拿下普羅民遮城後，鄭軍立刻向熱蘭遮城進軍，而此時，城中只有905名士兵防守，氣氛非常凝重，雖然當時鄭成功麾下有超過荷蘭人十倍以上的軍力，也有強大的火炮，但熱蘭遮城典型的文藝復興城堡，也就當代歐洲最先進的稜堡，這種城堡毫無死角，各堡壘間能夠形成交互火力網。
進攻剛開始，荷蘭大炮狠狠地讓眾多鄭軍攻城部隊交了學費，更迫使鄭軍放棄火炮，倉皇撤退，不僅如此，荷蘭還趁勢出擊把鄭軍大炮全部封死，戰爭損失上千人，大炮還大批大批的損失，鄭成功看這樣下去不是辦法，就改用包圍戰術，想要餓死荷蘭人。硬的不行，軟的總行了吧？不給飯吃，看你怎麼打。結果荷蘭人都沒餓死？老鄭自己卻沒飯吃了，原來到臺灣後，鄭軍一直為餵糧食所困擾。
存糧大概只能支撐兩個月，沒辦法持久作戰，追根究底就是第一篇那個帶路黨何斌，何斌騙鄭成功說臺灣物產豐饒，糧食不用帶太多，到臺灣問題自然解決，然後呢，他們就差點餓死了。但是沒辦法，來都已經來了，鄭成功只好陸續派軍四處屯田，種了一大堆番薯，現在臺灣南部很多地名都什麼營啊，什麼鎮啊，最多跟鄭成功屯墾有關。
雖然實施開墾計劃，但人生畢竟不是打秘技，糧食無法像遊戲那樣迅速收割，到九月，不少士兵因缺乏營養病死，饑荒也造成士兵逃跑，甚至逃往荷蘭軍陣，直到中國方面的運輸船抵達臺灣，才解決糧食危機，為什麼中國方面的鄭軍一直不送糧食來呢？我們第一篇有說過鄭成功其實是私人武裝的海商集團，一邊賺錢一邊打仗，打仗是為了賺錢，賺錢不是為了打仗，所以鄭氏公司內的其他股東多半是反對攻打臺灣的，因為它們靠著貿易存了不少錢比較有安逸之心。
鄭成功的表哥鄭泰，在攻打臺灣時，負責鎮守後方金門、廈門，竟然不發一艘船來臺灣支援，鄭成功還以為他們叛變了呢！所謂福無雙至、禍不單行，鄭成功四處屯田時，也遭到原住民的頑強抵抗，北方被大肚王國襲擊傷亡1500人，往南被瑯嶠人殺死800人，比荷蘭人殺死的還要多，原住民的彪悍果然名不虛傳。7月30日，新任荷蘭總督克連克抵達臺灣外海，看到內海全部都是中國帆船，知道戰況後，竟然不敢登陸，隨即前往日本，人生在走，豬隊友到處都有。
好在8月10日，從巴達維亞馳援的9艘增援艦隊抵達了，他們由卡烏率領，不僅有725名官兵還帶了八個月的糧食與火藥、大炮，荷蘭守軍士氣大振，一個個磨刀霍霍準備送鄭成功去見海龍王。鄭成功看到這麼多戰艦，也是吃了一大驚，以為荷蘭人至少也派了兩千來支援執照，這下哭了，250人這麼難打？2000人還得了，更慘的是此時鄭軍因為糧食短缺，已經分散往各地屯田，鄭成功沒想到荷蘭人援軍來得這麼快，一時也沒有軍力應戰，難道要學諸葛先生羽扇綸巾擺空城計？等等？鄭軍我才是進攻方啊！
如果此時荷蘭發動總攻，來個裡應外合很可能把鄭成功趕下大海，但恰好此時颱風來了，卡烏的援軍趕緊跑到彭湖避風，這來回就是三個禮拜，再回臺灣時，各地的鄭軍都回防了，鄭成功果然有一半的日本血統，受到神風庇護啊！
9月16日，荷蘭船艦主動出擊，海賊王本來就擅長海戰且熟悉臺江內海，對於怎麼對付大型的荷蘭船艦頗有心得，只見鄭軍在硝煙彈雨中乘著小船來回穿梭圍住荷蘭船艦，讓他們不能發揮強大火力，而且荷蘭的運氣不佳，開戰不久就兩艘大型戰艦擱淺，成為鄭軍的活靶，一艘被擊沉，一艘被火燒毀，荷蘭的反擊計劃完全失敗，此役荷蘭損失兩艘大型戰艦與三艘小艇，戰死128人之外，還有上百人受傷。
