南海諸島包括東沙群島、西沙群島 、中沙群島和南沙群島。自古就是中國領土不可分割的一部分。
中國漢代、南北朝時稱為漲海、沸海。早在兩漢時期，漢武帝在地處南海海域的海南島置珠崖、儋耳二郡。西漢伏波將軍馬援在南徵交趾過程中到過西沙群島，東漢人楊孚著《異物志》，對當時或以前中國人對南海及南海諸島的認識做了原始性的地理記載。此後歷朝歷代都對南海行使主權。直至清代逐漸改稱南海。清朝前期和中期基本沿襲明制不變。至清明後期，東沙群島歸屬惠州管轄。西沙群島、南沙群島、中沙群島仍由海南的萬州管轄。自此南海諸島分屬於不同的兩個州級地方行政機構管轄。
載於明代茅元儀《武備志》卷二百四十的《鄭和航海圖》。圖下方「石星石塘」為今東沙環礁，「石塘」為今西沙群島。
自日本在甲午戰爭中戰勝清朝、取得臺灣後，開始積極建設基隆等臺灣海港，並把目光投向更南方的廣闊海洋。日本神戶商人西澤吉次看到殖民政府在臺進行基礎建設需要水泥的商機，便從日本運載水泥至臺灣販賣，同時把臺灣物產運回日本，藉由日臺間的貿易，西澤商會的業務蒸蒸日上。
1902年，西澤商會的商船在從神戶前往基隆的途中遭遇颱風，船舶意外漂流至無人島（即東沙島）。西澤發現，島上砂石色澤奇特，經化驗後竟富含磷礦，可提煉為化肥轉賣農民。到了1906年，西澤再次前往東沙島，經過10餘天的調研，終於掌握了東沙島的物產情況、航線及相關島嶼位置。自1907年起，西澤大舉招募工人前往開發東沙島，不僅拆毀原先中國籍漁民所建的天后廟、宗祠、寮舍、碑石，並把島上中國漁民的祖墳百餘座掘開，取骸骨焚化後推入海水中，後陸續開鑿水井，建設了碼頭、輕便鐵道、電話線、宿舍餐廳、製冰機、冶磷工廠、倉庫等設施，甚至豎立起日本國旗，聲稱該島為「無主地」，將東沙島命名為「西澤島」、東砂礁命名為「西澤礁」。
西澤在東沙島的大規模開發，馬上引起了兩江總督兼南洋大臣端方的注意，他立即上報外務部（前身為總理各國事務衙門，辛亥革命後為中華民國外交部）。外務部隨即電告兩廣總督張人駿，令其查明日本侵佔東沙島情況，並責令南洋大臣遣船艦至該地調查。後由總理南北洋海軍兼廣東水師提督薩鎮冰派黃鐘瑛率飛鷹艦抵東沙島調查，黃鐘瑛呈報：
蒲拉他士島（Pratas Islands，日文名プラタス諸島），即土名之東沙。查該島日人改名為西澤島，豎有木牌一面曰明治四十年（1907年）有八立。島上並無中國居民，只有日本男女百餘人，蓋屋居住，並僱有小工50餘名，結廬為居，均繫於前年八月到此。……中國漁民前建之天后廟，日人來時已被毀去，以圖滅跡。聞有漁船到此，日均驅逐離島，所有輪艇船隻，均由臺灣到此。
然而，當張人駿於1909年2月以收集到的情況正式照會日本駐粵領事瀨川淺之進時，日方認為島上神廟已拆、墳墓已毀，缺乏物證，且日本深知中國志書只詳陸地之事，對海中諸島諸多疏漏，故堅持索要地方志書等證據，才能證明該島究竟屬於中國何官何營的轄境、不屬日本。所幸最終在清朝官員王之春的《國朝柔遠記》、以及福州船政後學堂第四屆駕駛班畢業生陳壽彭譯著的《新譯中國江海險要圖志》中發現，記載該島屬於廣東省管轄。尤其是《新譯中國江海險要圖志》是陳壽彭譯自英國海軍海道測量局出版的《The China sea directory》一書，其所記載「蒲拉他士島」經緯度準確，與《國朝柔遠記》所載的東沙方位一致，成為日方交涉的有力證據。
《國朝柔遠記》（又稱《清朝柔遠記》）中的廣東沿海地區及香港島、九龍、將軍澳地圖。
日方於理有虧，見張人駿證據充足、態度強硬，便承認東沙島為中方領土，卻又轉稱日商投入甚多，若清廷堅持收回島嶼，需負擔賠償建設費用。由於當時發生「二辰丸事件」，激起中國人民的民族主義，各地先後發起抵制日本商品、貨物的運動，清廷外務部為儘快解決爭端、避免抵制日貨風潮愈演愈烈，最後同意中日共同派員至東沙島探勘，估算日商西澤商社各項建設費用，由廣東出資購買；被毀壞的廟宇、中國籍漁民損失，以及在東沙島採集物產應補稅額，則由西澤吉次承擔。終中方出資廣東毫銀13萬元的價格收回東沙島。
後由新任兩廣總督袁樹勳與日本駐廣州總領事正式籤訂了收回東沙島的條款，並撤去「西澤島」標柱。迨中方人員上島後，點收各屋宇物業，並於1909年10月19日升起大清黃龍旗，同時由廣海號鳴炮21響慶賀。據稱，當時已升任兩江總督兼南洋大臣的張人駿聞此消息還感嘆：「此謂我大清國第一次從列強手中收回自己的領土」。翌年7月，清廷成立「管理東沙島委員會」，任命候補知府蔡康為主任委員，勘查東沙島海域的地形、地質與物產，並以東沙島為基點，派兵駐守、增派船艦巡弋，防止日人再次擅自登島。民國成立後，才由國民政府於1926年7月，將其定名為「東沙群島」（Dongsha Islands），沿用迄今。
過往被認為積弱不振的滿清政府，竟然可以虎口拔牙，將遭佔據的東沙島從日本手上奪回，儘管付出了廣東毫銀13萬元的代價，但總算是維護了領土與主權完整。