緣起
弟子阿難說：這本藥師琉璃光七佛本願功德經是我親自從佛陀那裡聽來的。在說此經的時候，佛陀週遊教化到了廣嚴城，行止到樂音樹下，與有德行的高僧及各弟子，約有八千人等共同活動。佛宣說本經時，聽眾裡有三萬六千大菩薩，其中曼殊室利菩薩、觀自在菩薩、慈氏菩薩、善現菩薩、大慧菩薩、明慧菩薩、山峰菩薩、辯峰菩薩、持妙高峰菩薩、不空超越菩薩、微妙音菩薩、常思惟菩薩、執金剛菩薩等大菩薩坐於上首。國王、大臣、祭師、居士、天龍八部、人、非人等，這些無量無數的大眾，都恭敬圍繞著佛陀，諦聽佛陀為他們宣說微妙法門。
這時，曼殊室利法王子承受了佛的威神之力，從自己座位中站起來，露出右肩，右膝跪地，兩手合掌，很恭敬地向佛行禮，然後讚嘆說：『世尊，現在有無數無量人天大眾為聽聞佛法緣故都已結集，唯佛從因地初發心至今經過無數無量塵沙數劫時間，眾佛國土您沒有不知曉的，請為我們現在及末法時期眾生發大慈悲心，演講開示諸佛的名號，及諸佛因地的本大行願、無邊殊勝功德，國土莊嚴，善巧方便，能夠使聽聞佛法的人，因此得以業障消除，直至證得無上菩提，永不退轉。』
曼殊室利代眾請法，世尊便讚嘆他說：『好極了！好極了！你以偉大悲憫心救拔那些受業障纏累的有情眾生，使他們解除種種疾病、憂悲、痛苦、煩惱，得利益安樂，以此緣故，勸請我廣說諸佛名號及本願功德，國土莊嚴。你是受了佛的威神之力加被、鼓勵，才啟請發問。你現在注意聽，並認真思考。我當為你們宣說。』
曼殊室利聽了，很歡喜地回答：『是的，世尊，願您述說，我們很高興地聽您宣說這些道理。』
佛告訴曼殊室利說：從我們娑婆世界向東方去，經過四倍恆河沙那麼多的佛國土，有一個佛國世界，名叫光勝。這個光勝世界佛祖的佛號：善名稱吉祥王如來、應、正等覺、明行圓滿、善逝、世間解、無上丈夫、調御士、天人師、世尊。有無量無數億的不退轉菩薩之所圍繞。此佛安然住于大寶勝妙莊嚴師子座上，正在講佛法。曼殊室利，那裡的佛國土清淨，莊嚴，縱橫廣闊百千逾繕那，用贍部金鋪地，平整柔軟，氣味芬馥，沒有地獄、餓鬼、畜生等惡趣，沒有塵世汙穢和男女愛欲，也沒有瓦礫、沙石、荊棘，街道上生長著繁茂的花果、寶樹，都用金銀、珍珠雜寶而砌飾的浴池。佛告曼殊室利，那個佛國的菩薩，都是七寶蓮花所化生，所以清淨的善男子和善女人都應發願，生於那個佛國。 佛告曼殊室利：那個佛、如來、應、正等覺從前修菩薩道時，在因地發八大願。這八大願是：
第一大願：我來世證得無上正等正覺時，若有眾生身受各種疾病折磨，痛苦不堪時，為熱病、外道法術、魘魅起屍鬼所害時，如能誠心誠意持我佛號，由此而得佛加持的緣故，所有的病苦全部消滅，直到證得無上菩提。
第二大願：我來世成佛時，若有眾生被盲、聾、喑啞或白癩、癲狂等病所困擾，如能一心一意持我聖號，受佛威德力之加被，諸根都會具足，眾病消滅，直到證得無上菩提。
第三大願：我成佛時，如眾生因貪嗔痴三毒所害，造了深重、沒有間斷的罪惡，誹謗正法，不修眾善，應墮地獄受眾多苦難，若能一心稱念佛號，於是佛之加被威力，能使無間罪惡及各種業障全部消滅，沒有眾生再墮惡趣三塗，而會得到人天殊勝的安樂，直至證得無上菩提。
第四大願：我來世成佛時，若眾生缺乏衣服、飲食、臥具、財物、各種珠寶、伎樂，如能誠心稱念佛號，由此功德力，使所缺少的生活資料都得到滿足，直至證得大菩提。
第五大願：我來世成佛時，如果有人犯了國法，身被枷鎖系縛，或受鞭撻及種種苦難，若能誠心稱我名號，由於得加被力之緣故，所有苦難都得解脫，直至證得大菩提。
第六大願：我來世證得無上菩提時，如有眾生在險難處受各種兇猛惡獸、熊、羆、獅子、虎、豹、豺狼、螈蛇、蝮蠍所侵害，生命將斷，受恐嚇大叫，受大苦難，若能憶念持誦我的聖號，以此殊勝功德力，所有恐怖全部得解脫，所有惡獸都會發起慈悲心，眾生常生安樂，直至證得無上菩提。
第七大願：我來世證得無上菩提時，若有眾生爭鬥，發生言訟，而生憂愁煩惱，如能誠心稱念我名號。由此得加持之威力，鬥爭、言訟得以和解，產生相互慈悲之心，直至證得無上菩提。
第八大願：我來世證得無上菩提時，如有眾生航行在江海中，遇到狂風惡浪，舟船處於危險之中，又找不到島嶼和海岸停靠，心生極大憂愁恐怖，若能專心憶念持誦我的名號，由我廣大威神力之加被，舟船都能隨眾生心願，行至安全、穩妥地方，並享受各種快樂，直至證成佛果。
佛告曼殊室利，這就是那個佛、如來、應、正等覺在行菩薩道時所發八種微妙大願。並且這個佛從因地初發心時經常以禪定力幫助成就眾生，恭敬供養各佛的莊嚴、清淨國土，菩薩的眷屬也都圓滿成就，此種福祿、功德是一般人想像不到的。 證得小乘極果的聲聞和獨覺，即使經過多劫那麼長的時間來說，藥師佛的功德也說不完。唯有下一生就能成佛的補處菩薩才能如實任解。 釋尊又告訴曼殊室利說，如有深具淨信的善男子、善女人、國王、大臣、長者、居士希望增長福德，斷除諸煩惱，持誦善名稱吉祥如來的名號、閱讀善名稱吉祥如來典著，恭敬、虔誠地供養善名稱吉祥如來，所有的罪惡、業障和各種疾病痛苦全都消失，眾生有情所有願求無不隨意滿足，直至證得無上菩提，永不退轉。
釋尊又告訴曼殊室利，從我們這個世界往東方去，過五倍恆河沙那麼多的佛國土，有一個佛國世界，名叫妙寶，其佛祖號稱寶月智嚴光音自在王如來、應、正等覺。有無數、無量億的菩薩圍繞著佛陀，聚精會神地聽佛宣講微妙的奧義。曼殊室利，那個佛在因地初發心修菩薩道時，發八大誓願，這八大願是：
第一大願：我來世證得無上正等正覺時，若有眾生經營農業、商業，使心思煩亂，不修菩提殊勝法門，在生死流轉中不得解脫，身受種種無盡痛苦、煩惱折磨，若能專心憶念，持誦佛號，由佛威神之力加被，衣服、飲食、生活物資、金銀財寶，隨願滿足，所有善根都得到增長，也不舍離菩提正法，各種惡道，都得解脫，直至證得無上佛果。
第二大願：我來世證得無上菩提時，在十方界所有眾生，如因寒冷、炎熱、飢餓、飲食等身受痛苦煎熬，若能誠心誠意稱誦我名，由佛大威德加持力的緣故，前生所犯的罪惡業果都消滅，脫離各種苦惱，享受人間、天堂無限快樂，直至證得大菩提。
第三大願：我來世證得佛果時，在十方界若有女人常被貪淫、煩惱覆蓋、纏繞其心，相繼而有身妊，深感厭惡，臨生產時，受到極大痛苦折磨，那怕暫時聽聞佛號或持誦我的聖名，由此功德威力加被，所有痛苦都消除，並舍女身而轉成男子，直至證得無上菩提。
第四大願：我來世證得佛果時，若有眾生，或與父母、兄弟、姐妹、妻子等眷屬親友，行至危險處，被賊所侵害，受各種痛苦，煩惱，暫時聽到我的名號，並至心持誦，由此威力加被，可以解脫各種苦難，直至證得無上菩提。
第五大願：我來世證得佛果時，如有眾生有情在黑夜中作各種事業，被惡鬼神擾亂，心生極大憂愁、痛苦，聽我的名號並專心稱念，由佛威德神力加被，黑暗變得光明，甚至各種惡鬼神也發起慈悲心，直至證得無上菩提。
第六大願：我來世證得佛果時，如有眾生作鄙劣惡事，不信佛、法、僧三寶，缺少智慧，不修習佛法，根本的戒、定、慧、真言都不修習，若能誠心誠意稱誦我名，由佛功德威神之加被的緣故，智慧逐漸增長，三十七道品都得修行學習，堅定信奉三寶，直至證得無上菩提。
