1520年3月31日，麥哲倫艦隊來到了南美洲的聖胡利安港。
天氣越來越冷，這裡荒無人煙，麥哲倫雖然急於尋找通往太平洋的海峽，但不得不停下來休整。
一個月前，船員們捕捉了大量的企鵝和海象，屠宰醃製好了。現在，聖胡利安港還有很多魚可以捕撈，按道理說應該不至於缺少食物。但是，謹慎的麥哲倫怕出意外，還是減少了水手的食物配給。
這讓所有人滿腹怨言，水手們不知道要航向何處，也不知道還要花多少時間，他們甚至不知道自己還能活幾天。所以，縮減口糧的事情，點燃了他們積攢起來的怒火。
一部分人開始抗議，他們認為麥哲倫苦苦尋找的「海峽」並不存在，一直朝西走根本無法達到東方，這一趟航行註定徒勞無功。所以，與其在這裡冒險，還不如打道回府。尤其是躲在港口無所事事的生活，讓船員開始憤怒，有些人甚至計劃殺死麥哲倫。
其實，抱怨麥哲倫的不僅是普通水手，還有船長們。整個艦隊一共有5艘船，麥哲倫指揮旗艦，另外4艘船都有一位船長指揮。
1520年4月1日復活節，麥哲倫計劃上岸做彌撒，順便和幾位船長見見面，他意識到了現在「軍心不穩」。可尷尬的是，除了維多利亞號船長路易斯·德·緬多薩，其它船長都沒來。麥哲倫壓住火氣問怎麼回事，緬多薩回答說：「他們可能生病了。」
這樣的理由太假了，麥哲倫假裝無所謂，但心裡已經明白，船長們也已經計劃反叛他了。
現在，除了麥哲倫和「聖安東尼奧號」的船長梅斯塔基（麥哲倫的表親）之外，其他三位船長確實正在密謀，準備當晚就動手。
麥哲倫本來毫無希望，但他的運氣太好了。
其他幾位船長正在讓心腹水手乘坐小艇，往來於幾艘船之間，協調反叛的事情。結果，天色暗下來以後，幾個傳遞消息的水手在湍急的水流中迷失了方向，上了麥哲倫的旗艦。麥哲倫心中暗喜，趕緊好酒好肉招待了他們，在一番語重心長的勸說之後，這幾個水手表示要「棄暗投明」，把船長們的反叛計劃都說了出來。
麥哲倫這才知道，其他三艘船的船長，可能隨時強行登船，逮捕並處死麥哲倫。
當天深夜，忠於麥哲倫的「聖安東尼奧號」首先遭到了襲擊。叛亂船長帶領水手偷偷登上這艘船，囚禁了船長，將這艘船控制住了。但另一個特殊情況是，「聖地牙哥號」的船長胡安·賽拉諾決定保持中立。
第二天一大早，聖安東尼奧號就通知了麥哲倫，他們不再遵從麥哲倫的指令了。麥哲倫還在想辦法，他不認為其他船長會殺死他，因為這種叛亂會遭到極其嚴厲的懲罰。
果然，叛亂首腦、「康塞普西翁號」船長凱賽達，就讓人送來了一封信。信中表示，他們僅僅希望麥哲倫對待船員不要這麼苛刻，並且能帶領艦隊返回西班牙——只要麥哲倫答應，他們依然會忠於麥哲倫。
提高船員的待遇沒問題，但是打道回府就不行了。麥哲倫押上了自己後半生的一切，要麼死在路上，要麼帶著香料回家，沒有第三種打算。所以，他不可能答應叛亂者。
但是，為了平定叛亂，他還是回復了凱賽達，自己願意前往「聖安東尼奧號」上談判。
這是麥哲倫的緩兵之計，他真正的計劃也已經展開了。
麥哲倫派出忠於自己的5名船員，前往「維多利亞號」送信。「維多利亞號」船長緬多薩自以為大事已成，邊看信邊嘲笑麥哲倫——萬萬沒想到，麥哲倫手下的糾察長瞬間衝了上去，一刀結果了緬多薩。
「維多利亞號」上的其他水手都看呆了，發現船長已經死了，於是紛紛投降，表示自己是被逼的。
另一方面，麥哲倫也聯繫了保持中立的「聖地牙哥號」船長賽拉諾，讓他支持自己的「平叛行動」。
麥哲倫轉危為安，他控制了3艘船，逆轉了形勢。現在，怎麼用最低的代價控制剩下的兩艘船，就成了問題。尤其是「康塞普西翁號」上的叛亂首腦凱賽達，是一定不會投降的，說不定會有一場惡戰。
麥哲倫用了一個計謀，當天晚上他派了一名水手，趁夜色劃小艇偷偷接近「康塞普西翁號」，割斷了它固定船錨的纜繩。不知不覺中，「康塞普西翁號」順著水流開始漂向麥哲倫的旗艦，越來越近……
等到船上的叛亂分子發現，已經太晚了。
他們只能選擇開戰或者投降，船長凱賽達穿上盔甲，要戰鬥到底，但是水手們都很猶豫。麥哲倫趁機讓旗艦開炮，把叛亂水手嚇得都躲了起來。
然後，麥哲倫果斷命令船員用抓鉤把「康塞普西翁號」拉了過來，一大群武裝水手登上了甲板，把凱賽達抓住了。
控制了4艘船之後，最後的「聖安東尼奧號」船長只能乖乖投降，麥哲倫成功平定了叛亂。
通過審判，有40名船員被判處死刑。但是，麥哲倫失去這些水手將對未來的航行造成重大影響，所以他慷慨的赦免了這些人，罰他們在船上做苦役。
凱賽達沒有被赦免，麥哲倫命人砍下了他的腦袋，以此警示所有船員。整個平叛行動真是驚險刺激，如果凱賽達等叛亂水手真的成功了，麥哲倫艦隊就會回到西班牙，不能完成首次環球航行了。