宋、金、元三刻《道藏》，但都沒有流傳下來；清代沒有刻過全藏；因此，明代《正統道藏》和《萬曆續道藏》，就是今天我們能夠看到的《道藏》全書的惟一傳本。
明成祖朱棣登基不久，即敕命第四十三代天師張宇初纂校道書，刊行道藏以傳，並一再催辦。他還特別恩準張宇初「可早晚進來，通類刊版」。張宇初既要編修道藏，又要主持教務，還寫了《道門十規》，作為天下道士的行為準則。他提出「夫天地之大，以太虛為體」的道教理論，以「虛」、「靜」、「無為」作為修養根本。
永樂八年(1410)，張宇初羽化，明成祖又詔令其弟四十四代天師張宇清繼續主持編修。這項工程一直幹到永樂二十二年(1424)，有塗省躬等學者參加，但因成祖崩而未能完成。直到20年後的正統九年(1444)，明英宗朱祁鎮下詔，讓道士邵以正主持督校，喻道純、湯希文等學者參與，對張宇初、張宇清等人編修的道藏重加訂正，增其遺逸。對所收的道書都加以重新分卷，如原來是短卷的，就將幾卷並為一卷。正統九年(1445)，全藏刊版完成。這就是《正統道藏》，系梵夾裝，共5305卷，以「三洞」、「四輔」、「十二類」編類。全藏以《千字文》為函目序號，裝成480函，始於「天」字，終於「英」字。然而，有不少道書(如《永樂大典》第911卷的《洞玄靈寶滅度五煉生屍經》和《大帝制魂伐屍法》，第1310卷的《靈寶鍾罄威儀經》和《靈寶三元威儀經》)，未被《道藏》收入。圓明園劫後餘存的《永樂大典》，只有原書22877卷的3.48%，居然從中也輯出了好些《正統道藏》失收的道教文獻!
《正統道藏》在編纂過程中，由於主持人變換，時間上又斷斷續續，搜集道書不甚完備，因而存在明顯的缺漏。萬曆三十五年(1607)，明神宗朱翊鈞下旨，敕令第五十代天師張國祥編刊《道藏》的續集；他還下旨，將駙馬都尉謝公詔的女兒許配給張國祥為妻。張國祥不敢怠慢，立即行動，四出搜訪，尋找《正統道藏》缺收的道書，以及正統年代以後的道教著作，編纂校訂了一部《道藏》續集。這就是《萬曆續道藏》，共180卷。全藏亦以《千字文》為函目序號，裝成32函，始於「杜」字，終於「纓」字。
《正統道藏》和《萬曆續道藏》的經板傳到清代，缺損已經十分嚴重。光緒二十六年(1900)，八國聯軍侵華，攻佔了北京後，燒殺擄掠，焚毀了正、續《道藏》的全部經板。
明、清兩代，朝廷將《正統道藏》和《萬曆續道藏》賜於不少道觀，但經過多次兵燹，留存下來的已經頗為稀少了。相比之下，北京白雲觀的藏本較為完整，而且在道光二十五年(1845)，由羽士鄭永祥募金補抄(見《白雲觀重修〈道藏〉記》)，所以缺佚不多。
1923年10月至1926年4月，商務印書館在上海以「涵芬樓」的名義，據北京白雲觀所藏《正統道藏》、《萬曆續道藏》影印，每梵本2頁拼為1頁，縮小為6開小本。這個本子俗稱「小道藏」，共收入圖書1476種，計有5485卷，裝訂成1120冊。但這時的北京白雲觀藏本，已經殘缺了98頁，涵芬樓在影印時未曾覓補。
1957年，臺灣中華道教會發起用涵芬樓影印本重印《正統道藏》和《萬曆續道藏》，直至1977年由臺灣藝文印書館出版。此為32開本，精裝60冊，另附目錄索引1冊。原本殘缺各項也未曾覓補，但增輯了明、清以來散佚的15種道書。
1977年，臺灣新文豐出版公司亦用涵芬樓影印本重印《正統道藏》和《萬曆續道藏》。此為16開本，精裝60冊，另附總目錄1冊。原本殘缺各頁也未曾覓補。
1988年，文物出版社、上海書店出版社、天津古籍出版社三家聯手，又據涵芬樓影印本重印《正統道藏》和《萬曆續道藏》，將涵芬樓本9頁拼成1頁，縮小為16開本，精裝36冊，另附《道藏索引》1冊。原本殘缺各頁，經用瞿鳳起先生查點清楚的表冊，借用現藏上海圖書館的上海白雲觀舊藏本補足，以成完璧。所補部分，計有1700餘行，還修描補缺損字500餘個，糾正錯簡17處。此外，還附印明代白雲霽撰《道藏目錄詳註》，用上海圖書館藏繆荃孫舊藏清刻本影印。繆荃孫藏本勝於《四庫全書》本，因後者不僅缺《道教宗源》、《凡例》、《道藏總目》三篇，而且內容、注文也有短缺之處。
