在他被逮捕和監禁在法國之前，知道他可能會被逮捕和處決，按照十八世紀早期英國自然神論派的傳統，潘恩寫了《理性時代》的第一部分，對有組織的「揭露」宗教的攻擊，結合了他在《聖經》中發現的許多不一致之處。但與此同時也有很多的史實證明潘恩是一個有神論者，因為託馬斯·潘恩在他很多的話語中都提到過，他相信上帝，並希望得到上帝的救贖。但是也有文字指出潘恩是一個無神論者，因為他不相信任何的教派。
關於他自己的宗教信仰，潘恩在《理性時代》中寫道:「我相信一個上帝，但現在不再相信；我希望過上幸福的生活。
我不相信猶太教會、羅馬教會、希臘教會、土耳其教會、新教教會或我所知的任何教會所宣稱的信條。我自己的思想就是我自己的教堂。所有國家教會機構，無論是猶太的、基督教的還是土耳其的，在我看來，都不過是人類的發明，是為了恐嚇和奴役人類，壟斷權力和利潤而建立的。
每當我們讀到淫穢的故事，淫蕩的放蕩，殘忍而曲折的處決，無情的報復，超過一半的聖經都充滿了這種報復，我們稱之為惡魔的話語比上帝的話語更加一致。這是一部邪惡的歷史，助長了人類的腐敗和殘暴；就我而言，我真誠地厭惡它，因為我厭惡一切殘酷的事情。」
雖然沒有證據表明潘恩本人是共濟會會員，但從法國回到美國後，他還寫了《共濟會起源隨筆》( 1803 - 1805 )，講述共濟會起源於古代德魯伊教。在這篇文章中，他說:「基督教是對太陽崇拜的戲仿，他們把一個叫基督的人放在太陽的位置，並支付他最初支付給太陽的崇拜」。帕恩死後，瑪格麗特·德·博納維爾於1810年發表了這篇文章，但她選擇省略其中某些批評基督教的段落，其中大部分是在1818年的一次印刷中恢復的。
雖然潘恩從未將自己描述為神論者，但確實寫了以下內容:「我提出的意見...最明確和最長久的信念是《聖經》，《聖經》是對世界的強加，人類的墮落，耶穌基督是上帝的兒子，他為了平息上帝的憤怒而死亡，以及通過這種奇怪的方式拯救，都是神話般的發明，是對全能者的智慧和力量的褻瀆；唯一真正的宗教是自然神論，我現在的意思是，相信一個上帝，模仿他的道德品質，或者實踐所謂的道德美德——只有在這一點上(就宗教而言)，我才寄託了我對未來幸福的所有希望。所以說我現在——上帝保佑我。」