寺廟裡的藥籤不單是紙張和文字組成之宗教器物，實際上也是反映著宗教與醫療的文化邏輯。循著藥籤的使用過程，我們可以看到由藥籤所連結的人、神與社會之互動。
求藥籤的過程是挪用既有漢醫求診與寺廟求籤詩之形式。一般來說，求藥籤的方法與求靈／運籤大致相同。首先，求籤者要準備金紙與香枝，較慎重者會準備牲禮、四果祭拜，接著是焚香膜拜，稟報姓名、住所、以及求藥籤之目的，然後擲筊，若得聖筊（筊桮一正一反），就可到旁邊的藥籤筒求取一支藥籤，然後再拿此藥籤再請問神明。有些人還會將整支藥籤擱在手腕脈搏，好像神明正在診斷，若連得三次聖筊，表示此籤為神明所同意的號碼，便可依此號碼到藥籤櫃抽相同號碼的藥籤，然後到附近的中藥房拿藥
臺南興濟宮信徒求取藥籤的步驟是：信眾雙手握住三支香對神明膜拜，告知症狀，再將此三支香置於手腕上由神明把脈問診，待三枝香的香灰各掉一次到桌上之後，診斷才告完成。此時信眾方得以至藥籤筒抽籤，然後再擲筊請示、確認；亦須連續擲出三次「聖筊」，才算完全確認。保生大帝的信徒解釋說：「香就像引線仝款（跟綁絲線的意思相同）皇帝先將絲線綁在眠床腳（床腳）和貓的腳上來試驗祂『保生大帝』，都被祂分辨出來，才佩服祂的功力並把線綁在皇后手上。」
「擲筊」是整個過程中最重要的確認機制與儀式。由於「筊」為人神之間溝通的工具，透過筊桮擲落的正反組合，讓信眾自我檢驗「潔誠盡敬，聽命於神，一心求方」的虔信程度，也加強藥籤的療效：「如果抽很久還是跋嘸，就代表你沒有病不需治療或是有其他的原因。通常沒病去抽的話在第一次點香時就跋嘸桮，若是沒照規矩來求，就算跋到效果也不好。」換言之，信眾透過「擲筊」儀式檢驗自我虔信的程度，也檢視日常生活中言行舉止是否符合道德規範，對求籤者而言，神祇是可經驗的真實存在，不只是主體更是施行醫療的行動者。
求籤儀式是此技術體系的核心，但最後仍是以藥材形式進入人體，對於藥材的安全風險管理，就得依賴藥籤延伸出的社會網絡對此儀式做修正與制衡。
求籤者從寺廟取得神明認可的藥籤後，多半會到寺廟附近或是同一地區的中草藥房處方抓藥，中草藥房老闆大都具有操作中醫草藥民俗療法的經驗，對於求籤者的症狀做確認，若是藥籤和症狀不符，不會當面說症狀和藥籤不相配，但會請病人擇日再次求籤，或者老闆會從大方向來提醒症狀和藥籤不相配。像是寺廟D委員回憶說：「之前阮某（老婆）求籤完去拆藥材（調配取藥），阿班問說：這藥是外用的，確定嗎？阮某才發現本來要拿內科的藥單，卻拿到外科的了，所以又回來重新求藥籤。」（筆者田野筆錄）要是遇到藥籤裡有保育類的藥或是管制藥，藥房老闆會表示「這些藥買不到、不能賣，看要不要再重新向王爺求別的藥籤。」（筆者田野筆錄）以委婉的方式對藥籤進行風險管控。或是像寺廟C委員所說：「攏是先吃看看，如果覺得效果較慢，會再到廟裡重新求，若無閣（若沒有效就）再去問中藥房看要不要把藥量加重。」（筆者田野筆錄）以服藥後的自身感受作為是否繼續服藥的依據。
由於一間中草藥房透過信眾處方抓藥所連結的寺廟不只一間，反之亦然，所以藥籤對症程度成為神明靈力高低的重要指標。在筆者訪談過程中，時有廟方人士以廟中藥籤的靈效事蹟來彰顯神祇靈力，更代表神祇與宮廟名聲。
「你敢知影以早（是否知道以前）的神明很辛苦的，不像現在。那時候若是有人來求治頭疼的籤，拿到藥房拆藥時發現是治落屎（腹瀉），神明的名聲當場就落氣（漏氣、沒面子）了……所以神明一定要很靈聖才敢擺藥籤給信眾來求。」
也就是說，藥籤看似乘載至高無上的神明旨意，但求籤過程亦有求籤者自我的道德檢驗，而在藥籤所連結的社會網絡中，藥籤仍受到醫藥專業知識與服藥者自身感受所制衡，不管是重新向神祇求籤，或是藉由輿論的管道來影響藥籤的使用。
上述內容為基本的藥籤使用情況，但如同劇本一般，民眾會在既有的模式上進行改變，藉此符合當下情況所需。以求籤來說，除了抽取單一支藥籤外，近年來也出現「併籤」，即是在求得一支籤時，再詢問神意是否要併籤，若要則再求，直到足夠為止（溫文權，2008），此情況也稱為「合支」，民眾認為原因是醫藥資源漸趨便利，取得藥物的方便，人體因長期服用而產生了變化，以前藥籤中藥物劑量已有不足的現象，因此以多枝藥籤合併的方式，增加藥籤的效果。
藥籤不但是調配藥材時的依據，有中醫藥背景的行動者更將藥籤作為日常調護的參考，甚至是中醫師處方的底本。如筆者於學甲慈濟宮訪查時以眼科藥籤至廟旁中藥房調劑。中藥房I店員除依照藥籤調配藥材，H老闆利用配藥時說道：「你要注意莫用手去撋（揉）目睭，都像你這樣按呢(研究者揉眼中)，按呢會傷害你的目睭。若是無爽快，會當按摩目睭四邊，就是莫撋目睭…莫常看電腦啦，輻射會傷害目睭，愈看愈澀。」
也就是說，藥籤在藥房這端的實作，藥房老闆會根據藥籤內容，揣摩使用者的身體情況，並依據使用者的生活習慣進行衛教。此外，筆者亦訪問使用藥籤作為處方參考的中醫師K，他表示：「通常是大醫院看不好的癌症病患，我會請他們去求藥籤，拿來後再用中醫藥的理論分析籤中藥物組成的方義（複方中藥方組成的意義），再開相應的科學中藥給他們，像是籤中較多補脾胃的藥物組成，代表神明希望他先把脾胃顧好，我就以四君子或是理中湯作為基礎方再加減。」面對從大醫院出走的癌症病患，K醫師認為用藥籤可以提高病患的服藥順從度，也避免病患繼續出走、逛體系，進而主動將跨越民俗與中醫的藥籤納入處方的參考依據。總而言之，藥籤是人、神與社會共創的文化腳本。求籤者所展演的宗教儀式、中醫藥從業人員應用專業知識對藥籤進行再評估，讓藥籤有其信仰的基礎，也有專業知識的把關。但真正的處方結果是求籤者與藥房老闆以藥籤為底本所共同協商而成，甚至因應個別情況而對既有的模式略做編排與修改，以取得療癒之效。