第七大願：我來世證得無上菩提時，若眾生樂於修住於鄙劣不究竟的二乘道中，背棄無上勝妙究竟的菩提正道，如能專心稱念我名號，就能捨棄二乘之見，皈依無上正等正覺之菩提，精進不退轉，直至證成佛果。
第八大願：我來世證得無上菩提時，如有眾生劫難將盡，烈火將燃起時，心生憂慮、恐懼、痛苦、煩惱，而悲傷哭泣，這是由於其前身所做惡業的緣故，受眾多的痛苦，沒有歸依之處。若能專心稱誦我名，所有痛苦、憂愁都能消滅，得到清靜、涼爽的安樂，死亡之後，會生我佛國土上，由蓮華化生，經常修習大乘佛法，直至證得無上菩提。
佛告訴曼殊室利，這就是寶月智嚴光音自在王如來、應、正等覺在因地修習無上菩薩道時所發的八種微妙誓願。那個佛所居住的佛國國土廣闊博大、莊嚴、清淨，地面平整如手掌，美妙的樹木芬芳成行地排列，滿布萬紫千紅的鮮花，美妙的音樂飄灑、演奏，悅耳的鈴到處懸掛著，佛安坐在各種寶石裝飾莊嚴的獅子座上，各種珠寶砌飾的美妙的浴池，地面柔軟，沒有各種瓦礫。此佛土沒有女人，沒有貪嗔痴各種煩惱，都是不退轉眾多菩薩蓮花化生。只要思念一下，飲食、衣服及生活各種資具會隨自己的意願來到面前，所以名叫妙寶世界。
釋尊告訴曼殊室利，若有清淨、信奉佛法的男子、女人、國王、大臣、輔相、中宮的彩女，晝夜六時虔誠一心一意地恭敬供養寶月智嚴光音自在王如來，持誦聖號，並造佛像，香花、音樂、燒香、末香、塗香尊重奉獻，清淨莊嚴、整潔，在七天中持八戒齋，對諸眾生生慈悲心，希望生於妙寶佛土，那麼，佛世尊及眾菩薩會保護憶念修行人，一切罪業都能消滅，證得無上菩提，永不退轉。其貪嗔痴逐漸減少，沒有諸疾病痛苦，壽命增長，雖有稀罕之所求，也都能如願，爭鬥怨家仇人都生歡喜心，捨棄此身往生那個佛土，託蓮花化生；當投生的時候，戒、定、慧、真言都知曉。 寶月智嚴光音自在王的聖號，有無量功德威神力，若聽聞者，所有願望都能滿足。
金色寶光妙行成就如來四大願
佛告訴曼殊室利，從我們這個世界向東方去，經過六倍恆河沙那麼多的佛國土，有一個佛國世界，名叫圓滿香積，其佛祖號稱金色寶光妙行成就如來、應、正等覺，有無數億萬菩薩恭敬圍繞著，現在演說開示大乘佛法。曼殊室利，這個佛如來在因地修行菩薩道時，心發四大誓願，這四大誓願是：
第一大願：我來世證得無上菩提時，如有眾生有情從事各種屠殺、傷害生命的行業，由此惡業應受地獄苦刑，假設投胎為人，會短命，多疾病，或遭受水溺、烈火，為刀、毒藥所傷害，並受到死亡危險的痛苦，若聽聞我的佛號，專心持誦，由佛功德加被力之緣故，所有罪惡業障都能消滅，無病而長壽，不會遭受橫禍，直至證得無上菩提。
第二大願，我來世證得無上菩提時，若有情眾生作種種惡業，盜竊別人的財產，應當墮於地獄、餓鬼、畜生三惡道；假設投生為人， 會生在貧窮的人家，缺少衣服、飲食，經常受種種苦難，若能夠誠心實意稱誦佛號，由佛功德威神之力加被，使所有惡業全都消滅，衣服、飲食不會缺少，直至證得無上佛果。
第三大願：我來世證得佛果時，若眾生相互欺侮、傲慢，產生仇恨，若聽聞我佛號，誠心稱誦，由於佛功德力加被的緣故，眾生都生起慈悲心，相互尊重友愛如父母，直至證得無上菩提。
第四大願：我來世證得無上正等正覺時，若眾生被貪慾、嗔恚、愚痴所纏繞，不論出家僧尼或在家男女，七眾若毀壞如來制定的戒律，作種種罪業，應當墮於地獄中，受種種苦難的報應，如聽聞我佛號，虔誠憶念持誦，由於佛威神加被力的緣故，全部惡業都消滅，斬斷諸多煩惱，尊敬、奉持戒律，防備和保護身口意，造諸善業，永遠不會退轉，直至證得無上菩提。
世尊告訴曼殊室利，這就是金色寶光妙行成就如來、應、正等覺修菩薩道時在因地發四大微妙誓願。曼殊室利呀，那個佛如來所居住的佛土寬闊、博大、莊嚴、清淨，由各種寶石砌成平整的地面，散發著妙旃檀芬芳的香氣，各種香樹排列成行，處處垂掛著美妙的珍珠、瓔珞、摩尼等各種寶石，各種寶石裝飾浴池中，香水充盈，具備各種高尚功德，四周懸掛美妙的長幡、彩帶，八條街道寬廣、莊嚴，所有眾生都沒有各種煩惱和憂愁、悲哀、苦悶，也沒有男女欲愛。他們是住在此佛土的各位大菩薩們，不用吹奏而自然鳴唱奇妙動人的音樂旋律，都在宣講大乘微妙、深奧的佛法。若眾生聽聞此聲音，都能證得不退轉之無上菩提。
釋尊告訴曼殊室利，金色寶光妙行成就如來，由過去因地所發弘願，善巧方便，成就佛土，安住於完美莊嚴的菩提座位上，作這樣的想法，於未來世，若有眾生受貪、嗔、痴三毒纏繞，眾側逼身，怨仇人家得了便利，或遭橫禍身死，或做惡業，遭受惡報懲罰，墮地獄中，受苦難的煎熬，此佛看到苦惱眾生，為拔除罪惡業障，說此威力無比神咒，讓眾生領受憶持，於現世中，就能得到很大利益，脫離眾苦，安住於菩提道。於是演說大陀羅尼咒如下：
呾侄他 悉睇悉睇 蘇悉睇 謨折你 木剎你 目帝毗目帝 唵末麗毗末麗忙揭例 四嚂若揭鞞曷喇呾娜 揭鞞薩婆頞他 婆但你缽囉摩頞他娑但你末捺細 莫訶末捺細 頞步帝 頞室步帝 毗多婆曳 蘇跋泥去 跋羅蚶摩瞿俠祛跋囉蚶摩柱俠帝 薩婆頞剃數 阿缽囉匝帝薩跋呾囉阿缽喇底歇帝折睹殺 瑟致勃陀俱胝 婆俠帝 納摩娑婆 呾他揭多喃 莎訶
當佛說此威力無比大明咒時，眾中所有十方三世一切大菩薩，四大天王、釋梵王等齊聲讚美：『好極了，好極了，你以偉大的悲憫心，演說過去如來如此威力無比神咒，為拔除無量眾生的種種煩惱，使眾生獲最大利益，脫離苦海，到達不生不滅的境界，治癒疾病，使眾生所有願望都能滿足。
釋尊告訴大眾，如有清淨信仰的男子、女人、國王、王子、眾臣大官、太監、宮女想有稀罕的福德，對此神咒恭敬、奉持，若朗讀或背誦，為別人講解妙義，對諸眾生起悲憫心，虔誠地洗澡、淨衣，於晝夜六時中香華燈燭恭敬供養，守持八戒齋，誠心誠意地持誦此咒，所有極大無邊無盡的業障，全部消滅，在現在脫離各種煩惱，臨命終時，受眾佛保護憶念，則能在那個佛土託蓮花而化生。
無憂最勝吉祥如來四大願
釋尊告訴曼殊室利，此去東方，過七個恆河沙那麼多的佛國，有個世界，名叫『無憂』，有佛祖名『無憂最勝吉祥如來』、應、正等覺。現正為眾生講演大乘佛法。那個如來所居的佛國，地面寬廣遼闊，莊嚴、清淨，地平整如掌，以寶石砌成，國土精細、光滑、柔軟，飄灑著芬芳香味，沒有憂愁、痛苦聲音，脫離眾多煩惱，也沒有惡趣三塗及女人名，處處可見金砌的浴池中充盈著香水，花樹、果樹茂盛生長，排列成行，美妙音樂，不用演奏，自己鳴唱，就像西方阿彌陀如來的極樂世界一樣，功德莊嚴。釋尊又告訴曼殊室利，無憂最勝吉祥王如來、佛、世尊，在修行菩薩道因地發四大弘願。這四大願是：
第一大願：我來世證得無上菩提時，若眾生常常被憂愁、苦難所纏，不得解脫，如聽聞我的佛號，並誠心實意地憶念持誦，由於佛加持力的緣故，所有憂傷、悲哀和各種苦惱全部消滅，過安寧、康樂、長壽的生活，直至證得無上佛果。
第二大願：我來世證得佛果時，若眾生造作各種罪惡行為，生在無有間斷的黑暗地獄之中，受眾多痛苦、苦惱。由於前身聽聞我的佛號，這時，我身放光明，照耀受苦者，由於佛的加被威神之力，而見到光明，所有業障全部消滅，解脫各種痛苦，而生在人、天道中，隨其意願，享受歡樂，直至證得無上正等正覺。
