漢武帝與衛太子的公開衝突，爆發於徵和二年，這就是巫蠱之獄。漢武帝時，巫蠱作為一種迷信活動，在宮廷內外都很流行。武帝元光五年（前130）廢陳皇后，張湯「治陳皇后巫蠱獄，深竟黨與」，「相連及誅者三百餘人」。
大規模的巫蠱之獄發生在徵和年間。其時公孫賀為丞相，賀子敬聲為太僕，父子被告使巫祀詛武帝，並於武帝經行馳道埋偶人。徵和二年（前91）正月，賀、敬聲俱死獄中。這時武帝臥病甘泉宮，水衡都尉江充建言巫蠱為祟，欲乘機陷害太子及皇后。武帝使江充為繡衣使者治巫蠱獄，江充率胡巫掘地求偶人，揚言得之於太子宮。太子使客詐為武帝詔捕斬江充，並發兵凡數萬眾以拒官軍。武帝命丞相劉屈氂與太子戰，並收衛皇后璽綬，衛皇后自殺。太子敗走湖縣（在今河南靈寶境），旋以被圍自盡。
據《漢書·江充傳》，江充曾為繡衣使者，「督三輔盜賊，禁察逾侈」。衛太子家使乘車馬行馳道中，江充以之屬吏，遂與太子有隙，恐太子得立對自己不利，乃引禍以陷太子。《傳》文說江充「奸訛」，「由疏陷親」，可能都是事實。但是規模這樣大的直接針對皇室至親的巫蠱之獄，除了出於江充個人恩怨之外，是否還有其他更重要的原因呢？
仔細研究過巫蠱之禍的人會發現被殺者中除劉屈氂以外，全部是衛氏家族人物，衛皇后及其子、女、媳、孫。衛皇后二女諸邑、陽石公主，徵和二年四月死在公孫賀一案中，而公孫賀一案即是衛太子巫蠱之獄的前奏。衛皇后的血親被殺而洪邁未錄者，還有姊衛君孺和弟子衛伉，以及外孫曹宗。衛皇后其他戚串，死者更多。據《漢書·外戚傳》說：巫蠱獄興，「衛氏悉滅」。可以說，公孫賀之獄與衛太子之獄，都是針對衛氏而發的，其目的是為了更換後宮和更換繼嗣，而更換繼嗣是更為主要的目的。
事端突起、頭緒紛繁的巫蠱之獄導致改換繼嗣的後果，而改換繼嗣又同衛太子「仁恕溫謹」和「守文」的秉賦頗有關係。
《通鑑》說到「群臣寬厚長者皆附太子，而深酷用法者皆毀之。邪臣多黨與，故太子譽少而毀多」。江充充當了深酷用法臣僚的代表，秉承武帝意旨，憑藉黨羽優勢，用非常手段摧毀以衛太子為代表的「守文」的政治勢力，這也許就是巫蠱之獄的實質。
朝廷紛爭，幾乎都與屠殺相伴，巫蠱之獄就是一場大屠殺。徵和四年輪臺之詔頒行後，屠殺又被用來作為一種既是為衛太子昭雪，也是為轉變統治政策掃清道路的重要手段。
據《漢書·武帝紀》以及劉屈氂、金日磾等傳，侍中僕射馬何羅（按即莽何羅）與江充善，巫蠱事件中馬何羅之弟馬通（按即莽通）以擊衛太子力戰功，封重合侯。後元元年，即頒布輪臺詔的翌年，馬通兄弟謀逆被擒。據《漢書·景武昭宣元成功臣表》（下簡稱《功臣表》），馬通於後元二年腰斬。
據《劉屈氂傳》及《百官公卿表》，大鴻臚商丘成以擊衛太子力戰功，封秺侯。據《功臣表》，後元二年商丘成坐於孝文廟醉歌，大不敬，自殺。
據《劉屈氂傳》，長安男子景建從馬通力戰，獲太子少傅石德，以功封德侯。據《功臣表》，景建於後元二年坐共馬通謀反腰斬。
據《戾太子傳》，太子被圍困，閉戶自經，山陽卒張富昌開戶，與李壽共得太子，以功封題侯。據《功臣表》，張富昌後元二年為人賊殺。
據《戾太子傳》，太子自經，新安令史李壽以得太子功封侯。據《功臣表》，李壽徵和三年坐送李廣利徵匈奴出長安界誅。
以上說到的馬通、商丘成、景建、張富昌、李壽，是巫蠱事件中以迫害衛太子得功封侯的全部五人，他們在漢武帝統治的最後三兩年內，又全部被殺或被逼自殺。其中李壽於徵和三年伏誅，其餘的人都死於後元二年（據《功臣表》王先謙補註，商丘成、馬通、景建的死年均當在後元元年）。他們之死，史籍上記有不同的罪名，但集中起來看一看，就知道都是出於為衛太子昭雪，為轉變政策掃清道路的需要。