魏晉南北朝初期以匈奴，鮮卑，羯，氐，羌為代表的五胡亂華使北方捲入了黑暗動亂，五大胡族各有各的精彩，匈奴建立了前趙，北涼，夏三國；鮮卑建立了前燕，後燕，西秦，南涼，南燕五國；羯建立了後趙；蜀國建立了成漢，前秦，後涼三國；羌建立了後秦；北方漢人建立了前涼，西涼，北燕。
前秦千古一帝苻堅經過戰亂紛爭最終統一北方，但最後遺憾敗給了東晉，強大的前秦終究只是曇花一現。
苻堅死後，北方又陷入混亂，北魏異軍突起，徹底統一北方，孝文帝改革幫助北魏鞏固政權，北方終於結束了五胡十六國的混亂，迎來了罕見的和平。
南方漢人政權割據一隅，出現了東晉，劉宋，蕭齊，蕭梁以及陳五個小朝廷。小朝廷胸無大志，雖屢有北伐之舉，但奈何政壇的腐敗墮落讓南方統一全國終究成為水月鏡花的一場夢。
你方唱罷我登場，在這個大爭之世，梟雄四起，賊禍紛亂，平民百姓死傷無數，神州陸沉。曾經輝煌的漢文明陷入了長久持續的動亂，中原人口急劇減少，北方胡亂地區的人民賣兒賣女，胡人殘殺漢人無數，手段極其暴虐，甚至出現了人吃人的景象。這一切的一切，都要從那場著名的八王之亂說起。
晉武帝統一天下後，中原迎來了一段太平盛世。但好景不長，晉武帝的繼承人——晉惠帝，竟然天生有智力缺陷。通過賄賂考試，先生代替他考試，晉惠帝成功通過了父親的選拔，這對於他個人而說是幸運的，但對黎民蒼生來說是不幸的。
由於晉惠帝痴傻不諳世事，他的皇后賈南風便利用他這個特點漸漸掌控了朝政，獨領朝綱，重用一些油尖嘴滑的小人。為了獲得自己的利益，這些佞臣挑撥宗室與皇族的關係，使皇族與宗室的矛盾日益加深。在奸臣的挑撥下，賈南風利用手中權力大肆濫殺無辜的宗室大臣及其親族。最終，西晉宗室忍無可忍，以趙王司馬倫為首發動了八王之亂。
八王之亂興起後，中央內宗室互相屠殺，亂成一團，國家的兵力也向內部傾斜，這讓在東漢時已經內遷的胡人找到了謀反作亂的契機。藉助八王之亂，氐族在四川的一支重要分支——巴氐首領李雄稱帝，建立了成漢。有漢室血統的匈奴人劉淵也抓住機會，聯結起當時居住在并州的匈奴各部，並與當時中央的成都王聯絡，依靠著成都王司馬穎的力量，暗中壯大自己的勢力。
終於，在成都王被擊敗後，劉淵趁機脫離成都王，尊劉禪為孝懷帝，改年號為元熙建立漢國。後世稱其建立的國家為前趙，又名趙漢。劉淵在其子劉聰和大將石勒的幫助下，迅速擴張地盤，搶掠關東各州。
公元310年，劉淵去世，劉聰弒兄劉 和登基，繼續重用大將石勒擴張地盤。石勒趁晉軍內亂而襲擊晉軍精銳，隨後又兵取洛陽，殺害晉懷帝，創造了歷史上著名的永嘉之禍。六年後，晉愍帝在長安繼大統。但晉愍帝不堪大用，委身的帝都長安很快就被劉聰攻破，身死國滅。
至此，西晉徹底滅亡。西晉鎮守邊關的邊將紛紛自立，早在西晉還未滅亡時，西晉太守張軌便自封為西平公，建立了前涼。西晉滅亡的前一年，鮮卑人拓跋猗盧建立代國，代國最終定都於雲中即今天的大同，代國雖然國家滅亡，但其滅亡後的一支宗室獨立建國，最終建立了終結五胡十六國割據亂戰局面的北魏，在北方實現了大一統。
沒過了幾年，前趙大將石勒背叛，獨自建國，在前趙北方領土上建立了後趙。後趙憑藉石勒強大的軍事能力攻滅前趙。而與此同時，鮮卑人的另一支——慕容氏趁著中原內亂，割據遼東，在今天遼東地區建立了燕國，史稱前燕。
恰此之時，東晉赫赫有名的將領桓溫滅掉了成漢，震懾了東晉朝野。其後一年，北方劇變，後趙政權被石虎養孫石閔奪權，石閔宣布自立為帝，建國冉魏。
石閔上臺後，出於先前政變時胡人與自己不是一條心切政變後急欲穩固政權的考慮，頒布了臭名昭著的殺胡令，讓很多胡人漢人平民百姓紛紛遇難。此時遼東慕容氏已經崛起，前燕勢力不斷擴大，由於冉魏不得人心，前燕不久即在戰爭中殺死了冉閔，以摧枯拉朽之勢滅掉冉魏。
前燕的勢力迅速擴大，但就在其志得意滿之際，以氐人為主的前秦政權趁著後趙內亂悄悄出現。在淝水之戰大敗的前秦君主符堅其實是一位非常有作為的君王，他崇尚儒學，重用漢人臣子王猛，緩和胡漢矛盾，對內推行改革，把原來部落的一些權力收歸中央，獎勵農耕，發展經濟，國家很快強大起來。憑藉著王猛的輔佐符堅滅掉了前燕，攫取了關東地區及北方大部分領土。其後又在6年內，相繼攻滅前仇池國，代國，前涼等地方政權，最終實現了一統北方。
還未坐穩政權寶座卻已經膨脹了的符堅不顧心腹重臣的勸阻，恰逢王猛去世，前秦朝內再無能勸阻符堅之人，於是符堅貿然發動了淝水之戰。一場決定南北命運的戰爭就這樣開始了。似乎有冥冥天意作怪，符堅在戰爭中頭腦不冷靜，屢犯低級錯誤，最終號稱百萬大軍的前秦軍隊敗給了謝玄率領著8萬餘人的東晉北府軍。
此役徹底挫傷了前秦的軍事實力，也為暗中急欲擺脫前秦控制的少數民族提供了契機，趁著這個機會，各族紛紛獨立。淝水之戰後，前秦將領姚萇背叛主恩，建立了後秦，慕容皇族慕容泓也借戰亂東風建立了西燕。同為慕容家族的慕容垂自立為帝，建立了後燕，並在不久的將來滅掉西燕，成為了北方的霸主。
第二年，西燕軍隊聯合後秦軍隊攻陷長安，姚萇親手殺死了自己的恩人符堅，但做了壞事總要受到懲罰，即使是心理的懲罰。最終姚萇晚年不詳，常自言自語說能看到符堅的鬼魂前來索命，以致被活活嚇死。
前秦是第一個實現北方大一統的國家，在前秦滅亡後，北方迅速又進入了分亂割據的時代，直到拓跋鮮卑建立的北魏出現。
此時，北魏誕生了一個超級軍事天才——北魏太武帝拓跋燾，他僅用16年的時間就掃平了長時間盤踞在北方各大州互相徵伐的諸國，徹底統一了華北。在拓跋燾登基的第20年，北魏滅掉了後仇池，北方實現了統一。
至此，五胡十六國的時代已經悄然落幕，南北朝正式開始。據歷史學家估算，在五胡十六國的人口谷底時期，人口只有一開始的三成左右。