1908年，慈禧太后和光緒皇帝兩人都意識到自己快不行了，但兩人都暗自憋著勁，盼著對方先死。這兩人，一個是大清帝國最高權力的實際掌握者，一個是權力象徵者，雖然他們在血緣上為伯母侄子及娘姨外甥的血親，但在政治上，他們是你死我活的敵對勢力。
對於被慈禧壓迫了一輩子、彌留之際還被囚禁在瀛臺的光緒皇帝而言，也明白多活一天就離勝算近一天，只要慈禧活著，就沒有光緒的出頭之日。慈禧明白秋後算帳是亙古不變的道理。如果她先死，光緒必然會對她清算，不僅自己將英名盡毀，被抬出鞭屍也未可知，所以光緒必須先死。
雖然病入膏肓，但慈禧意外死去的機率幾乎沒有，因為直到最後一刻，她依然是大清最高權力掌控者，除了老病死，沒人動得了她。
1908年11月9日（光緒三十四年十月十六日），慈禧太后與光緒在西苑勤政殿召見大臣（這也是兩人最後一次見面）。據那天被召見的新任直隸提學使傅增湘記錄：
「太后神態疲憊，據說幾個月的痢疾腹瀉不止。而皇上臉色晦暗，說話聲音無力，靠座位中間墊了幾個靠枕，才勉強支持。」
看來，兩人在這場馬拉松式的暗自較勁中，早已是筋疲力盡，其中的一個隨時都有可能會倒下。最終分出勝負的日子在6天後。
光緒三十四年十月二十一(1908年11月14日)傍晚，37歲的光緒皇帝躺在冰冷寂靜的中南海瀛臺涵元殿，滿含悲憤離開了人間。僅僅22小時之後，操縱晚清政權達半個世紀之久的慈禧太后，也在中南海儀鸞殿內撒手人寰，終年73歲。
可以肯定，慈禧是正常因病死亡的，並且死前是比較「放心」的，因為「心頭大患」光緒終於死了，沒有任何後顧之憂了。
慈禧太后為何怕死後被清算？
因為她活著的時候把光緒折磨得太狠，她一手導演了光緒苦悶的皇帝生涯和不幸的婚姻，親手扶著光緒登基又親手廢掉了光緒並將他在瀛臺囚禁至死。
同治十三年十二月初五的深夜，慈禧的獨生子同治皇帝因患天花突然去世。由於病情太急，同治臨終沒有來得及留下遺命。
慈禧太后壓制了其他一切意見，堅持由4歲的載湉，也就是後來的光緒皇帝，入宮來繼承皇位。
同治皇帝沒有留下兒子只是慈禧對外的一個藉口而已，真正的目的是慈禧想找個兒皇帝，為她再次垂簾聽政創造機會。光緒元年正月二十，4歲的載湉在太和殿正式即位。從這一天起，慈禧就把光緒牢牢抓在手裡，變成她爭奪權力的工具。
一個四歲的孩子，被剝奪母愛，整日活在在繁瑣的宮中禮節、慈禧的嚴厲訓斥中，致使光緒從小就心情抑鬱，身體積弱，為他的壯年早逝埋下了深深的禍根。慈禧不僅改變了光緒的成長軌跡，還直接幹預了光緒的婚姻。光緒十五年正月二十，19歲的光緒舉行大婚典禮，他的皇后和兩個妃子都是慈禧選的。皇后是慈禧親弟弟桂祥的女兒葉赫那拉氏，據記載這位皇后長得實在難看，瘦弱駝背，光緒極為不滿，但卻無力違抗。慈禧之所以選自己的侄女為皇后，就是利用皇后來控制和操縱皇帝。
光緒親政後，53歲的慈禧表面退居頤和園頤養天年，實際上一如既往地把握著國家政務。
慈禧處處限制光緒，國家大事都要秉承她的懿旨去辦理；通過隆裕皇后及親信太監李蓮英等人，暗中監視光緒的行蹤；慈禧規定：每隔一日，光緒必須親往頤和園向她匯報政務，聽候訓示。光緒力圖在政治上有所作為，整天忙於政務，另外，他還要隨時應付慈禧的訓斥，無暇顧及看病吃藥，這就更使得他的健康每況愈下，日久天長，精神抑鬱，舊病不去，又添新愁。
