王允是太原人，他們家是當地的豪門。和他同郡的郭泰（字林宗）就認為他是「王佐之才」。
《後漢書·王允傳》：王允字子師，太原祁人也。世仕州郡為冠蓋。同郡郭林宗嘗見允而奇之，曰：「王生一日千裡，王佐才也。」遂與定交。
王允年少時就志在立功報國，於是時常學習背誦經文傳書，早玩練習騎馬射箭。他後來被三公同時徵辟，做了侍御史。
《後漢書·王允傳》：允少好大節，有志於立功，常習誦經傳，朝夕試馳射。三公並闢，以司徒高第為侍御史。
公元184年，黃巾之亂爆發。王允率軍擊潰豫州一帶的黃巾軍，並且和皇甫嵩、朱儁共同受降數十萬黃巾起義軍。在受降過程中，王允搜查到一封張讓的賓客所寫的書信，發現張讓與黃巾軍私通，便把其中的具體細節全部揭發出來，寫成奏摺上奏皇帝。漢靈帝十分憤怒，責問張讓。張讓急忙叩頭謝罪。竟然沒有受到處罰。
事後，張讓對王允心懷忿恨，找了個事情誣陷王雲，第二年，王允被下獄。不久，正趕上朝廷大赦，王允被釋放，恢復原職。但沒出十天，他又被以其他罪名再次逮捕。
《後漢書·王允傳》：中平元年，黃巾賊起，特選拜豫州刺史。闢荀爽、孔融等為從事，上除禁黨。討擊黃巾別帥，大破之，與左中郎將皇甫嵩、右中郎將朱儁等受降數十萬。於賊中得中常侍張讓賓客書疏，與黃巾交通，允具發其奸，以狀聞。靈帝責怒讓，讓叩頭陳謝，竟不能罪之。而讓懷協忿怨，以事中允。明年，遂傳下獄。會赦，還復刺史。旬日間，復以他罪被捕。
司徒楊賜（楊彪之父、楊修祖父）素來知道王允為人清高，不想讓他繼續被侮辱了，於是派人勸告他。有一名好鬥氣的下屬帶著藥去獄中探望王允時，痛哭流涕，勸王允向張讓認錯賠罪，王允怒斥拒絕，並將杯子扔在地上，走上囚車。王允被送到廷尉府後，他周圍的人都十分著急，朝臣對此也紛紛嘆息。重臣何進、袁隗（袁紹的叔父）、楊賜一起上奏為王允辯解。王允因而被免去了死罪。這年冬天，朝廷大赦，但王允仍然不在赦免之列，何進、袁隗、楊賜三人再度替王允說話，等到下一年，王允才被釋放。當時，朝中宦官當權、橫行霸道、為所欲為。王允害怕自己再被定罪，於是改名換姓，輾轉於河內、陳留之間。。
《後漢書·王允傳》：司徒楊賜以允素高，不欲使更楚辱，乃遣客謝之曰：「君以張讓之事，故一月再徵。兇慝難量，幸為深計。」又諸從事好氣決者，共流涕奉藥而進之。允厲聲曰：「吾為人臣，獲罪於君，當伏大闢以謝天下，豈有乳藥求死乎！」投杯而起，出就檻車。既至廷尉，左右皆促其事，朝臣莫不嘆息。大將軍何進、大尉袁隗、司徒楊賜共上疏請之曰：「夫內視反聽，則忠臣謁誠；寬賢矜能，則義士厲節。是以孝文納馮唐之說，晉悼宥魏絳之罪。允以特選受命，誅逆撫順，曾未期月，州境澄清。方欲列其庸勳，請加爵賞，而以奉事不當，當肆大戮。責輕罰重，有虧眾望。臣等備位宰相，不敢寢默。誠以允宜蒙三槐之聽，以昭忠貞之心。」書奏，得以減死論。是冬大赦，而允獨不在宥，三公鹹復為言。至明年，乃得解釋。是時，宦者橫暴，睚眥觸死。允懼不免，乃變易名姓，轉側河內、陳留間。
