大師法名智旭，字藕益，號西有，俗姓鍾。大師先祖本事汴梁人，後來南遷於吳縣。大師母親金氏，父親文岐仲公持白衣大悲咒十年，夢見觀音菩薩送子而生下大師，那年正是明朝萬曆27年乙亥歲5月3日亥時。
大師一生，通儒、通禪、通律、通教，但自謙上不敢與古代儒家、禪門、律宗、教下的大德相比擬，又不屑下與當代儒家、禪門、律宗、教下的名流相併列，故而自號八不道人，謙遜地自稱自己是不像儒家士子、不像禪師、不像律師，也不像教下佛子。
大師從7歲開始吃素，12歲到老師家讀書，學習孔聖人的學問。立志要光大儒門，掃滅佛家老子，作千古第一人。並從此開葷飲酒，寫下數十篇文章，論證釋迦老莊之學為異端邪說，予以駁斥。曾在夢中與孔子顏回相見，請教學問。
17歲時，大師讀了蓮池大師所作的《自知錄序》及《竹窗隨筆》，從此再不敢誹謗佛法，並取出以前所著的駁斥佛法的文章全部燒毀。
20歲時，大師注釋論語，到「天下歸仁」這句話時，注不下去了。因而廢寢忘食，苦思冥想整整三天三夜，從而對孔子顏回的道德學問徹底明了。這年冬天，因父親去世，大師讀《地藏經》，得聞地藏菩薩不可思議的大願，從此有了出世間心。
22歲時，大師開始專心致志地念佛，將以前所寫的文章2000餘篇盡數焚毀。
23歲時，大師聽人講《首楞嚴經》。聽到「世界在空，空生大覺」這句經文時，頓生疑念：「從哪裡來的大覺，以致成為虛空的本源？」大師思來想去，不得其解。又因為在念佛時神識昏散，功夫不能成片。由此緣故，大師決意要出家，身體力行，探究生死大事。
24歲時，大師夢見憨山大師。哭著向憨山大師表述緣分淺薄、相見恨晚的心情。憨山大師對他說：「這是苦果，你應該尋求苦因。」話沒說完，大師就對憨山大師說：「弟子一心求學上乘佛學，不願聽聞小乘苦、集、滅、道的四諦法。」憨山大師說：「居士有大志向，真是可喜，將來縱然不能成為黃臨濟一流人物，也必然成為巖頭德山一流人物。」大師聽後，心中還有許多疑慮，正準備請問，不知什麼東西一聲響，使他從夢中醒來。大師想：「古代大德有什麼高下差別，這不過是自己的望向分別罷了。」如此一月之內，大師三次夢到憨山大師，而憨山大師又住在曹溪，相距太遠，無法相隨。於是大師就在雪嶺師座下剃度出家，取法名智旭。雪嶺師是憨山大師的門人弟子。
這年夏秋之季，大師居住於雲棲寺，聽古德法師講唯識論。唯識論抽象思惟非常深刻，難度也非常大，但大師一聽就明白了。明白之後又懷疑與《首楞嚴經》宗旨相矛盾。他請問古德法師，法師說：「性宗、相宗不能混合。」大師非常奇怪，同屬佛法，豈能是兩叉路。一天，大師聽古德法師說：「不怕心念起，只怕覺悟遲。」大師就問，「假如眾生死後的中陰身入胎，一念起，就受生，此時縱然迅速覺悟，又如何能脫出子宮。」
法師說：「你現在入胎沒有？」大師笑笑，沒有回答。法師又說：「你已經入胎了。」大師無話可對。法師說：「你以為今天這個身子，果然是從受胎時才得來的嗎？」大師汗流浹背，不能分辨一個字。於是就到徑山去坐禪。
等到第二年夏天，大師在精進坐禪之中，忽然感覺身心世界全部消亡，這時才知道，「這個身子從無始以來，當處出生，隨處滅盡，都不過是堅固妄想所現出的影子，而且是剎那剎那，念念不住，的確不是從父母所生。從此以後，性宗相宗，在大師心中，融會貫通，一齊透徹，本來就沒有什麼矛盾之處，不過是縱橫交錯的邪說，遺誤後人罷了。到這時，一切經論，一切公案，無一不在大師心中湧現。但大師很快更進一步地覺悟：「這還不是聖人境界.」因此從來未對一人炫耀。久而久之，大師胸中空空如也，再沒有一個字跡了。