光緒親政的十年，是與慈禧進行政治和權力鬥爭的十年，從中日甲午戰爭到戊戌變法運動，雙方矛盾日益尖銳。光緒二十四年八月，在以慈禧為首的守舊勢力的反對和鎮壓下，轟轟烈烈的「百日維新」變法運動最終失敗。康有為、梁啓超出逃，譚嗣同等「戊戌六君子」遇害。
光緒本人也被囚禁在中南海瀛臺，他的政治生活到此結束。此後，光緒度過了10年沒有人身自由的囚徒生活，直到慈禧去世前一天。
慈禧將光緒囚禁以後，自己重新出面訓政，多方凌辱折磨光緒。起初，慈禧想過要謀害光緒，後來又想把他廢掉。
光緒深知慈禧的險惡用心，日夜擔驚受怕，他對天長嘆：我連漢獻帝都不如啊！
光緒之死的四種傳聞
相對於慈禧的病逝，光緒的死亡就顯得撲朔迷離疑竇重重了。一個37歲，一個73歲，兩人去世相差不到1天，消息一傳出，就震驚了海內外。人們普遍認為，光緒在慈禧前一天死去，這不是巧合，而是被人處心積慮地謀害……
《清史稿》中，史官們更是微妙地將兩人從病重到崩逝，置於一個緊密交錯的敘述框架內，以春秋筆法給後人留下想像空間：
「三十四年十月，太后有疾。上疾益增劇……癸酉，上崩於瀛臺……甲戌，太后崩，年七十四，葬定陵隆福寺。」
對於光緒帝的死因，從民間故事、稗官野史到時人筆記，一直眾說紛紜。人們大多都推測或相信：光緒帝是被毒殺的，主謀是慈禧太后——也有猜測是袁世凱、太監李蓮英或者崔玉貴。
晚清文人惲毓鼎的《崇陵傳信錄》和徐珂編著的《清稗類鈔》中摘抄的清代筆記認為，慈禧太后病危期間，害怕自己死後光緒重新執政，令人將光緒害死。英國人布蘭德與白克浩斯兩人合著的《慈禧外傳》和曾在宮中擔任女官的德齡女士在《清宮二年記》、《瀛臺泣血記》等書中都認為，大太監李蓮英等人平日仗著慈禧的權勢中傷和愚弄光緒，他們怕慈禧死後光緒清算他們的罪孽，於是在慈禧將死之前先把光緒害死。溥儀在《我的前半生》一書中寫，袁世凱在戊戌變法時辜負了光緒的信任，出賣了皇上。袁世凱擔心一旦慈禧死去，光緒決不會輕饒他，所以就借進藥的機會，暗中下毒，將光緒毒死。曾是清宮御醫的屈貴庭，在民國時期的雜誌《逸經》第29期上發表文章說：在光緒臨死的前三天，他最後一次進宮為皇上看病，發現光緒本已逐漸好轉的病情突然惡化，在床上亂滾，大叫肚子疼。沒過幾天，光緒便死了。這位御醫認為，雖不能斷定是誰害死了光緒，但卻可以肯定光緒是被人暗中害死的。
但也有人堅持認為光緒和慈禧一樣，是正常病死的。在中國第一歷史檔案館，珍藏著當年光緒病情檔案，裡面有御醫在光緒臨終前的詳細會診記載：
檔案一：光緒37歲時的《病原》說，他遺精將近二十年，腰腿肩背經常酸沉，耳鳴也有近十年。可見，光緒一直身體不好。檔案二：光緒二十六年《脈案》記載，從這時起，光緒的病情不斷惡化。從現代醫學角度分析，光緒已患有嚴重的神經官能症、關節炎和骨結核以及血液系統疾病，這是導致光緒壯年夭亡的直接原因。檔案三：光緒三十四年三月初九《脈案》，御醫曹元恆寫下，皇上肝腎陰虛，脾陽不足，氣血虧損，病勢到了無藥可用的嚴重程度。檔案四：同年五月初十《脈案》，御醫陳秉鈞寫有「調理多時，全無寸效」的話。