《道藏》卷帙浩繁，不僅集道教文獻之大成，據元代《道藏尊經歷代綱目》的說法，它還收有儒書、醫書、陰陽、卜筮、諸子百家等著作。它是中華傳統文化的薈萃，是古人留下的一筆文化遺產。
對於《道藏》大量收錄群書，儒、釋兩方面都曾進行過非議和譏諷。《四庫全書總目提要》在《道藏目錄詳註》的提要中，就對此大加攻擊。對《道藏》是褒也好，是貶也好，只有在充分了解它的前提下才有發言權。而要了解《道藏》，首先便要有查檢它的工具書。明末以來，不少學者為此而作出了努力。
明朝後期，白雲霽編寫了《道藏目錄詳註》4卷，並有一些題解，對讀者了解《道藏》很有幫助，因此而被收入《四庫全書》。它雖然對了解各種道書有些用處，但畢竟只是目錄的體裁，檢用的功能十分有限，而且還有好些遺漏和錯誤。《道藏目錄詳註》的最佳版本，當為上海圖書館藏繆荃孫舊藏清刻本，即文物出版社、上海書店出版社、天津古籍出版社附於《道藏》之後據以影印的底本。此外，還有一個清刻本，版式與繆荃孫舊藏本相似，但作者的姓名卻被篡改為「遼左李傑」。顯然，這是假冒的，侵犯了白雲霽的署名權。
1989年，上海社會科學院宗教研究所所長陳耀庭先生在訪法講學期間，得到施舟人先生的慨允，無償利用《道藏通檢》的原編成果，改編成一本可以檢索五種版本《道藏》的工具書。1996年10月，署作「(法)施舟人原編，(中)陳耀庭改編」的《道藏索引》，由上海書店出版社出版。在改編過程中，陳耀庭先生將施舟人《道藏通檢》、翁獨健《道藏子目引得》、任繼愈《道藏提要》、白雲霽《道藏目錄詳註》以及文物出版社、上海書店出版社、天津古籍出版社三家聯合出版的《正統道藏》和《萬曆續道藏》(世稱「三家本」)的目錄等，作過詳細的比較對照，發現各種目錄的子目，內容大同小異，數量頗為接近。例如，施舟人《道藏通檢》的子目有1477條，翁獨健《道藏子目引得》的子目有1476條，任繼愈《道藏提要》的子目有1473條，三家本的子目有1500條。上述各書的子目基本相同，因為角度不同而略有差異。應該指出，「三家本」的目錄也有方便讀者的舉措，例如對於《修真十書》的子目設計，區分為「修真十書雜著指玄篇八卷」、「修真十書金丹大成集五卷」等子目12條，使讀者對《修真十書》的內容一目了然。只是因為技術上的困難，改編者才未能將「三家本」這一獨到的子目設計成果吸收到本索引中來。
《道藏索引》包括《道藏子目索引》和《五種版本道藏經書子目聯合目錄》兩大部分。《五種版本道藏經書子目聯合目錄》中的經書順序，按明代《正統道藏》和《萬曆續道藏》經夾本先後排列。各部經書的順序編號，採用施舟人《道藏通檢》的目錄編號。為了便於熟悉翁獨健《道藏子目引得》編號的讀者使用，後附有兩種編號的對照表。《五種版本道藏經書子目聯合目錄》中，每種經書作為一個條目，內容包括順序編號、經書名稱、卷數、編著者以及該經書在五種版本《道藏》的冊數(明經夾本著錄的是千字文編號，其他四種版本著錄的均是冊數，其版本代號是：涵芬樓本為「涵」，藝文本為「藝」，新文豐本為「新」，三家本為「三」)。《道藏子目索引》按「逐字索引法」(Concodance)編制，每種經書名稱的每個字都能檢索。例如：《玄女經》可分別從「玄」、「女」、「經」三字檢索，《易筮通變》可分別從「易」、「筮」、「通」、「變」四字檢索。檢索按筆畫順序排列(另附《道藏子目索引部首檢字》和《道藏子目索引音序檢字》)，著錄了該種經書在《五種版本道藏經書子目聯合目錄》中的編號以及三家本的冊、頁數。
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