公元前99年被漢武帝誤以為將軍李陵投降匈奴，盛怒之下將李陵全家處死。太史令司馬遷為了寬慰皇帝，也是為了救李陵家人的姓名，就說李陵有可能是詐降，將來有機會還會回來的。結果漢武帝勃然大怒，將司馬遷下獄，並定下了「腐刑」，也就是宮刑。
一般人認為，「腐刑」是對臣子冒犯皇帝的特殊處罰，但是這裡面存在諸多的疑點。
首先，漢朝早在文帝在位時期就廢除了摧殘人身體的肉刑，所謂肉刑是古代諸多酷刑的總稱，比如割鼻子、砍手腳等，在漢文帝時期，臨淄人淳于意犯罪，將處以肉刑，淳于意的小女兒緹縈上書漢文帝，稱父親如果受了肉刑重者身死，那麼肉刑和死刑無異，就算是勉強苟活，也是個廢人，形同行屍走肉，自己願意入宮為奴婢，替父受過。漢文帝看到緹縈的上書後大為感動，很快下令廢除肉刑。「腐刑」作為肉刑的一種，沒有理由因為司馬遷而恢復。
其次，對於言語冒犯皇帝的，處罰手段是很多的，如撻刑，就是打板子，流放，貶職等等，漢武帝作為一個英明神武的皇帝，不可能對這些刑罰都不知道，而且「腐刑」確實定罪過重，後世的人都對此憤憤不平，還一度成為漢武帝暴虐的罪證。司馬光還評價漢武帝「有亡秦之失，而無亡秦之過」。
那麼漢武帝為什麼要對司馬遷嚴肅處理，還是最陰損的宮刑呢？小編從史書裡翻到一些蛛絲馬跡。
原來，在西漢之前，官員的職務都是世襲的，包括史官也是如此。在《史記·太史公自序》中，司馬遷就說了：司馬氏世典周史。歷史傳統造就歷史影響力，比如中國傳統的家長制，哪怕到現代社會，提倡人人平等，一個家族裡依然存在家長制的殘餘。所以，司馬遷家族很有可能從周朝到漢朝一直都是史官，已經形成了強大勢力，這股勢力是漢武帝必須重視的。
史官看似既沒有武力，也沒有朝中的影響力，但是他掌握了對前人的評價權，史學家只要稍微動動筆，一個人後世的評價、地位可就不同了。漢武帝對此還是非常忌憚的，他是一代雄主，肯定不希望後代對他的作為有所微詞，但對史官他又掌控不了，所以必須在活著的時候，給史官一些顏色看看，讓他們知道皇權的力量。
再者，和後世的史官不同，在司馬遷所處的時代，帝王將相是無權看史書的，因為這關係到史書的嚴謹性，否則帝王將相只要看了史書一定想修改，那歷史就不客觀了。比如春秋時期，齊國有個權臣崔杼弒君，史官記載「某年某月，崔杼弒其君」，崔杼一怒之下把史官殺了，而史官是世襲的，又傳給了他弟弟，他弟弟繼續寫「某年某月，崔杼弒其君」，崔杼又殺了他弟弟，接著史官又一個弟弟繼承史官，繼續寫「某年某月，崔杼弒其君」，最終崔杼也無可奈何。
所以綜合上面的史料，我們可以得出一個推論，漢武帝把司馬遷處以宮刑，實際上是要一舉剷除史官的世襲制度，從根本上來說，還是為了加強中央集權，意思是我讓你斷子絕孫，看你怎麼世襲。
後來果然如漢武帝所料，後世的史官都是朝廷任命的，自然要聽皇帝的話，所以越往後期，史書越不客觀，經常是抹黑前朝，美化本朝，皇帝的目的達到了，可我們再也看不到一個客觀公正的歷史了。