公元189年，漢靈帝駕崩，王允於是趕赴京師奔喪。當時，大將軍何進準備誅殺宦官，徵召王允參與謀劃。董卓廢立漢獻帝後，王允被封為太僕，兼任尚書令。
《後漢書·王允傳》：及帝崩，乃奔喪京師。時，大將軍何進欲誅宦官，召允與謀事，請為從事中郎，轉河南尹。獻帝即位，拜太僕，再遷守尚書令。
董卓遷都長安時，因為董卓還留在洛陽，他便將朝廷政務都委託給了王允。王允掩飾真情，委屈心意，奉承附和董卓。董卓也對他推心置腹，毫不懷疑。王允得以扶持皇室。
《後漢書·王允傳》：時董卓尚留洛陽，朝政大小，悉委之於允。允矯情屈意，每相承附，卓亦推心，不生乖疑，故得扶持王室於危亂之中，臣主內外，莫不倚恃焉。
不久，王允看見董卓引發的災禍和危害十分深遠，篡位謀逆的徵兆已經顯現。便秘密與黃琬等人商議誅殺董卓。於是讓楊瓚擔任左將軍，士孫武率兵出武關道，借著討伐袁術的名頭分兵進攻董卓，同時將天子請還洛陽。董卓對這件事起了疑心，讓士孫瑞留在長安。王允於是讓士孫瑞做了僕射，讓楊瓚做了尚書。
《後漢書·王允傳》：允見卓禍毒方深，篡逆已兆，密與司隸校尉黃琬、尚書鄭公業等謀共誅之。乃上護羌校尉楊瓚行左將軍事，執金吾士孫瑞為南陽太守，並將兵出武關道，以討袁術為名，實欲分路徵卓，而後拔天子還洛陽。卓疑而留之，允乃引內瑞為僕射，瓚為尚書。
192年，連著下了兩個月的雨。王允便和士孫瑞、楊瓚借著登臺祈神降雨的機會繼續之前誅殺董卓的謀劃。士孫瑞認為，陰雨連綿正是想讓他們除掉董卓的天象，所以他們應該把握天時，先發制人。王允贊成，於是聯合因為與董卓的小妾私通而內心惶恐的呂布，一舉將董卓殺死。
《後漢書·王允傳》：三年春，連雨六十餘日，允與士孫瑞、楊瓚登臺請霽，復結前謀。瑞曰：「自歲末以來，太陽不照，霖雨積時，月犯執法，彗孛仍見，晝陰夜陽，霧氣交侵，此期應促盡，內發者勝。幾不可後，公其圖之。」允然其言，乃潛結卓將呂布，使為內應。會卓入賀，呂布因刺殺之。
誅殺董卓後，王允起初想赦免董卓的部將，呂布也多次相勸。但王允因此生疑，認為他們本來無罪，只是跟隨董卓犯錯現在如果給他們突然加上惡逆的罪名，而且特定赦免他們，恐怕反而使他們猜疑恐懼，心理承受不了，所以還不如讓他們承受懲罰。呂布又想把董卓的財物賞賜公卿、將校，王允又不準。王允平日卻看不起呂布，以劍客對待他。呂布也認為自己有功勞，自吹自擂，既不得意，漸漸與王允不和。
《後漢書·王允傳》：允初議赦卓部曲，呂布亦數勸之。既而疑曰；「此輩無罪，從其主耳。今若名為惡逆而特赦之，適足使其自疑，非所以安之之道也。」呂布又欲以卓財物班賜公卿、將校，允又不從。而素輕布，以劍客遇之。布亦負有功勞，多自誇伐，既失意望，漸不相平。
王允生性剛直而有鋒芒，起初害怕董卓，所以始終克制。董卓覆滅，王允認為再也沒有危難了，便從此居功自傲、面無和悅之色，所以大家也都不再擁護他。
《後漢書·王允傳》：允性剛稜疾惡，初懼董卓豺狼，故折節圖之。卓既殲滅，自謂無復患難，及在際會，每乏溫潤之色，杖正持重，不循權宜之計，是以群下不甚附之。
