《藥師琉璃光如來本願功德經》共有三個譯本，分別為：
一、《藥師琉璃光如來本願功德經》唐三藏法師玄奘譯
二、《佛說藥師如來本願經》隋天竺三藏達摩笈多譯
三、《藥師琉璃光七佛本願功德經》唐三藏沙門義淨譯。
敘述曼殊室利菩薩啟請佛陀為在毘舍離國樂音樹下的諸大比丘、菩薩、國王、大臣等眾人，盛陳東方淨琉璃世界藥師如來的功德，並詳述藥師琉璃光如來因地所發的十二大願。
義淨三藏法師譯的這部《藥師琉璃光七佛本願功德經》，出自《大正藏》第 14 冊 No. 0451 。涵蓋藥師法門幾乎所有的內容，概括為藥師七佛五咒、十二神將祈福。這五個真言咒語分別是：
1、藥師灌頂真言（大家經常持誦的）
2、金色寶光妙行成就如來陀羅尼
3、佛說如來定力琉璃光陀羅尼
4、執金剛菩薩所說令無眾惱，所求滿足咒
5、七佛共說如來定力琉璃光咒
藥師七佛名號、十二藥叉神將等梵漢對照的內容，會在詳解藥師五咒時上傳。由於本經分上、下兩卷，內容稍長，所以在此僅先提供簡體注音版的《藥師琉璃光七佛本願功德經》讀誦內容。
香 贊
爐香乍熱 法界蒙薰
諸佛海會悉遙聞
隨處結祥雲 誠意方殷
諸佛現全身
南無香雲蓋菩薩摩訶薩
藥師三尊
南無藥師琉璃光如來（3稱）
南無日光遍照菩薩
南無月光遍照菩薩
南無藥師會上佛菩薩（3稱）
奉請八大菩薩
南無文殊師利菩薩
南無觀世音菩薩
南無大勢至菩薩
南無無盡意菩薩
南無寶檀華菩薩
南無藥王菩薩
南無藥上菩薩
南無彌勒菩薩
奉請十二藥叉大將
奉請宮毗羅大將
奉請跋折羅大將
奉請迷企羅大將
奉請頞你羅大將
奉請末你羅大將
奉請娑你羅大將
奉請因陀羅大將
奉請波夷羅大將
奉請簿呼羅大將
奉請真達羅大將
奉請招杜羅大將
奉請毗羯羅大將
南無本師釋迦牟尼佛（3稱）
開經偈
無上甚深微妙法
百千萬劫難遭遇
我今見聞得受持
願解如來真實義
藥師贊偈
藥師佛延壽王 光臨水月壇場
悲心救苦降吉祥 免難消業障
懺悔眾等三世罪 願祈福壽綿長
吉星高照沐恩光 如意保安康
贊十二藥叉大將
十二藥叉大將 助佛宣弘
五色彩縷結其名 隨願悉圓成
冤業冰清福壽永安寧