1654年，中國福州府的黃檗山萬福寺住持隱元隆琦(1592-1673)，應邀攜弟子20餘人東渡扶桑，受到後來成為其弟子的妙心寺住持龍溪禪師，以及後水尾天皇和德川幕府的尊崇，於寬文元年（1661）5月在此建寺。
隱元生於福清的農戶家，21歲時去尋找外出的父親，在浙江北部遊歷，後在普陀山拜見觀音像而萌生出家之念，歷經坎坷，於46歲繼承師祖費隱的衣缽，成了黃檗山萬福寺(屬禪宗臨濟宗楊岐派)的住持，漸成一代名僧。
十九世紀初海上貿易興盛，日本長崎成了福建、浙江等地華僑集聚地，1624年起先後興建了興福寺、崇福寺和福濟寺三座具有明代風格的寺院(被稱為「三福寺」)。1649年，崇福寺二代住持圓寂，隱元弟子受邀來擔任住持，不料途中死於海難。
於是就恭請隱元親自赴日，初時隱元數度謝絕，後為對方誠意感動，63歲時攜帶弟子乘船自廈門來到長崎。其時江戶幕府實行鎖國政策，中國商人只能在指定區域(「唐人屋敷」)內居住。隱元因崇高聲望和日本僧人的疏通，不僅擔任崇福寺四代住持，並於翌年九月自長崎來到大阪普門寺。
1658年，隱元禪師被引薦給江戶的德川將軍，幕府當局為隱元的高僧氣度所折服，賜予約30萬平方米的用地，當地元老則慷慨捐出資金。隱元禪師出於對家鄉的摯愛，將新建寺院命名為黃檗山萬福寺，並完全依照家鄉寺院建構悉心營造。
萬福寺寺院總門前有兩口「龍目井」，東側有放生池，前面聳立著鬥拱木建築山門，上懸「萬福寺」匾額，為隱元所書寫。門前種植有四棵高大的松樹，樹幹挺直而枝葉茂盛。山門外有一立石，上刻有「不許葷酒入山門」七字，至今嚴守著中國傳來的「不殺生、不飲酒」的戒律。
寺院主建築呈中軸線排列，依次為天王殿、大雄寶殿、法堂、威德殿，兩邊各有鐘樓、鼓樓及其他廊廡建築，背靠滿目蒼翠的妙高峰和五雲峰。
天王殿建於1668年，大殿供奉彌勒佛像，是來自福建泉州的範道生(1635-1670)作品。範道生1660年受當時長崎福濟寺住持之邀來塑造佛像，後又被隱元請去為萬福寺造像，除彌勒佛外，天王韋馱和十八羅漢像乃至後來隱元的壽像等都出自他的妙手。
天王殿後的大雄寶殿，是一座宏大的重簷歇山頂建築，屋簷有些翹起，原本的朱漆現已褪落，前些年重大修繕時並未新施油彩，給人有古色蒼然和有厚重的歷史感。原先寺院內供奉本尊的殿堂，大抵稱作金堂或本堂，日本大多數寺院延承了隋唐的傳統，大雄寶殿的名稱約在明代時才成了禪寺中主殿的常用稱謂。
大雄寶殿內釋迦牟尼像下，有一碩大木魚。據日本《世界大百科事典》載：「承應年間(1652-1655)，黃檗禪來到日本時傳來木魚，以後廣泛用於禪、天台、淨土等各宗之間。」表明誦經用木魚是隱元等黃檗僧人傳到日本。在中國已消失的「魚梆」或「魚板」，在寺內依然留存且在使用，只是原物已經被敲得字跡模糊，日常所用是新制的。萬福寺魚板上刻有：「謹白大眾，生死事大，無常迅速，各宜覺醒，慎勿放逸。」在隱元制定的《黃檗清規》中規定：「各處更版巡更時，各打三下，念謹策己，復打六下。」
萬福寺各殿堂門楣和廊柱上，皆掛匾額對聯，有隱元所書的「一喝起風雲，祥光增法喜」，二代住持木庵所書的「氣岸乾坤大，心雄日月輝」，皆遒勁有力，生氣圓滿，這一景象在黃檗宗以外的日本寺院中難覓蹤影。
萬福寺內共有44面匾額和56對對聯，被日本定為國家重要文化財。自隱元以後一直到第十三代，萬福寺的住持均為中國人，念誦經文的發音據說也是中國話，不過大多來自浙江福建一帶。
萬福寺地處偏僻，得以遠離戰火和兵亂，並奇蹟般倖免於火災，整個寺院建築和雕塑、器物都得以完整的保存下來，所有的屋宇都是三百五十年前的原貌，其中的十七座建築被定為「國家重要文化財」。
隱元禪師在此擔任住持三年後，禪讓給弟子木庵，自己則隱退於竣工不久的松隱堂，但他仍然是寺院的最高核心。在他晚年，除潛心研究佛法外，還親自製定了影響深遠的《黃檗清規》，並撰寫了《松隱集》《松隱二集》《禪餘歌》《弘戒法儀》等多冊著述，將中國明代的禪林禮法和規矩完整地傳到了日本，使已處於停滯狀態的日本禪宗得以重振，其功績卓著之舉，稱之為中興日本禪宗之祖師，爾後所弘揚的臨濟正宗大法一脈傳承至今。
隱元禪師在日本創建的黃檗宗，與臨濟宗和曹洞宗並舉，形成了日本禪宗的三足鼎立之勢，興盛時宗門下的寺院達到上千座，現今仍有半數留存，萬福寺便是日本黃檗宗的大本山。
隱元禪師博學多才，除佛學外，還精通建築、醫藥、詩文和書法。此外，這裡還以被譽為高級茶代名詞的宇治茶原產地而聞名，日本江戶時代(1603-1867)初期，自中國傳來新的飲食形式「普茶料理」和新的飲茶方式「煎茶」，而這兩種新的元素都與黃檗山萬福寺有關。
隱元及其弟子將在中國已經普及的葉茶帶到日本，用沸水煮，在日本就被稱為「煎茶」，後在萬福寺修道僧人月海的竭力傳播下受到民眾喜愛，他61歲時在京都東山開設通仙亭，自備茶具在大路上賣茶，由此得名賣茶翁，以後又形成由「黃檗松風流」「花月流」等各種流派組成的「煎茶道」，奉賣茶翁為始祖。
1928年成立「全日本煎茶道聯盟」，總部即設在萬福寺，並在這一年建造了賣茶堂和有聲軒，前者是賣茶翁的紀念堂，十來平方的小屋裡供奉著賣茶翁塑像。鄰近的有聲軒，基本上是日本書院造的風格，頗為典雅，門楣上是萬福寺僧人弘道和尚書寫的「吃茶去」三個大字，源自唐代趙州和尚的公案，極有禪意。
隱元及弟子還帶來了嶄新的飲食形態。吃飯時有桌有凳，四人一桌圍桌而食；食物並不分開，盛在大碗中自由取食；食物種類豐富，烹調方式也與今日中國相似。
這種飲食後被稱為「普茶料理」，慢慢在黃檗宗寺院中傳開，並受到民眾歡迎，於是在寺院門外開出了一家「白雲庵」，專供中國素齋，如今的白雲庵粉牆黛瓦，花木扶疏，十分典雅。
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