第三大願：我來世證得正等正覺時，若眾生造作殺人、偷盜、邪淫等眾多惡業，在他的現身受刀杖、鞭撻的痛苦，應當墮入惡趣三塗，假設投生為人身，會短命多病，生於貧苦、低賤家中，衣服、飲食全部缺少，經常受寒冷、炎熱、飢餓、口渴等眾苦折磨，身體無光澤潤滑，所遇到的眷屬都不善良賢慧，若聽聞我的佛號，專心持誦憶念，由於佛加持之威神力的緣故，隨眾生的願望，飲食、衣服都會豐足，像諸天神的身體光澤可愛，得到善良的眷屬，直至證得無上佛果。
第四大願：我來世證得無上佛果時，若眾生被藥叉等各種兇惡鬼神糾纏、擾亂，奪取眾生精氣，受痛苦、煩惱折磨，如聽聞我的佛號，並專心持誦憶念，由於佛的加被威神之力，眾藥叉都倒退、散離，並生起慈悲之心，解脫眾多苦難，直至證得無上正等正覺。
佛告訴曼殊室利，這就是無憂最勝吉祥如來、應、正等覺所發四種微妙殊勝誓願，若眾生聽聞我佛名號，晝夜六時誠心誠意地恭敬禮拜、供養、持念佛號，使眾生生起慈悲心，業障消滅，解脫憂愁苦痛無病長壽，得到宿命通的智慧，將在無憂佛國，託蓮花化生，並得到眾多天神的保衛、愛護。佛又告訴曼殊室利，持誦那個佛的名號（無憂最勝吉祥如來）能生這些無數無量的福德，而這佛國世界偉大弘願，莊嚴殊勝的功德，聲聞、獨覺乘，是不能理解的。只有如來、應、正等覺能夠知曉理解。
法海雷音如來四大願
釋尊告訴曼殊室利，從我們這個世界向東方去，經過八倍恆河沙那麼多的佛土，有一個佛國世界，名叫法幢，號稱法海雷音如來、應、正等覺，現在正演說大乘佛法。釋尊又告訴曼殊室利，這個佛、世尊所居住的佛土清淨無煩惱，地面平整，由玻璃寶所成，處處充滿光明，香氣芬馥，用帝青寶作成城廓，由金銀砌為八條寬廣大道，樓閣、宮殿、小樓屋上飛簷及窗戶、欄楯，都由各種寶石裝飾，處處天香寶樹，排列成行，樹枝上懸掛著天繒彩帶。隨處可見垂下的寶鈴在微風吹拂下演奏美妙動聽樂章，都在讚頌佛法的無常、苦、空、無我。眾生聽聞，舍離欲望糾纏，壞習氣逐漸消除，證得甚深禪定。美妙奇異香花，紛紛落下。此佛土四面有八浴池，底布滿金沙，香水彌滿。釋尊又告曼殊室利，那個佛土無諸惡趣三塗，也無男女欲愛，都是蓮花化生，沒有煩惱。佛如來在修行大乘菩薩道時，在因地發四大誓願。這四大誓願是：
第一大願：願我來世，證得大菩提時，若有眾生不幸失去正見，誤入邪門外道，不能清淨信奉佛法僧三寶，遠離究竟無上的菩提心，只要聽聞我的佛號，並誠心誠意持誦，由於佛加持力的緣故，無明邪門外道迅速消滅，深信並皈命三寶，安於佛法正見，永不退轉，直至證無上菩提。
第二大願：願我來世究竟證得大菩提時，若有眾生，生於邊隅之地，遠離佛法正見，親近惡友，造種種惡業，不修善業，從不聽聞三寶名字，命終之後受報，墮入惡趣，那些眾生暫時聽聞我名，由佛的加被力的緣故，所有業障都會消除，轉而親近善知識，而不墮惡趣，直至證得無上佛果。
第三大願：將來我成佛的時候，若有眾生飲食、臥具、醫藥、生活所需都很缺乏，由此原因而心生憂愁、苦惱，為尋求飲食而造眾多惡業，若聽聞我的佛號，專心憶念，由於佛的加持力，所有缺乏的資生用品，隨願都能得到滿足，直至證得無上正等正覺。
第四大願：將來我成佛的時候，若有眾生，因先世的罪業受報，相互仇恨爭鬥，損害利益，以弓箭、刀杖相互傷害，若聞聽我的佛號，專心持誦憶念，由佛的加持力，使相互對立雙方都生起慈悲之心，不相損害，罪惡念頭不再生起，即使以前欲害其性命的冤家，也常行喜心、舍心，直至證得無上菩提。
釋尊告訴曼殊室利，這就是法海雷音如來、應、正等覺在修行菩薩道因地所發四種微妙弘願。若有信心的清淨善男子和善女人們聽聞那個佛名號，專心恭敬，殷勤供奉持誦，業障迅速消滅，正法、菩提之心永不退轉，具有宿命通智慧，所生之處常能看見佛，聽聞佛的教誨，無病而長壽。命終之後生於佛土中，衣服、飲食、生活資具隨念都來，不會缺少。佛又告曼殊室利，此佛世尊具有如此無量無邊功德，所以眾生應當常常憶念受持，不得忘記和失去。
法海勝慧遊戲神通如來四大願
釋尊告訴曼殊室利，從我們這個世界，向東方去，經過九個恆河沙那麼多的佛國，有個世界名叫善住寶海，有佛祖名法海勝慧遊戲神通如來、應、正等覺，現正在演說大乘法門。曼殊室利，那個佛如來在修行菩薩道時，在因地發四大弘願，這四大願是：
第一大願：願我來世證得無上菩提時，若有眾生造眾多惡業，種植耕耘，損害生命，或經商欺騙別人，在戰場上以兵戈殺害他人，若聽聞我的佛號，專心持念，由於佛加被之緣故，生活資具不用靠營生而求，隨心願皆得滿足，常修眾善行，直至證得無上佛果。
第二大願：願我來世證得無上佛果時，若有眾生造十惡業、殺生等罪惡，由此惡業故應墮地獄受苦，若聽聞我佛名號，誠心持誦憶念，在十善道中修行，都能成就，不至墮入惡趣三塗，直至證得無上菩提。
第三大願：我來世成佛時，若眾生於煩惱中，失去自由，被他人捆綁，或犯法被監禁，被鐐銬、枷鎖系縛，身受鞭撻，甚至將受殺戮極刑時，若聽聞我佛名號，一心皈依持誦，由我佛的慈悲、福德和威神之加被，所有災難，困苦都能解脫，直至證得無上菩提。
第四大願：願我來世得正等正覺時，若有眾生造種種惡業，不信奉佛法僧三寶，追隨虛假、違背正理的知見，親近邪門外道，誹謗詆毀佛經，宣傳邪說非理，恭敬奉持外道典籍，不但自己作，還教別人誤入歧途受其迷惑，應墮地獄，無有出頭之日；假設投生為人，生於八難處，遠離佛法，盲目，沒有智慧。這樣的人若聽聞我佛聖號，誠心誠意持誦信奉，由於佛加持之故，命終之時，佛法正念顯現，苦難速得解脫，常投生於佛法盛行之中國，享受殊勝美妙音樂，直至修成佛果。
佛告曼殊室利，這就是那個佛、如來、應、正等覺修行菩薩道在因地所發四種殊勝微妙誓願。曼殊室利，那個佛國土功德巍巍莊嚴，與上面妙寶世界、寶月智嚴光音自在王如來世界相同，沒有差別。
藥師琉璃光如來十二大願
釋尊告訴曼殊室利，從我們這個世界，向東方去，經過十倍恆河沙那麼多的國土，有一個佛國世界，名叫淨琉璃，有佛祖名叫藥師琉璃光如來、應、正等覺。曼殊室利，那位世尊從前修菩薩道，在因地發過十二大願。這十二大願是：
第一大願：願我來世證得無上菩提時，自身能放射大光明，熾然照耀無量無數無邊世界，以三十二相，八十隨形好，圓滿莊嚴自己的德相。使一切有情眾生，皆如自己一樣，平等沒有差異。
第二大願：願我來世，究竟證得大菩提時，身相猶如琉璃寶，內外都極明亮清徹，光明廣大遍滿各方。佛身的光明熾盛，光光相照，形成一種莊嚴的焰網，勝過於世間的日月之光。 藥師如來的身光，照及幽冥的苦惱眾生，眾生得到佛光的照耀，就得到開曉，就可隨自己的意趣，做他所樂意做的種種事業。
第三大願：願我來世證得大菩提時，以無量無邊的智慧方便，生產多量的受用物質，使一切有情眾生，凡有所需求的，皆能夠受用無盡。