江蘇名醫杜鍾駿為皇帝看過病後也表示不求有功，只求不出差錯，說明醫生們對光緒的病已無能為力了。檔案五：同年九月《脈案》，此時光緒的病狀更加複雜多變，臟腑功能已全部失調。檔案六：同年十月十七，三名御醫會診《脈案》，這時光緒的病情已進入危急階段，出現肺炎症及心肺衰竭的臨床症狀。御醫會診後私下對朝臣說：「此病不出四日，必有危險。」檔案七：同年十月十九光緒的《脈案》，光緒出現胸悶氣短，咳嗽不斷，大便不通，全身乏力的症狀，御醫們「甚感棘手」。檔案八：同年十月二十光緒的《脈案》，當晚光緒開始進入彌留狀態，神志昏迷。檔案九：同年十月二十一光緒《脈案》，當天中午，光緒脈搏似有似無，張嘴倒氣，傍晚，光緒懷著滿腔怨恨與世長辭。
從光緒去世前八年的檔案記錄來看，光緒病狀的確是一步步惡化的，應該屬於正常病死。
依舊事實難斷的真相
「光緒之死」是上世紀初的重大歷史事件，人們對於光緒的死因的眾說紛紜，成為近代史上的一樁謎案。
為解開「光緒之死」這一歷史謎案，從2003年開始，中央電視臺、清西陵文物管理處、中國原子能科學研究院、北京市公安局法醫檢驗鑑定中心等單位組成了「清光緒帝死因」專題研究課題組。
關於光緒皇帝真實死因研究，也被國家清史編纂委員會納入《國家清史纂修工程重大學術問題研究專項課題》。
專家們歷時五年，由光緒帝頭髮中微量元素成分入手，利用一系列現代專業技術手段，通過開展對比、模擬實驗、雙向圖例等工作，對清西陵文物管理處提供的光緒遺體的頭髮、遺骨、衣服以及墓內外環境樣品進行了反覆的檢測、研究和縝密的分析。
經科學測算，光緒的頭髮截段和衣物上含有劇毒的三氧化二砷，即砒霜。更讓人驚異的是，腐敗屍體僅沾染在部分衣物和頭髮上的砒霜總量就已高達約201毫克。
由國家清史編纂委員會主任戴逸教授等13位專家聯合撰寫的《清光緒帝死因研究工作報告》稱，常人口服砒霜60至200毫克就會中毒身亡，光緒帝攝入體內的砒霜總量明顯大於致死量。其胃腹部衣物上的砷是其含毒屍體腐敗後直接侵蝕遺留所致，而其衣領部位及頭髮上的大量砷，則由其腐敗屍體溢流侵蝕所致。
中央電視臺主任編輯鍾裡滿則以光緒帝臨終前參與診治的醫生親筆回憶錄，及搜集到的軍機大臣的日記等為依據，進一步確定了光緒帝屬急性胃腸性砒霜中毒而亡這一結論。
2008年11月14日是光緒帝去世一百周年，「光緒死因」在此時得以確證，別具歷史意義。但到底誰才是那個給光緒下毒的兇手，依然是一個沉睡的謎，期待更多證據來解答。
清史編纂委員會主任戴逸是該課題項目的支持者，他認為：下毒者是誰不重要，「慈禧是主謀，這一點恐怕是沒有問題的，因為慈禧再三表示自己不能死在光緒前頭。」而以袁世凱當時的勢力，還沒有能力插手宮中。幾年前，有國內學者在日本的歷史檔案館裡，發現了一份清朝外務部右侍郎伍廷芳於1904與日本公使內田康哉的談話記錄。談話中，內田問伍廷芳：如果慈禧先死了，那麼光緒會怎麼樣呢？
伍廷芳說：這件事很糟糕，光緒很可能會死在前面，因為北京的宮廷裡面都這樣傳說。然後，他提出希望日本政府能夠出兵救光緒出來。
這次對話發生在光緒去世的四年前，這位被囚禁的皇帝惶惶不可終日的悽慘，可見一斑。