1997年7月，塞爾維亞總統米洛舍維奇因任期到期無法連任，於是轉而競選南斯拉夫聯邦共和國總統。米洛舍維奇成功當選後實行的政策是全體塞爾維亞人生活在一個統一的國家，即在那些獨立的國家中，塞族人要有民族自決權。
這一政策導致民族混居的地區產生衝突，被反對者批評為大塞爾維亞主義。克羅埃西亞和波赫的塞族人則受到鼓舞，意圖通過武力手段要求建立塞族自治區，從而引發克羅埃西亞戰爭和波赫戰爭。一時間，有著歐洲火藥桶之稱的巴爾幹半島再一次被點燃了。
1991年6月，克羅埃西亞宣布獨立後，境內塞爾維亞族三大區也先後宣布獨立，並於當年12月成立了塞爾維亞克拉伊納共和國，土地面積約佔克羅埃西亞國土面積的三分之一，這對年輕的克羅埃西亞共和國來說無疑是一個嚴峻挑戰。
一開始，克羅埃西亞軍隊攻勢兇猛，塞族軍隊難以招架。1991年9月中旬，南斯拉夫軍隊為了保護塞族自治區，增援部隊陸續進入克羅埃西亞境內，雙方交火不斷。一直到1995年8月，克羅埃西亞實行風暴行動，終於使克羅埃西亞戰爭進入了尾聲。
戰鬥打響的當天，克羅埃西亞軍隊遭遇，塞族軍隊頑強抵抗，傷亡慘重，但克軍很快突破塞族後勤供應線，塞族軍隊全線潰退，最終克羅埃西亞獲勝，並重新控制了大部分被塞族佔領的領土。同樣是解體後民族問題的戰爭，幾乎同時期的波赫戰爭卻更加混亂和殘酷。
波赫是前南斯拉夫聯邦的六個共和國之一，位於南聯邦的中部，面積5.1萬多平方公裡，人口436萬。波赫是一個信奉不同宗教的、不同民族混居的共和國，信奉東正教的塞爾維亞族佔總人口的32%，信奉天主教的克羅埃西亞族佔18.4%，最大的人口集團是信奉伊斯蘭教的穆斯林族，佔總人口的39.5%。長期以來，這三大民族充滿矛盾積怨甚深。
南斯拉夫解體之後，波赫的穆斯林族和克羅埃西亞族一心想從聯邦國家中獨立出去，對此塞族人堅決反對，塞族主張建立鬆散的聯邦制國家，並要求自己有權和塞爾維亞共和國結為聯邦。1992年3月3，波赫共和國的穆斯林族和克羅埃西亞族的議員在塞族議員反對的情況下，宣布波赫獨立。
這國家一獨立就涉及到了分家產的問題，克族和穆族想分地盤自治甚至獨立，而塞族想一個人做老大，於是就打了起來。3月下旬，波赫穆斯林武裝與塞族的後盾南斯拉夫人民軍展開了激戰。正當戰火在波赫境內蔓延之際，歐共體國家和美國於4月6號和7號，宣布承認波赫共和國為獨立主權國家。
這無疑是給波赫局勢火上澆油，使波赫內戰驟然升級之後，波赫境內的五個塞族自治區隨即宣布成立波赫塞爾維亞共和國，脫離波赫獨立，以獨立對獨立大有魚死網破之勢。一開始克族和穆族聯合起來打塞族，按道理他們三方也折騰不出大動靜，打幾個月糧草耗盡，也就不得不坐下來談判。
但是塞族有國外的支持，比如塞爾維亞與蒙特內哥羅，於是二打一很快變成了一打二，而且大有打不過的架勢，因為不久之後再足就佔了全波赫70%的土地。看著克族在波赫被人虐，已經獨立出去的克羅埃西亞不能坐視不管吧，於是派兵到波赫幫忙。一夜之間，波赫數10萬人拿起武器混戰在這塊土地上，鄰裡街坊兵器相見，和睦家庭夫妻反目、家破人亡。
波赫人自己也不曾料到，他們中的許多人會離開祖祖輩輩繁衍生息的家園，
流落異鄉他國。一開始，戰火從波赫首都塞拉耶佛燃起，接著向東部、北部、東北部、西部、西南部地區蔓延開來。不到三個月，戰火就遍及了波赫85%的地區。交戰雙方在波赫大大小小几十個戰場上展開了一場爭奪控制區的激烈而殘酷的大混戰。
