弘光元年(1645年)三月，李自成率「大順軍」殘部到達荊襄地區，與原本駐紮在這一地區的大順軍大將白旺及其手下七萬大軍會合。不過，此時的李自成已經被清軍打得喪失了對抗信心，他不聽白旺固守襄陽、承天、德安、荊州的建議，而是決定率軍東下，打算先滅掉相對較弱的南明弘光朝，佔領江南富庶之地再作打算。
李自成率軍東下，把鎮守武昌的左良玉架到了火山口上。面對李自成的大軍，他陷入了極度矛盾之中。左良玉和李自成也算是熟人了，打了很多年的仗，互有勝負。應該說，左良玉因為與李自成積怨很深，加上為了保住自己的地盤，在李自成東下之初還是盡守土之責的。
他一面連續派人上疏弘光朝廷告急，一面調兵遣將抵禦大順軍。
但左良玉與弘光朝廷的矛盾也很深，因為左良玉多與東林黨人，得罪了弘光朝內閣首輔馬士英，而且像左良玉這樣的軍閥，怎麼可能願意犧牲自己，為這個朝廷當炮灰呢?
弘光朝廷忌憚於左良玉的實力，對左良玉的態度不好也不壞，弘光朝高層以內閣首輔馬士英為首的官員希望這個軍閥頭目能與李自成打個兩敗俱傷，自己坐收漁翁之利，所以對左良玉的求援反應極其冷淡。
左良玉為之交好的眾多東林黨人中，有一位關係很是密切，那就是黃澍。這個黃澍搞出了"打馬案」，在南京城與內閣首輔馬士英交惡之後，對弘光朝廷更是怨毒滿腹。
弘光朝抓到一個自稱是「明朝太子」的人，這讓黃澍等東林黨人找到了藉口。他們到處散發叫嚷所謂的「明朝太子」是真的崇禎帝兒子，弘光帝朱由崧是不合法的登基，內閣首輔馬士英等人為了自己的權勢一直在迫害「明朝太子」和東林黨所謂的「正人君子」們，黃澍等東林黨人為此甚至煽動左良玉起兵造反。
左良玉一個軍閥，本來就對「江北四鎮」四位藩鎮沒有自己的名字極為不滿，加上弘光朝不待見自己，出於自身利益考慮，也在煽動下逐漸開始走上造反之路。
弘光元年(1645年)三月二十三日，左良玉假稱接到「明朝太子」密旨，要自己率大軍前往南京城救「太子」，並討伐內閣首輔馬士英等「奸臣」，即所謂的「清君側」。
假傳旨意之後，左良玉立即率大軍乘船東下，殺向南京城。更令人為之氣憤的是，臨走之前，左良玉下令軍隊在武昌地區進行燒殺劫掠，讓武昌百姓深受其害，也讓武昌百姓對其恨之入骨。
其實，此時的左良玉垂垂老矣，重病纏身。此次出師雖然打著「清君側」的旗號，但自古以來，提出這三個字的基本上都被貼上「造反」的標籤。
左良玉的軍隊雖然龐大，但是極其魚龍混雜，屬於典型的「兵匪」，讓他們打家劫舍，他們在行，讓他們去造反，為左良玉去拼命，那就根本不可能。因此當左良玉打出「清君側」的旗號，他們就已經惶惶不可終日，軍心渙散，毫無戰心。不過，左良玉的大軍唬住弘光朝那些無能的官員還是足夠了。
當左良玉東下的消息傳到南京城，南京城頓時陷入了一片恐慌與混亂之中，官員無論大小，無論高低，一個個都原形畢露，嚇得屁滾尿流，不少官員直接棄官，收拾金銀細軟，帶著家人跑路了。
不少平日裡與左良玉關係密切的官員此時也開始反對左良玉的做法。
湖廣巡撫何騰較被左良玉劫持到軍隊中，但他堅決反對左良玉的「清君側」的做法，趁著看守的士兵鬆懈的時候，跳水逃走。
左良玉軍隊一路上燒殺劫掠，到達九江後，江西總督袁繼也被左良玉「請」到軍中，左良玉自然是通著袁繼鹹跟著自己一起「清君側」。袁繼鹹堅決不從，不僅苦勸左良玉放棄「清君側」，還苦口婆心地跟左良玉手下的將士們反覆講道理、希望他們停止禍國殃民的行為。
身在重病中的左良玉開始猶豫，一些左軍將領也本來對造反就沒有信心，這下更為動搖，袁繼鹹被允許回到九江城。袁繼成回城之後，下達命令手下將土嚴防死守九江城，堅決不能讓左良玉軍隊進城。
