話說1874年，日本以1871年八瑤灣事件殺害琉球人為由出兵攻打臺灣南部原住民各部落。這件事史稱牡丹社事件。隨後中日兩國展開了外交風波。日本稱這次事件為「臺灣出兵」或是「徵臺之役」。這是日本自從明治維新以來首次對外用兵，也是中日兩國在近代史上第一次重要外交事件之一。
此次事件的主角，琉球王國，自明朝起為中國的藩屬國，其國王接受中國之冊封。由於中國長期拒絕日本進行貿易，琉球居間進行「中國絲綢—日本白銀」轉口貿易獲得巨大利益，因此引起日本的不滿和覬覦。
話說，日本靠海軍起家的薩摩藩自古就有兼併琉球的打算。1609年，薩摩派遣將近三千名兵力，攻入琉球王都首裡城，但德川幕府命令薩摩藩保留琉球王室，以便利用琉球對中國貿易。然而琉球王國自此喪失獨立自主性，亦受薩摩藩支配，奄美群島也被薩摩藩佔領。自此琉球處於一式二主狀態，一方面接受中國冊封並進行朝貢貿易，同時國政受到薩摩藩的控制。
隨著倒幕運動的不斷開展，幕府將軍德川慶喜被迫上表「大政奉還」，江戶時代結束。隨後的明治維新又導致大量武士失業，造成極大的社會問題。於是西鄉隆盛等人提出「徵韓論」，主張以海外擴張來解決內政問題。但未獲得日本內閣多數閣員支持，最後造成參議西鄉隆盛等徵韓派官員下野。原因大概就是朝鮮是個獨立的國家，風險較大。於是乎日本朝廷為了安撫士族情緒，遂有出兵臺灣之議。
但出兵總得找個理由吧。於是乎八瑤灣事件就成餓了一個好藉口。1871年10月18日 一艘琉球國宮古島向那霸上繳年貢的山原號，回航時遭遇颱風，漂流至臺灣東南部八瑤灣，船有66人登陸。被當地高士佛社人好心收留，但因雙方語言不通以及有著較大的文化差異，讓琉球人感到害怕，於是偷偷跑離高士佛社。高士佛社族人打完獵後回部落時卻發現琉球人已消失不見，這對高士佛社族人是非常沒有禮貌的，再加上害怕琉球人知道部落的位置後會派兵攻打部落，使得部落的族人因要保護家園而去追偷跑的琉球人將其殺害。而逃過一劫的人則在當地漢人楊友旺、楊阿才營救下前往臺灣府，由清政府官員安排轉往福州琉球館，乘船歸國。史稱八瑤灣事件。這本身是一個普通的事件，因為此類事件在當時不時發生，按慣例皆由中國政府撫恤並送回琉球王國，與日本政府無涉。
但琉球在日本人眼裡是屬於薩摩藩鹿兒島的。並且1872年日本政府還單方廢止琉球王國，設置「琉球藩」。這就使得日本有理由出兵了。
1873年日本政府外務卿副島種臣向清朝總理衙門提起此事時，大臣毛昶熙答覆：「二島俱我屬土，屬土之人相殺，裁次固在於我，我恤琉人，自有措置，何預貴國事，而煩為過問？」日本拿出被害者中有四位小田縣漁民的證據，又追問「貴國既然已知撫恤琉球民，為何不懲辦臺番？」，毛以殺人者為置之化外的生番來回應，副島便言：「生番害人，貴國置之不理，我國有必要問罪島人，因與貴國盟好，特先來奉告」；這個毛昶熙也有點「二」，回答道：「生番系我化外之民，問罪與否，聽憑貴國辦理。」聽了這話，日方便高高興興地向「無主番界」出兵了。
既然決定出兵了，那就得準備準備。日本以陸軍中將西鄉從道為「蕃地事務局都督」，向英、美等國租用輪船，僱用美國軍事顧問李仙得，準備對臺灣出兵，並事先派遣樺山資紀、水野遵來臺調查。