第四大願：願我來世證得大菩提時，若有不信善惡因果，作殺盜淫妄種種罪惡，不幸失去正途而誤入邪道者，都要使他們的心志能永遠安住於菩提正路中。此外，若有行聲聞、獨覺的小乘行者，都要以大乘究竟法門令他們安住，得以永不退轉。
第五大願：將來得菩提時，若有諸多的有情眾生，於我藥師佛的正法中，修行清淨的行為，我要成就他們都能圓滿受持戒律。佛法中受戒，先是未受令受，已受的令守。受了戒以後，也有不少人不能清淨嚴持。犯了戒，要知道懺悔。如有所犯而不知懺悔，即難得清淨。所以藥師如來本願，更進一步地說：設有眾生毀犯了禁戒，但由於聽聞了我佛的名字，並且一心一意的持佛聖號，對過往錯失，至誠發露懺悔，禮拜，供養，時時攝心於佛號佛德上，久而久之，罪業自然消除，內心感受佛的光明，恢復了本來的德行清淨，乃至菩提。
第六大願：願我將來成大菩提時，如諸多有情眾生的身體有種種畸形、五官有所欠缺殘廢，外表醜陋，內心魯鈍，不懂事理，眼瞎耳聾、聲音嘶啞不能說話，兩手攣曲，兩足跛行或有駝背，患了大麻瘋或神經反常，為這些病痛所纏身，若聽了我藥師如來的名號，一心稱念，或禮拜供養，蒙藥師如來功德威力的加被，皆可得到救治，令身相醜陋的轉為端正，諸根缺損的，也都完備起來，各種病苦得以去除而獲痊癒。
第七大願：願我將來成佛的時候，若有諸多的有情眾生，處境貧窮困苦，沒有歸託，受到多種病的逼迫，又無醫無藥，這時如稱念藥師如來的名號，眾多病苦便可消除。親屬朋友逐漸增多，資生之具，全部具足，身心安樂，直到證得佛果。
第八大願：若有女人，為女身的眾多苦惱所逼迫，而極其痛切，產生了厭離心，願意捨棄女身，若能聞我藥師如來的名號，一心稱念，禮敬供養就可以轉女成男，具足大丈夫相，直到證得無上菩提。
第九大願：將來我成佛的時候，要使諸多有情眾生，都能出離惡魔的罥網。如有眾生受了種種邪見的纏縛，藥師佛也要用各種善巧方便，導引攝受，使之能安置於佛法的正見之中，漸令修習四攝六度等諸菩薩行，從而能證得無上正等菩提。
第十大願：是藥師如來在因地中，發大慈悲之願，濟拔犯法受禁的眾生。他說：若諸有情，因犯罪或受枉而為王法所拘，被幽禁於牢獄，帶上枷鎖受到鞭打乃至於極刑，身心感到眾多的苦楚，逼切憂惱沒有一時一刻的安樂。悲心深切的藥師如來，愍念到眾生的苦痛，所以說：受這些刑罰災難的有情，若聽到我藥師如來的名號，由於我的圓滿福德力，與廣大威神力加被他們的緣故，便能得以脫難，解除一切憂苦，直到證得正等正覺。
第十一大願：將來我成佛時，若諸有情生活困難，為饑渴所逼迫苦惱，為了求食的緣故，不擇手段而造下了重大的諸惡業。對於這種為環境所迫，貧窮得實在沒得吃，沒得穿，就需要從經濟方面加以解決，藥師如來因此發大願，對於那些無衣無食的眾生，若得聞我的名字，依照佛的開示，專心稱念，信受奉持，那麼我當先以上妙的飲食飽足其身，然後進一步，以無上的佛妙法，使他們用心領會，安住於無限的勝情歡樂之中，乃至成就無上菩提，也即是得到究竟解脫樂。
第十二大願，希望將來成佛時，若諸多的有情眾生，有的因為貧窮，沒有衣服穿，也沒有被褥帳子，為蚊虻所苦，冷天無衣禦寒，熱天也無衣遮體，這樣的晝夜逼惱，不勝困苦。若聞我藥師如來的名號，專心稱念，信受奉持，那麼，即能如其內心所好，可以得到種種上等美妙的衣服，亦能得到首飾、寶石等裝飾的物品，還有娛樂的用具，花蔓、塗香，皆能得到滿足，脫離諸多苦惱，乃至達到菩提。
釋尊說完了藥師如來的十二大願，又對曼殊室利說：這是藥師琉璃光如來、應、正等覺，在因地行菩薩道時所發的十二微妙上願。
這時佛告訴曼殊室利說：那東方淨土的世尊藥師琉璃光如來，在因地修行菩薩道時，所發的廣大悲願，及成佛時，彼佛所有國土的殊勝功德，清淨莊嚴，我就是用一劫或超過一劫的時間，也是說不詳盡的。藥師如來的淨琉璃世界，一向都是清淨的，沒有各種世欲的汙染，也沒有女人苦痛及三惡趣苦惱的聲音；換言之，東方藥師樂土，一切都是大丈夫，沒有男女相，一律平等；無惡趣，一切惡趣都是罪惡所感，而往生淨土的眾生，都已消除業障，善根具足；由此，也就沒有苦痛的聲音。
藥師如來的國土，地面是由琉璃寶所成，通明透亮；城臺、樓閣、宮殿和房屋的飛簷以及窗戶羅網都由七種寶物所飾成，一切功德莊嚴，與西方的極樂世界同樣美好。在藥師佛的國土中，有二菩薩輔弼，一名日光遍照，二名月光遍照，在那裡的眾多菩薩中列為上首，能夠持修藥師佛的正法寶藏，由於這個緣故，曼殊室利，凡是對藥師法門有信心的善男子、善女人等，應當立定志願，求生彼藥師佛的淨琉璃世界，不但資生物是無限的豐富，大眾是非常的和樂，而且能受佛的教化開導，這樣的法門，在十方淨土中，也是難得希有的，應當發願往生才是。
藥師如來，依過去因中的本願力，及現證佛果的無邊功德，救度一切苦難眾生。度生主要是慈悲，而慈悲是內生的，須有高度的善巧方便，才能表現出來。這裡講的是另一大段，釋迦複次告訴曼殊室利：若有眾生不能辨識善惡，只懷著貪惜之心，不知布施和布施的果報，這實際是愚昧，缺少智慧，也沒有信仰三寶四諦之心，只知多去積畜財物，辛苦地對這些財物勤加守護，若見貧窮的人向他乞求衣食，就從心裡厭煩而不喜歡。在不得已時行些布施，就如同割了他的身肉一般，深生吝惜。更有那些無量數的慳吝之人，只知積集資財，對於自身尚且捨不得受用，何況能去供養父母妻子和家裡的傭人以及前來乞討的人？這樣的人等到從這個世界命終之後，必定要生餓鬼中或者是墮落於畜生。對於上述因貪吝而墮入惡趣的眾生，由於往昔在人間的時候，曾經聞過藥師琉璃光如來的名號，有意或無意中稱念過，在心中留下了種子。所以當他墮入惡趣之中時，忽然憶得彼佛如來的名號，生恭敬心，至誠懇到皈向如來。憑此稱念如來聖號的功德，即在這一念時，從彼三惡道中，還可以得受生人中，得到宿命智，念及畏懼惡趣之苦，徹底改變以往過失，不再為自己好樂私慾之樂，而能有利於他人，好行惠施，也讚嘆別人的布施，對自己財物無慳吝心，漸次還能以自己的頭、目、手、足、血肉、身分施於來乞者，更何況身外的財物？
釋尊又告訴曼殊室利說：像這些眾生，雖然歸依世尊受持諸種戒律，卻破壞了戒律威儀，毀壞了正見；對有持戒正見的人，又不求多聞，不多求知識開示，這樣，對於佛所說的契經的深奧義理當然不能了解。有的人雖然不放棄多聞，卻起了驕慢之心，覺得自己是對的，而認為別人不對。他是誹謗了正法，而成為魔鬼的夥伴了。像這樣的愚人，不但自己行於邪見，還會使無量百千億數的人墮入邪見的大險坑。這些人墮入地獄，傍生鬼道，受盡苦楚。若是聽到這藥師琉璃光如來的名號，由於如來的本願威力，在地獄中憶念佛的名號，就能從那些惡道中命盡而還生於人間，得到了正見，繼而精進修行，善能調服內心的意樂，進而舍俗出家，在如來的正法中，受持種種戒律，沒有毀壞冒犯，而且起正見，求多聞，了解契經的甚深義理，遠離驕慢之心，不再毀謗正法，不作魔鬼的同伴，這樣漸漸一步步地修行諸菩薩的六度萬行，乃至功德智慧都能獲得。
