宋哲元與蕭振瀛的決裂對29軍的命運產生了重要影響。
宋哲元與蕭振瀛決裂之因
29軍從察哈爾邊僻之地一舉翻盤進佔河北，建立了獨立王國。實力大增之際，內部矛盾和鬥爭也日漸開始浮上檯面。
最嚴重的，是宋哲元與蕭振瀛之間的矛盾。
作為29軍能夠成立出力最多作用最大的元老和核心智囊，蕭振瀛在29軍的中地位足可與宋哲元匹敵。據秦德純回憶：「蕭在軍中，手面也很大，跟將領們拜把子，拉關係，因此宋頗不滿。一般帶兵將領就怕自己的隊伍被別人拉走。宋當然不能例外。」
手下不與自己一條心，有與自己對軍隊的影響力向匹敵的人是軍閥的大忌，宋哲元與此也概莫能外。
雙方的政見之爭也越發激烈。據蕭振瀛回憶，宋哲元出任冀察政務委員會委員長後，「日寇在周密策劃下，一面由日酋向宋哲元威脅利誘，力言日本全力支持宋武力統一中國，一面指使漢奸潘毓桂、張壁、齊燮元、邊守靖、齊協民等以酬宴、打牌天天包圍宋哲元，遊說反蔣，煽惑獨立，讒言餘為蔣效命以自重，挑撥離間宋與餘之誼；及指使陳覺生、張允榮等迭造謠言，製造混亂，對餘進行誣衊攻擊。」
宋哲元的態度一天天轉向親日反蔣。
如果說蕭振瀛是當事人，證詞未必儘是事實的話，當時身在北平，以醫術聞名而專為高層治病的日籍醫師矢原謙吉也記載，宋哲元的心腹幕僚常小川、鄭道儒等人也「屢於宋明軒前，諷其寧為趙匡胤，勿為曾國藩。」
而蕭振瀛作為29軍的對外聯絡人，特別是與南京政府聯絡的第一中間人，是持堅定的「擁蔣抗日」態度的。
兩方面的因素交織，宋蕭分裂已經不可避免。
蕭振瀛回憶，冀察政務委員會成立後，一次蕭歸北平出席政務會議，「秦德純深夜至餘寓，曰：『宋將任齊燮元為冀察政務委員會委員，宋雲此事兄必反對，然其已語齊矣；現齊等終日在方城戰中向宋鼓吹反蔣獨立，武力統一中國，實堪憂慮。』又曰：『此為日本所指使也，據聞，齊等曾向宋雲，兄究為宋，抑為蔣，以兄是否堅持擁蔣，證之可也。』」
次日，蕭振灜就去找宋哲元，表示堅決反對齊燮元進入「冀察政務委員會」，他說：「齊固旗幟鮮明之倒蔣叛國軍閥，何能開門揖盜？」
宋哲元則說：「其來，亦未能有何作用，知汝必反對，然我已許之矣。」蕭振瀛毫不猶豫以辭職抵制，曰：「餘實羞與其伍，其來，餘當走。」宋哲元沒有馬上撕破，而是退了一步：「何如是言，容再議。」
決裂的萬幸：蕭振瀛阻止宋哲元參與兩廣事變
真正形成考驗的還是在1936年6月。
如之前的《重讀抗戰》所寫，在明打著「反蔣抗日」口號鬧出一出聯日反蔣的兩廣軍閥搞出「兩廣事變」，實則在日本的幕後推動下與各地方實力派都有聯繫。宋哲元也不例外。
蕭振瀛回憶，那是在「兩廣事變」發生以後，宋哲元令他到北平來，對他說，「決定討蔣。」，蕭問他為什麼要這樣做，宋說「日本已答允只供武器、錢款，不派顧問，現韓復榘、兩廣、西南均已決定討蔣，唯汝一人尚異議耳。」可謂圖窮匕見。
蕭振瀛強烈反對，稱「吾等受蔣栽培，方有今日；更大敵當前，日寇必欲亡我，吾等欲救國救民，只能擁蔣抗日，此為中國今日唯一前途；內戰禍國殃民，一旦起事，全國軍民，其孰從之；餘首當自裁以謝國人。」
宋哲元聽了蕭振灜的話勃然大怒，終於將心裡話說出來：「汝不我聽，孰敢不聽。無怪有人謂汝聽蔣而不吾聽也！」蕭振灜痛心疾首地說：「既如此當自裁，以全兄弟之義。」說了拔出手槍就要自殺，宋哲元趕緊搶過手槍，二人均放聲痛哭，談話不歡而散。
雙方既然已經攤牌，合作也就無法維持，據秦德純回憶，當時宋哲元曾對他談起，要免掉蕭振灜的天津市市長職務，秦問：「蕭的出處怎麼安排？」宋說：「要他出國看看好了。」
1936年6月17日，蕭振灜的天津市市長被免。但在蕭振瀛離開華北前，還是辦了一件對29軍和宋哲元影響深遠的事。
兩廣事變起，韓復榘邀宋哲元會晤於泊頭車站，商定第一步立於中立，第二步參加討蔣，商定後，由何其鞏起草電報，向南京政府通電中立。蔣介石接電報後電詢蕭振瀛，蕭振瀛聞訊後安排阻止了韓復榘、兩廣的代表與宋哲元的會晤。阻止了宋哲元參與兩廣聯日倒蔣的謀劃。
隨後蕭振瀛不得不離開華北，隨後出國考察。
內部分裂，驅逐了主張擁蔣抗日的蕭振瀛後，宋哲元還明確與日本表示友好，對日方的某些要求作出讓步。宋哲元在就職時發表書面談話說：「冀察兩省，與日本有特殊關係。」此後又與日本華北駐屯軍訂立了《華北中日防共協定》，並與日本華北駐屯軍司令官田代商定了所謂華北經濟提攜的「四原則，八要項。」在傾向上倒向親日的去向更加明顯，也就是在這個狀態下，29軍迎來了七七事變。
與國民黨各個地方實力派一樣，如何處理與蔣介石南京政府的關係，在紛亂局勢中確保生存和發言權，是他們共同要面對的難題。宋哲元與深處西南邊陲的龍雲、劉湘等不同，處於日本侵華的第一線華北，而且剛剛在中原大戰中敗北，地位十分不穩。可以說，是日蔣矛盾將宋哲元推上了對日交涉前沿的位置。華北事變時宋哲元一改宣揚抗日的強硬態度，主政冀察，「這是一個地方實力派人物爭取生存和自保的行為，與日本的侵略陰謀無關」，他「只是想利用日蔣矛盾以自保」，當主政冀察，成為日本「現地交涉」的直接對象後，宋哲元在對日處置中仍然要面對日、蔣、己三角關係。
蔣介石南京政府對宋哲元有兩種制約，一是中央對日政策的制約，二是對地方實力派政策的制約。如此，使宋哲元的對日處置夾雜了內外兩重因素，充滿了複雜性，有時甚至撲朔迷離，一段時期內表現得相當暖昧，甚至有親日的選擇。這種情形實際上是九一八事變至長城抗戰後日中關係之間戰和不定的「暖昧不明」的特殊狀態決定的。