似乎一切都準備好了。但在出兵前夕，英美等國卻轉變態度表示反對，聲明中立並拒絕租借船艦給日軍。日本政府迫於外交壓力決定停止此次行動，大久保利通並親自到長崎下令罷兵。但西鄉從道拒不受命，以「已經準備妥當」為由斷然率領三千六百名官兵前往臺灣。這充分表現出日本軍國主義的一個原型，即「下克上」。
1874年5月12日，日軍於社寮登陸。5月18日到5月21日，日軍與臺灣原住民有小規模對抗，互有傷亡。5月22日，日本陸軍中佐佐久間左馬太率領日軍150人進抵石門，遭到斯卡羅人強烈抵抗，最後日軍陸戰隊攀上峭壁居高臨下，情勢逆轉，斯卡羅人撤兵，牡丹社首領阿祿古父子身亡。
經此一役，多數採觀望態度的原住民皆靠向日本。使得日軍沿途只有小規模抵抗，日軍在佔領後焚燒村屋並撤回社寮營地。7月1日，牡丹社、高士佛社、女仍社等原住民投降。
之後日軍移營龜山長期駐紮，卻因氣候與衛生因素飽受瘧疾等熱帶疾病之苦，死者達561人。561名的病死者更達實際戰死者的數十倍之多。
日本此舉大大震動了清朝當局。同治帝隨即派遣船政大臣沈葆楨為欽差大臣，以巡閱為名來臺，主持臺灣海防及對各國的外交事務。李鴻章調唐定奎率領的淮軍主力十三營六千五百人赴臺，準備作戰。當年農曆九月中旬以後到十月間陸續抵臺，使得雙方戰力情勢逆轉，這使得沈葆楨的談判地位因此頓時提升了許多。
又加上此時日軍因熱病侵襲，病死的人又增加到650人，耗軍費1260餘萬日圓，這使得日本政府感到難以持續。於是日本政府派內務卿大久保利通為全權大臣，赴清廷交涉。
當時沈葆楨及李鴻章對情勢進行判斷後得出，日本急於謀和，實因情勢窘迫的結論。因此大清帝國起初態度強硬，軍機大臣文祥公開表示，對於日本方面要求的軍費賠償表示：「一錢不給」。
但大久保商請英國公使威妥瑪強勢介入，形勢有些逆轉。於是清日兩國在1874年10月31日籤訂北京專約，共有三條：
日本國此次所辦，原為保民義舉起見，中國不指以為不是。
前次所有遇害難民之家，中國定給撫恤銀兩，日本所有在該處修道、建房等件，中國願留自用，先行議定籌補銀兩，另有議辦之據。
所有此事兩國一切來往公文，彼此撤回註銷，永為罷論。至於該處生番，中國自宜設法妥為約束，不能再受兇害。
在這幾條中，中國方面不言賠償兵費，卻說會「撫恤」和「購買道路房屋」。其實這算是在保存顏面的情況下的息事寧人。
但令人萬萬沒想到的是，條約中有日本出兵是「保民義舉」字句；這使得日本據此認定中國清朝政府不否認琉球是日本的屬地。進而繼續進行「琉球處分」。1879年迫使琉球國王尚泰移住東京，派軍警進駐琉球，廢止「琉球藩」改設「衝繩縣」（就是現在日本的衝繩縣），但清朝並未放棄琉球宗主權對日本提出抗議。1880年，在前美國總統格蘭特調解之下，日本提議及外務省底線將割琉球群島以北歸日本，南邊的宮古、八重山島屬大清，清朝政府則提出北邊的奄美群島歸日本，中間的琉球群島歸琉球國，南邊的八重山群島歸大清，最後並未成案。
直到1894年甲午戰爭清朝戰敗，臺灣割讓給日本，清朝無力繼續過問琉球問題，這一切也就不了了之了。
其實這是一次無名且蓄意的軍事行動，是日本不斷擴張的一部分。就連日本著名文史學家司馬遼太郎曾評論這次出兵完全是無名之師，可稱為「官制的倭寇」。