董卓的部隊大都是涼州人，王允商議將他們全部罷免。有人告訴王允，涼州人忌憚袁家、畏懼關東軍，如果取締了他們，那涼州兵人人都會擔心性命不保。可以任命皇甫嵩為將軍，去擔任涼州兵的統帥，並讓他長期留在那兒安撫，然後慢慢與關東謀劃。」但王允反對，他認為關東兵是反董卓的義兵，和自己是同一陣營的，現在董卓已死，如果繼續把他們屯駐在險惡之地，雖然安撫了涼州兵，但是關東兵將領會疑心我們不重視他們。」
《後漢書·王允傳》：董卓將校及在位者多涼州人，允議罷其軍。或說允曰：「涼州人素憚袁氏而畏關東。今若一旦解兵，則必人人自危。可以皇甫義真為將軍，就領其眾，因使留陝以安撫之，而徐與關東通謀，以觀其變。」允曰：「不然。關東舉義兵者，皆吾徒耳。今若距險屯陝，雖安涼州，而疑關東之心，甚不可也。」
涼州百姓聽到王允想解散涼州兵的風聲後，便到處傳言，說王允要殺掉所有涼州人，一時之間，整個涼州人心惶惶，並且互相傳告：「蔡邕他們只不過受了董卓的一點厚遇而已，王允便不分青紅皂白地把他殺了。對於我們，不僅沒有絲毫赦免的意思，反而想剝奪我們的兵權，今天奪了兵權，明天就可以置我們於死地。」
《後漢書·王允傳》：時，百姓訛言，當悉誅涼州人，遂轉相恐動。其在關中者，皆擁兵自守。更相謂曰：「丁彥思、蔡伯喈但以董公親厚，並尚從坐，今既不赦我曹，而欲解兵，今日解兵，明日當復為魚肉矣。」
董卓的部將李傕和郭汜於是合謀叛亂，率兵攻陷了長安。長安陷落後，呂布慌忙出逃，招呼王允一起走。但王允拒絕了，他說：「如果天子祖先在天有靈，能賜福社稷，我就心滿意足了。如果這一願望不能實現，我願意以死報效朝廷。皇上年幼，只能依靠我們。如今大難臨頭，我不忍獨自苟活。請你多多鼓勵關東豪傑，要常常念及皇上！」
《後漢書·王允傳》：卓部曲將李傕、郭汜等先將兵在關東，因不自安，遂合謀為亂，攻圍長安。城陷，呂布奔走。布駐馬青瑣門外，招允曰：「公可以去乎？」允曰：「若蒙社稷之靈，上安國家，吾之願也。如其不獲，則奉身以死之。朝廷幼少，恃我而已，臨難苟免，吾不忍也。怒力謝關東諸公，勤以國家為念。」
王允隨後被殺死，享年56歲，他的長子、次子及宗族十餘人都被殺害。
《後漢書·王允傳》：允時年五十六。長子侍中蓋、次子景、定及宗族十餘人皆見誅害。
總的來說，王允是一位剛正不阿、頗有氣節、善於隱忍、足智多謀的大漢忠臣。但他在誅殺董卓後，逐漸剛愎自用、居功自傲，而且沒有處理好涼州兵的問題，最終身死人手，可謂活該。
而關於王允殺死名儒蔡邕（蔡文姬之父），有記載稱他是因為經常被蔡邕說得理屈詞窮，所以記恨蔡邕，雖然記載未必靠譜，但結合王允自己的作死經歷，恐怕也不會差太多了。
惠棟曰：《商芸小說》云：初， 允數與邕會議，允詞常屈，由是銜邕。後允誅卓， 並收邕，眾人爭之，不能得。
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