釋尊又告訴曼殊室利說：假若這些眾生，慳貪忌妒，稱讚自己、毀謗別人，命終之後就會墮入三惡道中，歷經久遠，受盡諸多的劇烈苦楚。從那裡受完了劇苦之後，命終又降生到人間，或作牛馬駝驢之類，常被鞭打，忍受饑渴纏心，身體常為人背負重擔，困苦疲勞之極；即使可以降生為人，也還是居於下賤的地位，受他人的驅役使喚，總是不得自由。然而這些眾生，若是在前世身為人的時候，曾經聽聞世尊藥師琉璃光如來的名號，就因為這以前的善因，現在又憶念起如來，並且一心一意地皈依藥師如來，這時，佛便以偉大的神力，使眾苦得到解脫，而且會使所有的根器變得聰利，智慧多聞，知道常常求取上勝的佛法，常常會遇到好的朋友，永遠斷除了魔外的邪見羅網，突破無明的蒙蔽，使煩惱的河流枯竭永不沉溺，解脫一切生老病死憂愁苦惱，乃至菩提。
釋尊又告訴曼殊室利說：好生是非，喜歡互相乖違離間，以致更相互諍訟，惱亂自己，又惱亂他人，以身、語、意造作種種惡業，展轉報復，常為不利於人的事，並且互相謀害對方，如禱告山林樹木以及冢墓間的鬼神，請他們代替報復；或殺牛羊雞等眾生，取其血肉，祭祀藥叉、羅剎神等惡鬼；或書寫仇人的名字，用草木作其形象，以惡毒的咒術咒詛他；或以邪術蠱道相害，對死屍念咒，使屍首活動起來，去斷送仇人的性命，傷害他的身體。像這類受人毒害的有情，若是得以聽到藥師琉璃光如來的名號，便可承其慈悲威力，使那惡緣都不能為害，所有一切的惡意也都消解了，彼此之間展轉慈心相處，而能相互增進種種利益，大家得到安樂，相互之間不再存有損惱意和嫌恨心，對於自己所受的果報，即使困難艱苦，也能產生歡喜滿足之心。
釋尊又告訴曼殊室利說：若有四眾佛弟子——比丘、比丘尼、近事男、近事女，以及其他淨信佛法的善男子、善女人等，這些佛弟子有的能受持八支齋戒，或經一年之久，或於一、五、九三個月內，受持可學之處，以此受戒善根，有的願意往生西方極樂世界，見無量壽佛，聽聞彌陀如來及諸大菩薩開示正法，而未到根本定的眾生，若是能聞得世尊藥師琉璃光如來的名號，至心持念，臨到命終時，即有八大菩薩——其名稱文殊師利、觀世音、得大勢、無盡意、寶檀華、藥王、藥上、彌勒——這八大菩薩乘空而來，指示眾生往生淨土的道路，往生東方淨土的眾生，就在各種不同顏色相雜的寶華中，能夠自然化生。或有眾生，因為得聞藥師如來名號，以此功德而生於天上。雖生天上受天福，而本有的生天善根也無窮盡，不會再墮於地獄等惡趣中。等到天上的壽命盡了，再降生人間，或者作為輪王統攝天下，威德極大，如意自在，能夠勸化無量數的百千眾生，在十善道中進行修行學習。或者生為剎帝利、婆羅門、居士、貴族，財寶很多，倉庫充盈，形象生得端正莊嚴，眷屬也都具足昌盛，具有聰明智慧、勇敢健強威猛無比，如同大力士那樣；如果本來是女人，得聞藥師琉璃光如來名號，至心領受奉持，便能於後來不再生為女身，以大丈夫身精進修行，向於佛果。
釋尊又告訴曼殊室利說：那東方藥師琉璃光如來，當他成佛時，由於菩薩因地所發的本願力—欲慈濟一切眾生的苦難，尤其是病苦，所以便以慧眼觀察眾生的病況，眾生所遭遇的種種病苦，有瘦瘧、幹消、黃熱等病，或被人用邪術暗中算計，使其神魂顛倒；或被蠱毒所中，而喪失生命；眾生遭受這些病患與毒害，可能減短壽命，或死於非命。藥師如來發大慈悲，要使眾生一切病痛苦難皆得消除，因此眾生向藥師佛祈求消災延壽的心願，能夠得到滿足。那時候，藥師世尊首先入定，叫作『滅除一切眾生苦惱』定。藥師如來入定後，即於肉髻中放出大光明，在光明中演說大陀羅咒如下：
南謨薄伽伐帝 鞞殺社窶嚕薜琉璃 缽喇婆 曷囉闍也 怛他揭多也 阿囉歇帝 三藐三勃陀也 呾侄他 唵 鞞殺逝 鞞殺逝 鞞殺社 三沒揭帝 莎訶
向來以為咒是秘密藏，持念就好，不可求解這是因為咒義重重無盡，執一解就不圓滿；其實大部分咒語還是可以作些基本解釋，只有極少幾句在可解與不可解之間。此咒上半講的是皈依世尊藥師琉璃光如來、應供、正等正覺，祈求加被；下半是說用藥治療一切眾生病苦，希望立即經過普度迅速得到成就，解除病痛。
此咒大意為：皈命世尊藥師琉璃光如來、應供、正等正覺。即說咒曰：嗡！藥之，藥之，藥，普遍救度，迅速成就。
當時，藥師如來在光中說了此咒之後，大地都震動起來，而且普遍的放大光明，照耀一切眾生，使一切眾生的病苦皆得消除，過著安寧康樂的生活。釋尊又告訴曼殊室利：若是看見男子或是女人，染到種種病苦，就應當一心為那病人，虔誠持誦藥師如來神咒，為病人持誦此咒時，必須洗澡嗽口，常保持身口的清淨。然後用病人吃的食物，或所服的藥湯藥丸，或用無垢的清淨水，對著這些東西，持咒一百零八遍，然後給予病人服食。這樣，病人所有的病苦便可皆得消滅。若有其他要求，能至心念誦藥師神咒，也能夠得到佛的加被護佑，得以無病延年，而且命終之後，憑此咒的神力也能展轉引發功德，往生東方琉璃世界。只要往生東方淨土，絕對不退轉，乃至證得究竟大菩提果。以此之故，曼殊室利，若有男子或女人，對於那藥師琉璃光如來，能至心殷實尊重，恭敬供養的，那麼他對於此藥師咒，應當常常受持誦念，不要讓它廢棄忘記。
釋尊又告訴曼殊室利：『若對佛法有清淨心的男子和女人，得聞以上藥師七佛、應供、正等覺等名號，聽聞之後，應恭敬持誦。早晨起來首先就得嗽口、刷牙、沐浴，使身心清淨，然後敬獻各種芳香的妙花，燃燒用的名香、塗身的香膏，以及作眾伎樂，供養藥師如來的形像。對於此《藥師七佛本願功德經》，要供養受持，或自己書寫，或教別人書寫，一心受持，使聽聞者都深知其義。對於宏揚此法門的法師，也應當廣修供養，凡是生活上所需要的一切，所有賴以為生的器具，都要全部施捨給與，不要使這些物資缺乏短少。這樣便能得到十方諸佛的護念，使所求的願望，都能圓滿實現，乃至悟證無上菩提。』此為修供養行。
這時曼殊室利稟告佛說：『世尊！我當發大誓願，要於像法之時，以種種善巧方便，使一切有清淨心的善男子、善女人等，大家都能得聞藥師琉璃光七佛如來名號，甚至在睡夢中，也得以聽聞藥師佛的名號，而有所覺悟。世尊：若有人對於此《藥師七佛本願功德經》，能領受經義，持念不忘，閱讀背誦，或者為他人演說開示，或自己書寫此經，或教別人書寫，對於法寶總生恭敬心，尊重心，要以種種花香、塗香、末香、燒香、華蔓、瓔珞、幡蓋、伎樂等供養。還要以五色彩緞，作成囊袋盛置藥師經，然後將住處灑掃清淨，敷陳設置高座，用作供壇，安放經典。那時四大天王及其眷屬，以及無數百千天眾，都到這個道場來供養守護』。
曼殊室利又接著說：『世尊！若是此《藥師七佛經》寶流行的地方，有人能夠恭敬受持，以那藥師七佛如來的本願功德力，並且又聽聞藥師七佛名號，那麼在藥師七佛經寶流行的區域內，不會有死於非命的，同時也不會被其他邪神惡鬼奪去他的精靈之氣。假設精氣已經被奪的，也會恢復健康，如同正常時候一樣，身心安樂。』