中國人果然不是東亞病夫，但是鄭軍也不好過，一樣是上百人傷亡，於是荷蘭人又退回城堡，堅守不出，鄭軍一時也沒辦法。11月6日清軍寫信給揆一說，他們可以聯手打爆鄭成功，揆一覺得這是天賜良機，派出三艘最強火力的船艦及兩艘滿載糧食、火藥的運輸船，準備與清軍聯合作戰，逼鄭成功回防東南沿海，解除對臺灣的包圍。結果，荷蘭人船上出了叛徒，幾艘主力戰艦竟然怯戰，逃回巴達維亞，剩餘船隻返回臺灣，熱蘭遮城這方面知道消息後幾乎崩潰。
12月16日，荷蘭一名日耳曼籍中士向鄭軍投降說城內士氣低落，無法堅守太久，要求鄭軍主動進攻，同時他詳述荷蘭城堡的守備弱點，還協助鄭軍興建歐式要塞，瞄準荷蘭的碉堡。1662年1月25日，鄭軍三面炮轟熱蘭遮城，協同海軍作戰，一天之內發射2500發炮彈，可能碉堡幾乎被摧毀，徹底瓦解和軍士氣，揆一見大勢已去，只好開城投降。
荷蘭人在交涉之下，與國姓爺交換條約，允許荷蘭光榮有尊嚴的投降，並互相交換雙方的戰俘，這些被鄭軍俘虜的荷蘭女性，都賞賜給鄭軍的將領，如果對方單身，那麼就要相當的寵愛，畢竟單身久了，大家都渴望愛情，所以當荷蘭人投降，這些婦女被送回時，多半沒什麼怨言，不過是多個混血寶寶，身為海上男兒的荷蘭水手，也多半不在乎這些過去的小秘密，這些臺荷混血有的回到荷蘭，有的在臺灣落地生根，但如果被賞賜給有老婆將領的，就被原本的大老婆虐待，千方百計的來折磨他們，當他們回來時都會大肆抱怨中國人殘暴的虐待他們。
2月9日，2000名荷蘭人登上八艘軍艦前往巴達維亞，等候揆一的是公司的軍事審判，揆一為自己辯駁，說公司之所以失去臺灣，主因其實不是在他，他在孤立無援的情況下，以千人堅守數萬人猛攻長達九個月，反而是公司高層不斷內鬥，揆一早就三番兩次警告，國姓爺要攻打臺灣，希望加強臺灣守備，公司方面置若罔聞，結果你們不感謝我受苦受難，竟然還要流放我？
公司卻說，本公司有兩個宿敵-西班牙與葡萄牙，前者在突尼西亞與摩洛哥也都只有幾千人駐軍，但每次是以少擊多，狠狠暴打數萬土耳其與摩洛哥穆斯林聯軍，穆斯利可不比明軍弱啊，後者更在葡萄牙戰神阿方索率領下，以1200人在印度果阿大破4萬印度軍，我們歐洲人以少勝多是家常便飯，你是守方，有堅固的城堡，沒有打爆鄭成功就是失職，看來古今中外，各公司的高層都是一個鬼樣，吃肉的是他們背鍋的永遠是手下人，現實生活中老闆是經常說為什麼別人做的出來，你做不出來？絲毫不考慮其他外在因素，而且只看到表面結果，有沒有想過，別的公司給了多少薪水？別的公司有個團隊，而本公司只是一個人在做？
審判結果揆一因為失去公司重要財產被流放到個超級荒蕪的小島-艾一島，在那看海看了12年，才在親人與朋友的幫助下，用大筆金錢贖回，回到荷蘭，看來血汗背鍋勞工與壞老闆也不只有我們有嘛！那我們的國姓爺呢？
打下臺灣不久，就聽說西班牙在菲律賓虐待漢人，怒不可遏，準備發兵教訓西班牙人，在出兵前就一命嗚呼，壯志未酬了，別忘了臺灣在19世紀前，可都是惡魔之地，各種蚊蟲、熱帶疾病是要命的，問題與討論，為什麼荷蘭人沒有用全部軍隊跟國姓爺死磕到底，為什麼荷蘭東印度公司沒有積極的支援臺灣呢？也許和鄭軍一樣他們只是商人，高層更在意既得利益吧！