據《史記--孔子世家》記載，孔子的祖先本是殷商後裔。周滅商後，周成王封商紂王的庶兄，商朝忠正的名臣微子啟於宋。 建都商丘（今河南商丘一帶）。微子啟死後，其弟微仲即位，微仲即為孔子的先祖。孔子的六代祖叫孔父嘉，是宋國的一位大夫，做過大司馬，在宮廷內亂中被殺，自孔父嘉之後，其後代子孫開始以孔為姓。其曾祖父孔防叔為了逃避宋國內亂，從宋國逃到了魯國。從此孔氏在陬邑定居，變成了魯國人。
孔子的父親為叔梁紇（叔梁為字，紇為名，音he），母親為顏徵在。叔梁紇是當時魯國有名的武士，他人品出眾，曾建立過兩次戰功，因曾單臂託住懸門讓衝進城池的部隊撤出而聞名。曾任陬邑大夫。叔梁紇先娶妻施氏，生9女，無子。又娶妾，生一子，取名伯尼，又稱孟皮。孟皮腳有毛病，依照當時的禮儀不宜繼嗣，於是又於年輕女子顏徵在生孔子。
公元前551年（魯襄公二十二年），孔子生於魯國陬邑昌平鄉（今山東曲阜市東南）。因父母曾為生子而禱於尼丘山，故名丘，字仲尼。孔子三歲時，叔梁紇卒，孔子母子也不為施氏（叔梁紇的正妻）所容，孔母顏徵在只好攜孔子與孟皮移居曲阜闕裡，生活艱難。孔子17歲時，孔母顏徵在卒，他服了三年喪。
孔子十九歲時娶宋國人丌官氏為妻，一年後丌官氏生子，魯昭公曾派人送鯉魚表示祝賀，孔子感到十分榮幸，故給兒子取名為鯉，字伯魚。魯哀公十年(公元前485年)，孔子夫人丌官氏去世。
據《孔子家語》和《史記》記載，孔子青年時代曾做過「委吏」（管理倉庫的小官）、「乘田」（管理牧場的小官），事無大小，均能做到近乎完美。由於孔子超凡的能力和學識，很快得到不斷提拔。到孔子五十一歲的時候，被任命為中都宰（相當於現在的市長，今濟寧市汶上縣一帶），政績非常顯著；一年後升任司空（相當於現在的建設部長），後又升任大司寇（相當於今天的公安局部局部長兼檢查部長兼職最高人民法院院長）；五十六歲時，又升任代理宰相，兼管外交事務（由於孔子升遷過快，不符合當時官員晉升標準，因此為代理宰相）。孔子執政時，立即將擾亂政事的奸佞大臣少正卯殺掉，以嚴肅法紀，因而名動一時，由此可看出孔子不是後世某些人認為的迂腐不堪的學究，而是敢作敢為但不暴虎馮河的偉丈夫。孔子執政僅三個月，就使魯國內政外交等各個方面就均大有起色，國家實力大增，百姓安居樂業，各守禮法，社會秩序非常好（史書上稱「路不拾遺，夜不閉戶」），奸佞之人和刁民紛紛出逃；同時，孔子還通過外交手段，逼迫齊國將在戰爭中侵略魯國的大片領地還給了魯國。魯定公12年，孔子為削弱三桓（季孫氏、叔孫氏、 孟孫氏三家世卿，因為是魯桓公的三個孫子故稱三桓，當時的魯國政權實際掌握在他們手中，而三桓的一些家臣又在不同程度上控制著三桓），採取了墮三都的措施（即拆毀三桓所建城堡）。後來墮三都的行動未能最終成功，但對強公室起到了相當大的作用。孔子傑出的執政能力讓齊國倍感威脅，於是為了擠走孔子，送了上120匹良馬和80名女樂給魯國諸侯。魯國國君沉溺於此，連續三天沒有上朝，到了祭祀之日，忘了分祭肉（這在那個時代是非常嚴重的事情）。孔子對魯君大失所望，於是離開魯國，開始周遊列國。孔子先後去了衛、宋、曹、齊、陳、蔡、楚等國。孔子雖然在各國都受到了尊重，但由於孔子以仁為核心，以禮為秩序，要求和諧，愛惜民力的政治主張和當時諸侯追求的霸道格格不入，孔子始終未能得到重用從而實施自己的政治理想。孔子68歲回到魯國，魯國國君對孔子相當禮遇，但依舊沒有重用孔子。
孔子的政治理想在當時無法得到實施，但孔子之偉大在於「知其不可行而行之」，他將自己的政治理想寄託於後世。孔子因而在回到魯國之後停止了直接的政治活動，一面繼續整理文化典籍，修訂六經；一面廣收弟子，大規模的開展文化教育事業，相傳教授弟子3000餘人，其中精通六藝的弟子有72人。
晚年，孔子的最得意弟子顏回不幸早逝，得意門生子路死於衛國內亂，兒子孔鯉亦早逝，孔子在「道不行」和這一連串的打擊之下，筆者猜測孔子的身體健康受到了極大的損害，孔子於公元前479年農曆二月十一日73歲時（72周歲）與世長辭。