世尊對曼殊室利說：『是這樣的。沒錯！如你所說的。』接著又說：『曼殊室利，若有淨信善男子及善女人等，想要供養那藥師七佛如來，應該首先敬作藥師七佛的形像，然後在高處敷設清淨的供桌安置佛像，在所供的佛像前，應該供奉種種花，焚燒種種香，並以種種幢幡來莊嚴供佛處，如此七日七夜，受八分齋戒，吃清淨的食物，沐浴更衣，保持芳香清潔，並隨時保持衣服的清淨。還有內心必須清淨，不生一點垢穢妄惑煩惱的心念，不發怒，也不存有害人之意。對一切眾生要心懷利益安樂，慈悲喜舍之念頭，擊鼓作樂，喝念贊偈，由右而左，恭敬地繞著藥師佛像，還要內心憶念藥師如來所有功德。讀誦《藥師經》時，要深深地思惟，以求理解其中精華奧義，然後才能為人演說開示。隨眾生所樂意追求的，求長壽的得長壽，求富饒的得富饒，求官位的得官位，求子女的得子女，一切都能如其所願。若是有人在睡覺時忽然作惡夢，看見種種惡相，或不祥的惡鳥來聚集家中，或者在住所百種怪異的現象出現，遇怪異現象擾亂的人，若能夠以各種美妙資具，恭敬供養那藥師七佛，那麼所有惡夢、惡相等不吉祥的現象，就會全部隱藏消失，不能成為危害我們的禍患。或有水災、火災、刀災、毒害，或身處絕崖峭壁，容易失足墜落，遇到惡象獅子，猛虎兇狼、熊、人熊等兇猛的野獸，還有毒蛇、惡蠍、蜈蚣、蚊虻等可怕的毒蟲，眾生若能一心一意念藥師七佛，恭敬供養，一切恐怖、可怕的災難，都能得到解脫。若遭遇外國侵擾，或盜賊造反叛亂，若能憶念恭敬藥師七佛，這些內亂外患的災難，都能得到解脫。』
世尊又告訴曼殊室利說：『若有淨信善男子，善女人等，從皈依三寶起，到壽終為止，不事奉、信仰其餘天魔外道，只有一心一意皈依佛法僧三寶，受持禁戒，如五戒、十戒、菩薩四十三戒，比丘二百五十戒、比丘尼五百戒，在所受的各種戒律中，無論是任何一種戒，或有觸犯毀戒的，當然會怕墮入惡趣。其人若能悟道，及時專心稱念藥師七佛的名號，以及恭敬供養，那麼必定不會墮於三惡趣之中。或有女人臨生產的時候，受到極大的苦痛，若能至心稱名禮讚、恭敬供養藥師七佛如來，一切生產的苦痛，可以全部消除，而她所生的子女，形貌色相端正，凡看見的都心生歡喜，並且天性敏利、聰穎明慧，從小至大，少有疾病，安隱快樂，沒有夜叉、惡鬼等非人來奪其精氣，容易撫育成人。』
那時，世尊告訴阿難說：『以上我所稱讚宣揚那世尊藥師七佛如來所有的功德，是十方諸佛極廣極深的境界，在一般眾生是最難以了解的，你聽了可相信麼？』阿難向如來佛稟告說：『大德世尊，我對如來所說的佛經，深深信受，絕不產生任何疑惑。這是為什麼呢？因為如來的動身發語，以及起心動念，一切身、口、意三業妙用，無非是清淨法界的等流，無非是智慧慈悲的表現。』他又接著說：『世尊，縱使天空的日月輪，可以令它墮落下來，地上的妙高山（須彌山）可以使它傾倒移動，而諸佛所說的話，絕對真實不虛，沒有一點變動的。世尊，有些眾生，因為信根不具足，聽說諸佛的奧秘境界，便作這樣的想法：憑什麼理由，只念藥師七佛名號，就能夠獲得那麼多的微妙功德和殊勝利益？由此疑惑不信，繼而更生出種種誹謗，這樣的人會在漫長的生死長夜中，得不到佛陀慈光的照耀，一切福德智慧無由滋長，失去了極大的利益安樂，永遠墮落三惡趣中，流轉無窮，求出無期』。佛告訴阿難說：『這些眾生，若是聽聞藥師七佛名號而起淨信，一心受持憶念，不生絲毫疑惑；如果這樣而還會墮於惡趣，這是絕無可能的。至於那一定受報的不可扭轉的業果，則當別論。』
世尊又說：『這以上所說的藥師七佛的無邊功德，是諸佛所行奧妙的境界，一般眾生難以相信、了解，而你現今卻能深信受持，當知此是如來慈悲威力的加被。』『所有證得小乘極果的聲聞和獨覺，以及未登初地之前的諸菩薩等，也都同樣不能真實地確信和徹底地體認。只有下一生就能成佛的補處菩薩，才能如實信解。』釋尊又進一步說明：『在生死輪迴中，人身是非常難得的。能於三寶中，起信敬重，也是非常難得的。能聽聞世尊藥師七佛的名號，更是極難得的。』『那藥師七佛如來，為什麼有那麼大的功德？因為，在過去菩薩因地中，修無量的菩薩行，發無量的廣大願，所以成佛以後，即有無量的善巧方便，慈濟一切眾生，並使之離苦得樂。我即使以一劫，或一劫餘那麼長的時間，來廣說藥師七佛如來的無量行願和善巧方便，也說不完；因為劫的時間雖長，而究竟是有限的，而藥師七佛的廣大弘願，及其善巧方便，卻是沒有窮盡的，怎麼說也說不完。』
當釋迦如來開示結束時，在法會的聽眾中，有一位菩薩摩訶薩名叫『救脫』，他露出右肩，右膝跪地，兩手合掌，很敬重地對如來佛行了一個禮，然後稟告說：『大德世尊，到佛滅千年後，像法時期，有一些眾生善根微薄，業障深重，為種種病患所困厄。一病就是數月或數年，羸瘦如柴，不能飲食，越病越重，喉朧口唇，由於熱度高，因此幹臊焦破，不能說話，眼見東西南北諸方黑暗來侵襲，種種死亡的現象出現眼前。臨死時，其父母兄弟、妻兒等親屬、朋友、師長等，圍繞著病人啼哭啜泣。病人在垂危之際，雖然自身還是臥在病榻上，但卻看見琰魔王的使者來拘引他，把病人靈魂拘引到琰魔王跟前，聽候審判。我們每個人一生下來就有一個俱生神，形影不離地跟蹤著，隨我們所作的事情，無論是罪是福，是善是惡，皆絲毫不遺漏地完全記錄下來，待我們命終之後，便原原本本將之全部授與琰魔法王。這時琰魔法王就依著記事簿冊，審問那個拘去的人，並且計算他平生所作的事，看到底是善多，還是惡多？然後隨其罪福輕重，而處決判斷他該受何種業報，病人的父母親屬師長朋友等，要誠懇為他皈依世尊藥師七佛如來，依法恭敬供養，那病人的神識經過七日，或十四日，或四十九日，得以還復甦醒過來，生命得以延長，如同從大夢中醒來，恢復原本的精神一樣。病中所夢見皆歷歷分明，能一一記憶，並確切明了善業與不善業所應受得的果報，由自身歷其境，確實證見到業感果報的緣故。所以從此以後，不但平時不做越軌的非法行動，乃至遇到有人威脅他的生命，逼他作惡時，也寧可犧牲生命，不願造作任何惡業。因此，凡對藥師七佛有淨信的善男子、善女人等，都應該受持稱念藥師七佛如來名號，隨自己的力量，儘自己所能去做，恭敬供養藥師七佛。』
這時，阿難問救脫菩薩說：『善男子，應該依什麼方法恭敬供養此藥師琉璃光七佛如來？』救脫菩薩答覆阿難說：『若有病人及有災難之人，要想脫離危難、病苦，親屬朋友或相識，應當代替他，七日七夜受持八分齋戒，同時，應以種種清淨飲食，及其餘各種資生用具，隨力量所及，多少不拘，隨分供養佛及比丘僧。又於晝夜六時中虔誠禮拜，恭敬供養藥師琉璃光七佛如來，專心誦讀此藥師經四十九遍，燃四十九盞燈，造藥師七佛形象七尊，在每尊寶像前，各都供置七盞燈，七盞燈擺成圓形如車輪。燈要有人照應，從第一天直到四十九天，務使光明不絕。製造五色的彩幡四十九首，並造一長幡四十九尺，放生四十九個雜類眾生。如能依照以上各種辦法去做，病人及災難之人得以脫離危厄災難，不再為諸橫惡鬼所執持。阿難，以上做法就是供養藥師七佛的法式。即使是於藥師七佛之中隨其方便，只供養其中一個藥師佛，稱名持誦其號，都有上面所講的無量功德，所有需求都能滿足，更何況同時全部供養藥師七佛，其功德更是無量廣大，願求更能實現。』
