病、腎病。禹糧土清脈熱、愈髒傷、幹膿血。黃丹清脈熱、肌熱，去腐、生肌。靛青治燒傷、眼疾。鹼土清煩熱，除瘟疫熱。獺洞土治「察乃」病。在精華類藥物中尚有石膏，清肺熱、利黃膽。牛黃、象黃清肝熱、腑熱。地松脂(系含金、銀、銅、鐵、錫、梓等的單一礦或復含礦巖中滲出的汁液，凝結成塊狀物)清胃熱、肝熱、腎熱，除諸熱治一切熱性病。
鹼類藥物的形成是由水素和火熱二因素所致。其形成過程雖有神奇之說，但從藏藥理論上講，它認為鹽鹼類藥物具有水的稀、涼、重、鈍、緩、潤、軟七效；具有火的熱、銳、燥、糙、輕、幹、動七效。其功效生培根、赤巴、祛風、通二便。性銳而開胃、消食、生血。
《協據》(論說醫典)記載：「鹽鹼的功效開窮散痞、生熱發汗，提升胃熱、開胃；內服過量，會導致脫髮、白髮、煩渴、生癲、生丹毒、生血、生赤巴、肌膚皺紋多、記憶力減退」。
《月光》記載：「鹽鹼味鹹、甘、酸，性重，開通腸結，通二便。」但不同種類鹽鹼性味功能也不一樣。大青鹽生培根、赤巴；光明鹽和黑鹽則不生培根、赤巴；大青鹽利氣，而硇砂和白秋石鹽則不利氣。
雍正十三年（1735年），帝爾瑪·丹增彭措完成了這本名為《晶珠本草》的藏藥典籍的撰寫工作。成書的《晶珠本草》分上、下兩部，其中上部為歌訣，用形似佛經的偈頌體寫成，主要是論述概括藥物的功效；下部則是記敘形式，主要為解釋藥物的產地、生長環境、性、味、功效等。此外，書中還記載了藥物的篩選及炮製方法。可謂應有盡有。也由此，藏族人民終於也擁有了立足於本民族醫學的《本草綱目》。
《晶珠本草》是專門服務於藏醫的藥書，有著濃鬱的地域特點及藏族醫學特點。中醫講究氣血，藥物上分四氣、五味，藏醫則是把人的生理功能概括為隆、赤巴、培根②三大要素，以六味、八性、十七效③劃分藥物。丹增彭措的《晶珠本草》，便是以藏醫理論和前人的藥性劃分為基礎撰寫的。比如山奈，書中道：「山奈治培根、隆合併症，破血化血。」再比如薑黃一藥，丹增彭措在書中道：「薑黃解毒，止腐爛，治潰瘍病。讓鈞多吉說『薑黃是治痔瘡的良藥』。本品之名有雲哇、雲果拉、尕賽爾、堅木巴多合。漢語中稱黃姜，高昌語中稱黃釐。《圖鑑》中說『薑黃生於南方溫暖的川地，葉像大蒜葉，根外皮像高良姜，裡面有紅黃色，有光澤。味微苦、辛，功效治病毒』。如上所述，薑黃味辛，效潤，與鹼、石灰等相接處，變為血色。」這種記敘形式，既貼合藏藥用藥方式，又參考了前人典籍，不可謂不科學。
而《晶珠本草》之所以稱之為藏醫的《本草綱目》，除了其對於藥物的論述方式之外，還有兩個原因。1.藥物數量記載之巨；2.對於藏醫學的深遠影響。
《晶珠本草》共記載藥物2294種，涉及1200個動、植物科屬。丹增彭措根據藥物的來源、質地、生長環境、入藥部位的不同，將其分為了珍寶類、石類、土類、汁液類、樹類、溼生草類、旱生草類、鹽鹼類、動物類、作物類、水類、火類、膏汁類十三個大類。其中，溼生草類及旱生草類又被分為根、根莖、莖、枝、葉、花、果實種子、全草、皮等小類，動物類藥則被分為頭、腦、角、眼、舌、喉、心、肝、脾、腎、胃、腸、生殖器、骨、骨髓、脂肪、肉、血、皮、毛、爪、乳、便、昆蟲等小類。本書的分類方法詳細科學，尤其是在天然藥物分類及植物分類學上，十分接近現代科學的分類方法。