但袁繼鹹的部將張世勳已經被左良玉收買，於夜晚在九江城內縱火開城門，左良玉軍隊趁機攻佔九江城，袁繼成又一次被「請」到了左良玉軍中。此時的袁繼鹹萬念俱灰，投水自盡。左良玉下令將他救起後，再三表示：自己對弘光帝「忠心耿耿」，此舉只不過是討伐馬士英等「奸臣」。
袁繼鹹自知無法逃離，尋死也越來越困難，只能放棄了尋死的念頭，留在左良玉軍中。就在左良玉大軍打算繼續東下之際，又出了一件意想不到的大事——左良玉突然死了。
弘光元年(1645年)四月四日，身患重病的大軍閥左良玉突然在戰船中吐血而死，留下了一個極其混亂的局面。
左良玉死後，眾將領共同推舉其兒子左夢庚繼承其軍權。左夢庚能力不咋地，但是他知道造反這種事，一旦開始就無法回頭，回頭只能是死，拼一把反而有可能活下去。於是，他硬著頭皮繼續指揮大軍東下，依然沿著左良玉的策略向南京城殺來。屋漏偏逢連夜雨，就在左良玉東下之後不久，又傳來了清軍南下的消息。
清朝攝政王多爾袞在擊敗李自成的大順軍主力之後，就有了滅亡南明的心思。特別當清軍將大順軍驅逐出陝西之後，多爾袞認為滅明的機會來了。
豫親王多鐸率軍出陝西流關，經洛陽、商丘一線，再向南攻取泗州、揚州，最終進攻南京城，南明弘光王朝陷入了更大的危機之中。在左良玉大軍東下、清朝大軍南下的危急時刻，弘光帝朱由崧召集群臣商討對策，馬士英在朝堂上大吼道：「爾輩東林，猶供口防江，縱左逆人犯?北兵至，猶可議款，若左逆至，則若輩高官，我君臣獨死耳!臣已調良佐兵過江南矣。寧死北，無死逆。」
也就是說馬士英把弘光朝的重要兵力部署都放在對付左良玉大軍上面，對清軍也有防禦，但是極其薄弱。
所幸，「江北四鎮」中的黃得功還對弘光朝比較忠心耿耿，他在荻港、銅陵等地率軍拼死奮戰，打敗了外強中乾的左良玉大軍。左良玉大軍兵敗之後，不敢再出戰，只能龜縮在九江一帶。
到了弘光元年(1645年)五月，多鐸率領清軍南下。
東林黨人黃澍眼見大勢已去，徹底撕下了「忠臣」的面具，勸左夢庚向清軍投降。左夢庚在其勸說下，於五月十三日率軍降清。
在明末稱雄一方的「楚鎮」左氏軍閥，至此宣告終結。
左夢庚投降後，清朝既優待又提防，將他編入漢軍正黃旗，除了跟隨英親王阿濟格率軍攻打降而復叛的姜瓖之外，再沒有被起用過，最終於1654年病逝。
值得一提的是，江西總督袁繼鹹在被左良玉大軍裹挾到清軍大營之後，拒絕清朝的高官厚祿，堅決不降清，於1646年被清廷殺害。
左夢庚、黃澍與袁繼鹹，降將與忠臣的鮮明對比，真是高下立判。
對於弘光朝的滅亡，不少人總是將著眼點放在清軍的進攻上。
但倘若沒有左良玉在關鍵時刻跳出來捅上一刀，弘光王朝在抵禦清軍時的勝算自然會大大增加，至少不會崩潰得如此之快。左良玉打著「清君側」的旗號起兵造反，讓弘光朝在對付左軍與清軍的兩線作戰中顧此失彼，可謂直接導致了弘光朝的滅亡。左良玉之所以會造反，固然有李自成的大順軍進逼的原因。
但實事求是地說，左良玉是一個既有軍事實力又有政治野心的軍閥頭目，在亂世之中試圖奪取權力才是他造反的最根本原因。而且，左良玉及其麾下的「楚鎮」軍閥是弘光王朝內部眾多派系中與東林黨關係密切的一派。對弘光朝廷極度不滿的黃澍等東林黨人在左良玉的「清君側」行動中無疑起到了巨大的推波助瀾的作用。
左良玉的「清君側」，其實是弘光王朝黨爭內鬥結出的惡果，算得上是南明內部權力之爭的一次大爆發。
戴名世《戴名世集》評價道：「嗚呼，南渡立國一年，僅終黨禍之局。東林、復社多以風節自持，然議論高而事功疏，好名沽直，激成大禍，卒致宗社淪覆，中原瓦解，彼鄙夫小人，又何足誅哉!」
戴名世的這段話，狠狠地諷刺了所謂的「正人君子」，所謂「氣節自持」的東林黨，明確的認為弘光朝的滅亡的主要原因就是東林黨所掀起的「黨禍」。