26歲時，大師受菩薩戒。27歲時，大師遍讀所有律藏經典，方知世上修行，以訛傳訛，戒律多有錯失。
28歲時，大師母親病危，多次割臂肉入藥，都未能挽救母親的性命，大師痛徹心肺。埋葬了母親之後，大師焚筆棄硯，矢志要往深山修道。因為同參道友監空師的挽留，故而在松陵閉關。在閉關中大師得了一場大病，在性命交關之際，大師覺悟到，若欲了生死，還須歸淨土。從此大師以參禪的工夫，求生西方淨土。
30歲時，大師出關朝海，準備前往終南山。道友雪航師願向大師學習戒律。大師於是繼續留住龍居，並著寫講述了《毗尼事義集要》和《梵室偶談》兩本書。這一年，大師遇到了惺谷、皈一兩位同修，互相之間得益頗深。
31歲時，大師送惺谷道友到博山剃髮出家後，又隨無異禪師到金陵。二人同行共住、言談話語有百十來天，因而對當時禪宗的流弊了如指掌，所以一心一意弘揚戒律。大師自謙自己對戒律的理解雖然深刻，但煩惱習氣特別重，身語意多有玷汙，所以誓死不作和尚(和尚，梵語音譯，意為親教師)。大師說自己是三業未能清淨，卻妄加有知解戒律的名聲，名過其實，是修道人平生之恥。
32歲時，大師準備注釋《梵網經菩薩戒心地品》，就作了四個鬮問佛，一個寫著學賢首，一個寫著學天台宗，一個寫著學慈恩大師的法相宗，一個寫著自立宗門。幾次拈鬮都是天台宗，於是一心一意以天台宗的法門修學，只是不肯自居天台弟子。因為當時天台宗與禪宗、賢首宗、法相宗。各執門戶之見，互不相容。後來有人說，大師獨獨弘揚天台，大師說他們是以耳為目，錯之極矣。
33歲時，大師的同修道友惺谷、壁如二人去世，大師便進入靈峰過冬，並準備通讀《大藏經》。
35歲時，大師主持建造了西湖寺，並著寫講述了《佔察行法》一書。
37歲，大師住於武水，著寫講述了《戒消災略釋》、《持戒犍度略釋》、《盂蘭盆新疏》3本書。
38歲時，大師住於九華山。第二年，著寫講述了《梵網合注》一書。
41歲時，大師住於溫陵，著寫講述了《大佛頂玄義文句》一書。
42歲時，大師住漳州，著寫講述了《金剛破空論》、《藕益三頌》、《齋經科注》3本書。
44歲時，大師住於湖州，著寫講述了《大乘止觀釋要》一書。
46歲時，大師住於靈峰，著寫講述了《四十二章經解》、《遺教經解》、《八大人覺經解》3本書。
47歲時，大師住石城，著寫講述了《周易禪解》一書。這年秋天，大師移居祖堂，2年後，著寫講述了《唯識心要》、《相宗八要直解》、《彌陀要解》、《四書藕益解》4本書。
51歲那年冬天，大師返回靈峰，著寫講述了《法華要義》。第二年，又著寫講述了《佔察疏》一書，並依據佛典，針對時弊，重新制定了律要。
54歲時，大師住晟溪，手著《楞伽義疏》。此書到遷居長水才完成。此時，大師還有《閱藏知律》、《法海觀瀾》、《圓覺疏》、《維摩疏》、《大乘起信論疏》等書的著述計劃，等待機緣成熟即可成書。