1992年6月，各方兵力總計達50萬。在城池爭奪戰中，塞拉耶佛的爭奪最激烈、持續時間最長，戰鬥最為殘酷，人員物資損失也最為慘重，炮彈、子彈像雨點般射向室內的每個角落，塞拉耶佛淹沒在濃濃的硝煙和火海中。
塞族由於得到南斯拉夫聯邦共和國的支持，加之前參戰部隊中有4萬是前南人民軍，1992年5月撤離時留下的波赫及塞族官兵，裝備有坦克、大炮、飛機等重武器，所以塞族在軍事上佔有明顯優勢，最終塞族以有利的地形、更加精良的武器優勢兵力，控制了進出塞拉耶佛要道和塞拉耶佛機場，從此塞拉耶佛便處於塞族武裝力量的圍困之中。為打破塞族的圍困，穆斯林發動了無數次的反圍攻勢，企圖重新控制該市。為結束圍困，國際社會也做出了不少的努力。
在三方中艱苦的調節，諷刺的是，調節的主角正是那些為波赫內戰推波助瀾的西方國家，但最終國際社會的斡旋沒有起到任何作用。1992年，在塞族武裝節節勝利下，穆斯林和克羅埃西亞兩族互相埋怨，穆克兩族的聯盟關係破裂，雙方交戰的戰場瞬間變成了第三方混戰。在這段混戰的日子裡，發生了影響惡劣的斯雷布雷尼察大屠殺。塞族人到斯雷布雷尼察這個穆斯林聚集區，把裡面的男性穆斯林趕盡殺絕了，婦女兒童也受盡了凌辱。
1993年5月6日，塞拉耶佛已經被圍困長達一年了。這一天，聯合國安理會在波赫建立塞拉耶佛、比哈奇等六個安全區，聯合國維和部隊進入塞拉耶佛，那些處於圍城中的居民缺水、缺糧、缺醫少藥。現在靠著聯合國部隊運來的人道主義救援物資才能夠勉強度日。
這座飽經戰火的歷史名城早已經失去了歷史的光澤，市內80%的建築物被毀，名勝古蹟彈痕累累，成了殘垣斷壁，昔日的公園和校園的空地成了埋葬死難者的墓地。塞拉耶佛的一切還僅僅是波赫內戰的縮影而已，戰爭的殘酷遠比這個城市所遭受的傷痛來得更為慘烈。
1994年2月5日，在波赫首府塞拉耶佛，一顆炮彈在市中心菜市場的人群中爆炸，許多人當場被炸得身首分離、血肉橫飛，68人被炸死200多人受傷。慘案發生後，波赫穆斯林族和塞族領導人都互相指責對方屠殺無辜平民。這一事件後，聯合國安理會正式授權以美國為首的北約開始空襲，同時克羅埃西亞族和穆斯林族再度結成同盟。94年3月，波赫戰場由三方混戰重新回到了兩軍對壘的狀態。4月10號，北約開始轟炸塞族陣地，打開了持續一年來的空中打擊的序幕。
北約的目的十分明確，削減塞族的軍事力量，讓交戰雙方轉移到談判桌上來。交戰雙方處於焦灼狀態之時，為了迫使塞蘇接受西方提出的談判條件，北約制定了一個絕密的空中打擊計劃。1995年8月30日凌晨，北約以塞拉耶佛遭炮擊為由，出動3400餘架飛機對波赫塞族陣地實施空中突擊，並發射十三枚戰斧式巡航飛彈。兩周後，波赫塞族的指揮控制通信系統完全陷入癱瘓，塞軍近百分之四十的炸藥庫被摧毀，塞族領導人被迫回到談判桌。
1995年11月21日，在美國俄亥俄州代頓市的一個空軍基地，南聯盟塞爾維亞、波赫、克羅埃西亞三國總統達成波赫和平框架協議，持續了3年零9個月的波赫內戰結束。波赫戰爭造成了27.8萬人死亡，200多萬人淪為難民。戰火雖然被撲滅了，但是由於民族矛盾尖銳複雜，協議也存在缺陷，和平還很脆弱。可以說時至今日，波赫地區仍然處於緊張狀態。