救脫菩薩再次對阿難說：『若剎帝利、灌頂王等，遇有災難，亦即國家有難時，如全國流行傳染疾病、瘟疫災難，或受了鄰國侵略和逼害而引起災難，或在自己國內，發生土匪流寇叛逆的禍亂，天上的星宿發生了特殊變化，預兆著災難來臨，日月天文的變化引起天災人禍，以及風不調、雨不順所引起的災害，還有雨季不下雨引起的旱災。一個國家若不幸遭逢上述各種災難，應該怎麼辦？身為國家元首的剎帝利、灌頂王等，在這種情況下，應該為所有人民，起大慈悲心，赦免牢獄裡的犯人，恩賜諸受難的眾生，依前面所說種種供養之法，至心恭敬，供養世尊藥師琉璃光七佛，那麼，由這兩方面的功德善根，以及藥師佛本願力加被的緣故，便可使這個國土災難解除，人民即得安穩自在，風調雨順，稻穀農作物都能成熟豐足，一切眾生身體病苦，無病無難，生活得歡喜快樂。同時，在那個國界內，也絕沒有兇暴邪惡的藥叉等神作怪，惱害眾生，一切不吉祥的現象，也都立即隱沒不現，即剎帝利、灌頂王等，也都壽命增加，氣色體力充沛，身心無病，自在快樂，全國上下都得增益。』救脫菩薩又對阿難說：『若是國王和皇后、妃子、太子和太子的兄弟，國家重臣大官，太監宮女以及所有官員和老百姓，上自后妃，下至一切民眾，若為一切病苦所纏，或遭受其餘災難，也應製造藥師七佛聖像，讀誦此藥師琉璃光七佛經典，燃燈續明，製造懸立神幡，放生種種物類，虔誠供養，燃各種名香，散各種雜色鮮花，這樣一切病苦便得以解除痊癒，所有眾難完全解脫。』
這時阿難問救脫菩薩說：『善男子，眾生已經盡其壽命，如何可以增益延續？』救脫菩薩回答說：『大德，你難道不曾聽聞如來說過有九種橫死嗎？以是之故，世尊為眾生念藥師咒，救度災難，治療疾病，勸眾生製造續命幡，燃燈供養三寶，修種種福德，因此之故，便可延長壽命。』阿難又問：『什麼是九橫死呢？』救脫菩薩說：『第一橫死，若有些眾生患了病，起初病雖輕微，然而沒有醫生診治，沒有湯藥，沒有看護病患的人，假設又遇庸醫，亂開藥方，給與不合病症的湯藥，實在不應該死的，而卻被誤害，致遭橫死。另外又有一種人，舍三寶，正法不信，卻相信世間一般思想不正的邪魔外道，妖孽巫師，胡亂說福道禍，這樣被他們恐嚇，極度恐懼，心思自然不能自在，於是便去抽籤卜卦，詢問禍根所在，聽憑邪道指示，宰殺牛羊豬等各種眾生，作法祭祀，稟奏神明，呼求鬼神幫忙，請求消災納福，保平安，以求長命延年，可是，終究得到相反效果。這樣愚痴無智，顛倒迷惑，信仰邪魔外道的結果，遂使他不能壽終正寢，死後還得入地獄，受無量苦，沒有出頭之日。第二橫死，因做了危害國家人民的事情，觸犯了國法，罪至死刑。第三橫死，喜歡打獵，捉取鳥獸來嬉戲，耽於淫慾，嗜酒如命，這樣不務正業，終日遊蕩無所節制，如此精力一天天消耗減損，加之心緒邪亂，邪神惡鬼恰可乘虛而入，奪其精氣而置之死地。第四，喪身於火災之中，或死於炮火之下。第五、遭遇水災，被洪水淹沒，或失足落水而死，或乘船遇難溺斃海洋。第六，為毒蛇、獅子、虎狼等種種惡獸所吞食。第七、墮於山坑險谷、懸崖斷壁而死於非命。第八、為毒藥、魘禱、咒詛、起屍鬼等所中傷，受毒害而死。第九，或因沒有能力謀生，或遇荒年，為饑渴所困，不得飲食，而橫死。這一切都是未盡天年，而遭意外喪命的，便是如來所說的九種橫死。其餘尚有無量無數的種種橫死。此處難以一一細說。』
救脫菩薩又說：『阿難，那琰魔法王主要掌管世間眾生犯錯誤的名籍。若是這些眾生不孝父母，犯五種極逆於理的罪惡，破壞侮辱三寶，犯上不忠於君，破壞君臣之間的禮法，毀壞佛法和供養三寶的各項淨戒等等，琰魔法王會依據他們罪業的輕重，依法審問判刑，所以我才勸誠各位有情眾生燃燈造幡，放生修福，使眾生度脫一切苦厄，再不遭受各種災難。』
這時，大眾中有十二位藥叉大將，都在藥師座位上，他們是：
宮毗羅大將 跋折羅大將
迷企羅大將 頞你羅大將
末你羅大將 娑你羅大將
因陀羅大將 波夷羅大將
薄呼羅大將 真達羅大將
朱社羅大將 毗羯羅大將
這十二位藥叉大將，每位都各統攝有七千藥叉為其眷屬，他們異口同聲地向世尊宣誓說：『世尊！我們今天能夠蒙佛威力，得聞藥師七佛名號，便不再感到有惡趣的威脅與恐怖了。我們相互一起，共同一心，歸依佛法僧三寶，直到壽命終結，並且發誓要負荷一切眾生，為他們做種種義利，令其脫離苦厄，饒益安樂。無論是在任何村莊、城市、國都、縣邑乃至於空曠的森林中，若有流布此藥師琉璃光七佛經，或更有人受持藥師琉璃光七佛名號，並恭敬供養的人們，我們十二藥叉大將各率領七千藥叉眷屬，隨時保護他們，使他們解脫一切苦難；他們的各種願望和祈求，都能得到滿足，如有疾病和苦難而求度、求解脫的，也應當至心讀誦此藥師經，同時用五色線縷，結出十二藥叉大將的名字，等到病苦災難解除，所求的願望已經滿足後，再解開縷結。』
這時，釋尊稱讚諸位藥叉大將說：『好極了！好極了！你們能知念報答世尊、藥師琉璃光七佛的慈濟恩德，是應當時常這樣利益安樂一切眾生的。』
這時，在與會的聽眾中，有很多信根不具足，智慧很少，便作這樣的想法：『為什麼像上面說的經過恆河沙那麼多佛國的藥師琉璃光七佛世界，現在如來，只要暫時聞到藥師的聖號，就能夠獲得那麼多微妙功德和殊勝利益？』此時，釋迦牟尼如來，知道諸天眾心中的疑惑、思慮，立即入定，叫做『警召一切如來』甚深微妙禪定。世尊剛入定後，一切三千大千世界馬上出現六種奇妙震動的壯觀，天空中如細雨般飄灑著各種芳香的鮮花，及芬香的天香末。藥師七佛如來看到此種美妙景相，各從自己的佛土一齊來到我們的索訶世界，首先與釋迦如來佛互相致意問訊。這是藥師七佛世尊由其先世在因地廣修菩薩行，無量無邊慈悲所發弘願的無量功德力加被的緣故。各佛均安住於天寶莊嚴的獅子座上，眾菩薩、天龍、八部、人、非人等，國王、王子、太監、妃子，以及眾大臣、婆羅門、長者、居士，正前後圍繞釋尊講法。這時，諸天眾見到藥師七佛如來都已到達會埸，深感稀罕，生極大歡喜，剛才的疑惑全部消除。同時與會諸大眾讚嘆說：『此種美妙壯觀是從未曾見到過的，』並齊聲讚揚：『好極了！好極了！釋尊，您為了饒益眾生，為解除我們的疑念，請彼藥師七佛如來，都到這裡來。』此時，諸大眾各隨自己能力所及，以各種雜色鮮花、種種奇妙的香及各種名貴瓔珞、寶石、種種美妙的音樂供奉如來，從右邊環繞佛七匝，雙手合掌恭敬行禮，讚美：『太稀罕了！太稀罕了！佛如來甚深奧妙境界，真是平常人不可想像的，這是由於在因地無量慈悲、無量菩薩行，發無量廣大弘願，有無量的善巧方便，慈濟一切眾生的緣故，才共同現出這樣奇異壯觀。』此時，與會大眾各各立志發願，願諸眾生都能得到如來這樣的殊勝禪定！」
這時，曼殊室利從座位中站起來，雙手合掌，恭敬行禮，繞藥師七佛七匝，禮佛雙足以後，稟告世尊：『善哉！善哉！如來禪定力是十方諸佛極廣極深的境界，一般眾生是很難思議和言說的，這都是由於藥師七佛慈悲，以無量宏願，修廣大菩薩行，無量善巧方便，為拔除眾生諸苦，成就眾生，惟願為眾生演說「大力神咒」，令來世福德薄少、被疾病纏繞眾生，在日月星辰發生變異，世間災難來臨，傳染病、瘟疫流行的災難，或遭怨惡，行於危險道路，心不自在，生種種恐怖時，大力神咒都能使眾生有所皈依，脫離苦厄，而身心安樂。諸眾生對此神咒，若自己恭敬書寫，或教別人書寫，殷重奉持、讀誦，廣為宣講，就會常常得到藥師七佛的加持、護念，佛會自動現種種妙身，使所求願望祈求都得到圓滿實現，不再墮入三塗惡趣中，也不會發生非命橫死等災禍。』