大師生平曾幾次對弟子們說：「宋朝註疏之學興盛，而聖賢傳心之法從此晦暗不明，這是以方木入圓孔的緣故！佛學中隨即羯磨出現，而戒律從此衰微，這是乳中加水的緣故！禪宗《指月錄》一書盛行，而禪道從此敗壞，這是給混沌鑿出孔竅的緣故!天台宗四教義廣為流傳，而天台宗從此昏昧，這是死執一個藥方救治多種病症的緣故！所以舉世之人，儒也罷，禪也罷，律也罷，教也罷，沒有不說別人是異物，厭惡。妒忌別人像仇人一樣的。大師笑著說：「知我者，莫非只有釋迦牟尼佛與地藏菩薩？罪我者，恐怕也只有釋迦牟尼佛與地藏菩薩。」
以上傳記，錄自大師手著的自傳，原名《八不道人傳》。以下錄自大師門人成時法師所記的《續傳》前半篇。
靈峰老人、藕益大師自傳，寫於壬辰歲臘月。第2年癸巳歲，大師55歲。這年4月，大師到新安，結夏安居3個月後，在浦天馬寺，手著《選佛譜》一書。接著閱讀《宗鏡錄》，刪除了其中的法湧、永樂、法真等人所刪改的雜說，更正了經論引用時的錯誤和歷次刻印所形成的錯字。對於360多條問答，一個一個確定大義，標明來龍去脈。閱讀結束後，大師為校定《宗鏡錄》做了4篇跋文。之後，大師又精選大居士袁宏道的著作，只存了一冊，題名《袁子》。入秋進入8月後，大師遊住於黃山、西嶽等處。冬天又回到了天馬寺，手著《大乘起信論裂網疏》一書。
順治11年甲午歲正月，大師56歲，應豐南仁義寺邀請，前去講法。法布施結束後，到新安。2月後的褒灑陀日，又回到靈峰。這年夏天，大師帶病選《西齋淨土詩》並親自撰寫贊文，補入《淨土九要》。夏天結束的時候，大師也病好了。這年7月，大師著寫講述了《儒釋宗傳竊義》一書。8月，大師續讀全部《大藏經》圓滿結束。9月，大師手著《閱藏知律》、《法海觀瀾》2書。10月，大師又病，病中曾寫下《獨坐書懷》律詩4首，其中有「庶幾二三子，慰我一生思」的詩句。11月18日，大師曾做病中口號偈。臘月初三，大師曾作《病間偶成》七律一首，其中有「名字位中真佛眼，未知畢竟付何人」的詩句。
這天，大師口授遺囑，有如下4條：一是讓照南、等慈2位弟子主持以後的授五戒、菩薩戒事宜；二是讓照南、靈晟、性旦3位弟子代座代請；三是讓弟子們把他的屍骨火化後，將骨灰磨成粉，和入面中，分成兩份，一份布施於鳥獸，一份布施於水族，與十方眾生普結西方之緣。臘月13日，大師在寺中興辦淨社，並親自起草願文。接著，大師手著《求生淨土偈》6首。除夕時，大師作《*六居銘》並作偈一首。
乙未歲元旦，大師作偈語2首。正月20日。病情加重。21日早晨起床後，大師病好了。到中午時，大師結跏趺坐於繩床，向西舉手而逝，享年57歲。3年後，門入弟子將如法荼毗。啟龕而視，只見大師遺骨，頭髮長到蓋過耳朵，面貌如生，端然趺坐，連牙齒都沒有一顆損壞的。弟子們不忍心遵照遺命，磨骨和面，就將大師遺骨安葬於靈峰大殿右側的塔中。
大師住世時，禪門中許多人都說淨土是權教，遇到念佛人，都讓參究「念佛是誰」。而大師堅持認為念佛依法，就是圓頓心宗。大師曾開示眾人說：「念佛法門，別無奇特，只是深信力行為要。佛雲，若人但念阿彌陀，是名無上深妙禪。天親雲，四種三昧，同名念佛，念佛三昧，名為三昧中王。雲棲雲，一句阿彌陀佛，該羅八教，圓攝五宗」。大師著述編輯的著作，共計40多種，其中《淨土十要》一書，凡修行淨業的人，不可不讀。
佛啊，好痛心啊！世間之眼入滅，正法之幢折斷！那些噁心向佛的邪魔，誰去救正？那些好心而遭受荼毒的人們，誰去扶持？莫不是我們這一輩眾生業障深重，不能感應聖人久住於世嗎？