抗日戰爭爆發後，國共兩黨實現第二次國共合作，中國工農紅軍分別被改編為八路軍和新四軍，走上抗日戰場。但有一支紅軍遊擊隊，國民黨拒不承認其合法地位，這支遊擊隊在堅持五年的鬥爭後全軍覆沒。
這支紅軍遊擊隊叫巴山遊擊隊，是紅四方面軍在撤離川陝革命根據地後，留下了一支紅軍隊伍，堅持戰鬥在川陝邊的大巴山，建立了以南江桃園為中心的根據地和遊擊區，堅持了長達五年之久的遊擊戰爭。
1935年1月，紅四方面軍在即將撤離根據地前，決定組建「川北邊區守留陣地遊擊隊」，遊擊隊由駐旺蒼壩的紅31軍、紅4軍抽調部隊組成，由劉子才任遊擊隊司令，2個月後把遊擊隊擴編成一個獨立師。
全師三個營九個連共約1000人，1935年4月，紅四方面軍撤離根據地，把獨立師留在川陝邊區，繼續堅持遊擊鬥爭。獨立師改稱巴山遊擊隊，當年9月，打敗了國民黨38軍兩個團圍攻，10月發展到1200人。
然而， 1936年3月，在被敵38軍圍攻時，劉子才思想麻痺，指揮失誤，部隊損失200多人，在轉移中又犯輕敵錯誤，部隊再遭重創。部隊到達三道河時，原31軍政治部特務連被瓦解，到達桃園時僅餘下260人。
此後，遊擊隊長期處於無根據地的流動作戰中，在桃園焦家河會合時僅存65人，被迫隱藏深山，駐大河河畔一石窟中。1936年6月，遊擊隊在大河石窟召開全體會議，批判了劉子才的錯誤，撤銷其職務。
遊擊隊選舉趙明恩為最高領導人，遊擊隊又進入了一個發展壯大時期。到1937年底，遊擊隊由50多人發展到600多人，建立了縱橫約100裡的根據地。當時，中央派原營山縣蘇維埃主席何孝林從延安給遊擊隊送來信件，通知遊擊隊開赴延安，由於遊擊隊認為此通知與當初首長 「留守蘇區」 的指示精神不符，提出若來一位認識的人就好辦了。後來，由於種種原因，我黨與遊擊隊失去了聯繫。
我黨要求國民黨承認「巴山遊擊隊」的合法地位，但國民黨拒不承認，反而加大了圍剿力度。1938年11月，胡宗南任命28軍新編9師師長楊曬軒為「巴山清剿總指揮」。 楊曬軒任命了解通南巴地形、人情的巴中人李子猶為「巴山督剿主任」，帶領4個團7000多人反覆圍剿。在嚴重的白色恐怖下，遊擊隊內部出現了一些動搖，副營長管業元叛變，主力被敵分割衝散，到1940年3月基本全軍覆沒，趙明恩被叛徒楊之芳殺害，劉子才被捕後在南江縣城英勇就義。