這時眾如來齊稱讚曼殊室利說：『善哉！善哉！此是由於佛的廣大功德威神之力加被，使你發問勸講，哀愍眾生，為使眾生脫離諸苦難來說神咒，你應當認真諦聽，深刻領會奧密，善思維之，我應當為你說。曼殊室利，此大神咒名叫『如來定力琉璃光』。若有淨信善男子，善女人們，誠心識意書寫、誦讀，恭敬奉持供養，對諸眾生起偉大的慈悲心，所有願望祈求都能滿足，眾佛即現身以種種方便，善巧保護，憶念持咒人，令其脫離眾業障、苦惱，投生佛國。此時藥師琉璃光七佛以同一聲音，即誦咒曰：
呾侄他 具謎具謎 謦尼謎膩四 末底末底馺[多*頁]怛他揭多三摩地 頞提瑟恥帝 頞帝末帝 波例 波跛輸但你薩婆波跛那世也勃睇勃圖唱答謎鄔謎矩謎 佛鐸器怛羅 缽裡輸但你 曇謎暱曇謎 謎嚕謎嚕 謎嚧 屍曷 麗薩婆哥羅 蜜慄睹 尼婆喇你 勃提蘇勃睇佛陀陀頞提瑟侘泥娜曷洛叉睹謎 薩婆提婆 三謎頞三謎 三曼踒漢蘭睹謎 薩婆佛陀菩提薩埵 苫謎苫謎 缽喇苫謎曼 睹謎 薩婆伊底鄔波達婆薩婆毗何大也薩婆薩埵難者 脯蘭泥脯蘭泥 脯蘭也謎薩婆阿舍 薜琉璃也 缽喇底婆細 薩婆波跛 著楊羯麗莎訶
此時，當藥師琉璃光七佛說此神咒時，大地普遍放大光明，照耀一切，同時大地震動，種種神奇、吉祥、奧秘的變化一齊出現。這時，諸與會大眾見到這種美妙異相後，各各隨力所願，敬獻各種芬香奇花，燒各種名香、塗香、末香，恭敬供養佛。並一齊讚美：『善哉！善哉！』右繞佛七匝。佛、世尊同聲頌唱：『你們與會者與一切人天大眾，都應該知道，若有淨信男子、女人們，國王、王子、妃後、大臣、庶民百姓等，對此神咒恭敬持誦、憶念，聽聞演講，以妙香花供養藥師經卷，穿新的或乾淨、整齊的衣服，在清淨處持八戒齋，對諸眾生常常起慈悲、憐憫之心，這樣的供養，就能受到藥師七佛加持，修得無量福德。若有人有所祈求願望，應當造此藥師七佛形像，可於清淨整潔之處，以種種名香、各雜色鮮花，懸掛種種幡蓋，上等美味飲食及諸音樂，殷重供養，並同時供養眾菩薩諸天。在佛聖像前端坐，虔誠持誦此經咒，於七日中持八戒齋，誠心誠意誦滿一千八遍，那藥師七佛如來及諸菩薩全部都會護持、憶念是人。執金剛菩薩及諸釋梵四天王等，也會來擁戴、保護此持咒人，所有五逆之罪及一切業障全部消滅。無病壽命延長，亦無非命橫禍死亡及種種傳染病流行、鄰國侵略、土匪流寇叛亂、戰爭言訟、仇恨、飢餓、乾旱、水災等不幸遭遇，上述各種外患內亂，災害、恐怖都得解脫，怨恨、仇人之間，亦互起慈悲心，相處如父母一般親密友愛，令所求的願望皆能圓滿實現，沒有不如意的。
這時，護持佛法的天神執金剛菩薩、釋梵四天王，從座位中站起來，雙手合掌，恭敬施禮，禮釋迦牟尼兩足，尊敬稟告：『世尊！我們與會大眾都已聽聞藥師琉璃光七佛因地所發無比宏願、無量殊勝功德，也見到藥師七佛為正法慈悲哀憫眾生親臨法會，我等親自向藥師佛殷重供養。世尊，若有此藥師經寶典及藥師七佛聖號，藥師陀羅尼流通、供養，以及藥師寶典書寫處，我們都會承佛慈悲威神之加被，我們會即往其處，擁戴、維護是人，無論國王、大臣，無論在城市、村莊、眾生聚落之處，使具有清淨信心的善男子、善女人們，不會有諸苦難及為眾疾病所致煩惱，使眾生脫離諸苦，常得安康、穩定，財產、物資豐盛充足，這就是我們藥師七佛的宏恩。世尊，我們親自站立在佛的面前莊嚴宣誓：「若有清淨善男子，善女人們，憶念我的名號，應該奉持、誦讀此咒。」即說咒曰：
呾侄他 惡寠莫寠 呾去羅寠 麼麼寠具麗 訶呼去醯去末囉末囉末囉 緊樹麗布麗 莎訶
若有清淨信心善男子、善女人們，國王、王子、大臣、輔相、太監、婇女虔誠奉持誦讀藥師七佛聖號及此神咒，誠心誠意讀誦、書寫，恭敬供養，現世中都能無病長壽，脫離眾苦惱，不會墮入惡道三塗，永不會退轉，直至證得無上正等正覺。隨自己的願望，可以投生在諸佛的國土上，常常見到藥師七佛，聆聽佛之教誨，證得宿命通的智慧。正念、正定、陀羅尼無不具備、圓滿。若患鬼瘧所害等病，應當恭敬書寫此神咒，系在前臂的肘後，待病情好轉，將咒放置清淨之處。這時執金剛菩薩到達藥師七佛處，右繞三匝，恭敬行禮，尊敬地說：『世尊！佛願慈悲憶念保護我們眾生，我今為把無比豐富的利益帶給未來世，奉持此藥師經寶的善男子、善女人們。我更為眾生說陀羅尼咒。』此時，藥師七佛稱硈執金剛說：『好極了！好極了！執金剛，我以無比功德威神之力加被於你，說此神咒，為了關懷、維護未來奉持藥師經寶典的人無諸苦惱，隨願所求，皆得圓滿實現。』這時執金剛菩薩即口說真言如下：
南麼馺多喃 三藐三佛佗喃 南麼薩婆跋折囉達囉喃 呾侄他唵 跋折麗 跋折麗 莫訶跋折麗跋折囉波舍 陀喇你三麼三麼三曼[多*頁] 阿缽喇歇多跋折麗 苫麼苫麼 缽囉苫曼睹謎 薩婆毗阿大也矩嚕矩嚕 薩婆羯麼 阿伐喇拏你叉也三麼也末奴三末囉簿伽畔跋折囉 波你薩婆舍謎缽哩 脯喇也 莎訶
『世尊！若有人憶念持誦藥師琉璃光七佛聖號，憶念藥師七佛因地廣修菩薩道無量本願功德，誠心誠意持此神咒，誦讀演說，使持念之人所有願望皆得實現、滿足，不會缺少。若想見到我，並問善惡、是非者，應當恭敬書寫藥師經寶，造藥師七佛聖像及執金剛菩薩形像，在像身中安置佛舍利，在此藥師佛像前，像上面所說的方法，做種種恭敬供養，虔誠禮拜，旋繞，對眾生起大慈悲心，受八戒齋，日別三時，洗澡淨身，三時著整齊清淨衣服，從每月八日至十五日，每日誦咒一百零八遍，心裡清淨、安祥，心無散亂。眾生在夢中就會見到我現身為其講法、開示，隨其願望，所求都能得到滿足。』
這時大會中有藥師琉璃光七佛都同聲稱讚說：『好！好極了！執金剛菩薩，陀羅尼是一般人不容易理解的深奧精義，實在是本善書！』此時藥師七佛做這樣的想法：『我們維護你所說神咒，為使一切眾生都安祥、快樂，所有祈求，皆能滿足，不使此神咒從此索訶世界隱蔽或埋沒。』
此時，藥師七佛對眾菩薩、釋梵四天王說：『今天我把此神咒咐託給你等，此藥師經寶典，於未來世後五百年末法時代，你應當護持此經。此經威力功德，對眾生利益無量無盡，能夠除去眾生諸罪業，使眾生善良美好願望都能實現。千萬不要對智慧福德稀少、誹謗歪曲正法寶藏、詆毀、侮辱修習大乘佛法的大德的眾生傳授此經，以致造成佛法迅速毀滅。』此時東方藥師琉璃光七佛親眼看到大眾所做的事已辦完，善緣已經滿足，對藥師經及陀羅尼再沒有疑惑，而是堅定受持，就各自現神通，從自己座位上忽然不見，而回歸自己的藥師佛國土。
當釋尊稱讚藥叉大將的護法勝舉之時，阿難即向佛請示道：『世尊！應當以何種名稱來稱呼這一法門？我們應如何去信奉受持？』佛告訴阿難：『這個藥師法門有七個名稱：（一）七佛如來應正等覺本願功德殊勝莊嚴；（二）曼殊室利所問；（三）藥師琉璃光如來本願功德；（四）執金剛菩薩發願要期；（五）淨除一切業障；（六）所有願求皆得圓滿；（七）十二大將發願護持。上面這些名字你要牢記，應當恭敬奉持。
此時薄伽梵（世尊）說完此經，在座的諸菩薩、摩訶薩及大聲聞眾，還有天、龍、藥叉、健達婆、阿蘇羅、揭路荼、緊那羅、莫呼洛伽、人、非人等，一切與會大眾，聞佛所說微妙法門，個個皆大歡喜，紛紛信受如來所說此法而奉行之。